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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 04:38:44 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2019-3-26 18:22
非常感谢sob老师!
重启几次之后似乎问题就消失了(大雾)。SlowConv和NODIIS主要是为了解决团簇计算时候 ...

辅助基组有自带的,没必要autoaux,这样产生的尺寸比自带的大,耗时高
RI对于DLPNO-CCSD(T)起不到效果,要想节约SCF的耗时应该用RIJCOSX
nodiis我认为一般不会是什么有意义的做法
maxiter也忒大了
RKS没必要刻意写SCF基本不会占硬盘的,maxdisk意义不大
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-3-27 08:29:57 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算出错问题求助

求助:采用CCSD方法算过渡态,No analytic 2nd derivatives for this method.谢谢
输入文件如下:
# CCSD/genecp opt=(ts,calcfc) freq
11
1 1
Ir                -0.13769900   -0.14726300    0.02257200
H                 -2.60710700   -0.13447500   -0.56539700
C                 -1.82836700    0.57104700   -0.24599200
H                 -2.14034400    1.61246100   -0.18307500
C                  1.37488200    0.97706300    0.13924600
C                  2.15635000   -0.07942200   -0.17453900
H                 -1.42700600    0.14779200    1.10434600
H                  1.54768900    2.04743300    0.16439300
H                  3.13040600   -0.02376700   -0.65700200
H                  1.88200700   -1.12234700    0.08637100
C H 0
6-311+G(d)
****
Ir     0
SDD
****
Ir     0
SDD
*****

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 10:13:21 | 只看该作者 Only view this author
baiyang 发表于 2019-3-27 08:29
求助:采用CCSD方法算过渡态,No analytic 2nd derivatives for this method.谢谢
输入文件如下:
# CCSD ...

提示说得很明白了,CCSD没有二阶解析导数

用CCSD找过渡态非常不划算。撑死了双杂化泛函也足够了。倘若非得用CCSD,也有不需要非得提供Hessian的做法:
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

另外你设置赝势的方式完全不对,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

注意以后量子化学的问题不要发到第一性原理程序版,给你移动了

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发表于 Post on 2019-3-27 13:04:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,下图能不能说明是过渡金属的d轨道和π*的作用?感觉d轨道明显,但是右面是苯环的侧面,感觉这不是π*啊,中间还有个碳原子呢。

图片1.jpg (210.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

图片1.jpg

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发表于 Post on 2019-3-27 13:55:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 10:13
提示说得很明白了,CCSD没有二阶解析导数

用CCSD找过渡态非常不划算。撑死了双杂化泛函也足够了。倘若 ...

嗯嗯,谢谢sob老师,已经解决。

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发表于 Post on 2019-3-27 14:23:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 04:38
辅助基组有自带的,没必要autoaux,这样产生的尺寸比自带的大,耗时高
RI对于DLPNO-CCSD(T)起不到效果, ...

非常感谢sob老师的解答!

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发表于 Post on 2019-3-27 22:11:01 | 只看该作者 Only view this author

IRC检验反应物生成物正好反过来

本来是想做C3H2F4+H·——C3HF4·+H2的反应
基于TS的过渡态计算因为出现了2个虚频,添加了关键词 int=superfine ,成功消除了虚频;

进一步做IRC检验时,发现反应物生成物正好反过来。
TS12-1-0.LOG (275.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
请问老师这是问什么呢?

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发表于 Post on 2019-3-27 23:00:36 | 只看该作者 Only view this author
正反无所谓,只要生成物反应物的结构对上了就行

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发表于 Post on 2019-3-27 23:26:48 | 只看该作者 Only view this author

您好老师,两条反应路径如图黑色和红色。
从反应第一阶段来看,黑色反应第一阶段能垒TS1,小于红色反应第一阶段能垒TS2。
但是从决速步来看,黑色决速步能垒(IM1-TS2)大于红色决速步能垒(IM2-TS3)
这种情况是否可以根据决速步来说产物是决速步能垒小的product 2呢?
我看有些文章是这样的,但是审稿人会不会抓住反应第一阶段说事?
非常感谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 02:33:42 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-3-27 13:04
老师,下图能不能说明是过渡金属的d轨道和π*的作用?感觉d轨道明显,但是右面是苯环的侧面,感觉这不是π* ...

我看不清楚体系的结构。这个轨道算是d和n*混合产生的MO,其存在在一定程度上暗示了d-n*的作用。更清楚地展现可以通过Multiwfn的CDA模块考察这个整体MO是怎么由片段MO混合而成的,如果显示出是金属的d和片段的n*轨道混合产生的就对了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 02:34:30 | 只看该作者 Only view this author
wang_jingrui 发表于 2019-3-27 22:11
本来是想做C3H2F4+H·——C3HF4·+H2的反应
基于TS的过渡态计算因为出现了2个虚频,添加了关键词 int=supe ...

这里专门说了IRC正逆方向问题
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、加快下载速度。你的超标的附件已经被删了,请以后务必注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-28 02:45:09 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2019-3-27 23:26
您好老师,两条反应路径如图黑色和红色。
从反应第一阶段来看,黑色反应第一阶段能垒TS1,小于红色反应第 ...

黑色的反应慢,决速步能垒高。这种判断没有问题
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发表于 Post on 2019-3-28 08:59:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-28 02:45
黑色的反应慢,决速步能垒高。这种判断没有问题

谢谢sob老师回复!

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发表于 Post on 2019-3-28 09:24:33 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问opt+freq时用了int=ultrafine,计算紫外吸收光谱时是不是也要加int=ultrafine?

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发表于 Post on 2019-3-28 10:40:21 | 只看该作者 Only view this author

求助!计算结果与实验相反!

各位老师,我最近在研究一个自由基反应,研究同一个化合物不同位点的反应。可是我计算出来的结果是副产物的能垒比主产物低的多?那这样不是就是副产物应该占主要了嘛?我很疑惑,这与我的实验结果相悖。我用的是B3LYP/LANL2DZ,请各位老师指点一二,谢谢~

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