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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-21 18:48:57 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-3-21 18:10
老师,图1这个是现在的水的结果,23.2,31.5,20.3,11.5是不考虑水的结果,路劲D是优势路径,增加了1-4分子水 ...

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传,以节约论坛空间、加快下载速度。你的超标附件已经被删了,压缩后重新上传。当前问题有图、有附件、字数较多,属于较复杂问题,请单独发帖讨论。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-3-21 20:13:31 | 只看该作者 Only view this author
老师,图1这个是现在的水的结果,23.2,31.5,20.3,11.5是不考虑水的结果,路劲D是优势路径,增加了1-4分子水考虑水之后,路径BCD的能垒均增加,应该是可以认为过量的水抑制了醇氧化反应(有文献支持),但是路径A的能垒在增加水之后降低了,如果加上起始物能量差值,即起始物11的能量大于起始物0的能量6.2,表明A为优势路径。由此考虑了路径A和路径D的结构,互换了4分子水,但是结果还是之前的能垒更低。应该采用什么方法找到路径A(TS1-2)为什么变成优势路径

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起始物能量.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-22 12:41:37 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-3-21 20:13
老师,图1这个是现在的水的结果,23.2,31.5,20.3,11.5是不考虑水的结果,路劲D是优势路径,增加了1-4分子水 ...

请单独发帖
我最近很忙,单独发帖的话有别人可以帮你看
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发表于 Post on 2019-3-23 23:16:53 | 只看该作者 Only view this author
老师:        
      我最近在对三个或者多个分子做结构优化和Freq分析的时候经常会遇到L502或者L9999问题,总是等到算了很久之后才发现不收敛,而使用opt=gdiis 或者SCF=NoVarAcc 可以解决一大部分不收敛问题。那我能否在第一次结构优化的时候就先把opt=gdiis SCF=NoVarAcc 这些关键词加上,就不用等到报错了再算一遍。加上这些关键词计算是否会对结构优化产生影响?
感谢

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发表于 Post on 2019-3-24 01:35:08 | 只看该作者 Only view this author
老师,过渡金属和共轭体系的结构,怎么说明有d-π*作用的结构比没有作用的能量低?仅仅给出不同的结构,比较能量值就可以吗?还是有其他的方法。还是这个是常识,又相互作用就可以说明能量低。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-24 04:32:09 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-3-24 01:35
老师,过渡金属和共轭体系的结构,怎么说明有d-π*作用的结构比没有作用的能量低?仅仅给出不同的结构,比 ...

如果你已知一个结构有d-pi*一个没有,那么直接比较能量就行
如果你不知道怎么判断,可以用Multiwfn的CDA分析看是否存在相应类型轨道的作用(对金属->配体的电子转移会有一定贡献)考察

参看
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-24 04:33:50 | 只看该作者 Only view this author
陌上花开小伟 发表于 2019-3-23 23:16
老师:        
      我最近在对三个或者多个分子做结构优化和Freq分析的时候经常会遇到L502或者L9999问 ...

可以。对结果没影响。
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发表于 Post on 2019-3-24 17:42:05 | 只看该作者 Only view this author
请问Gaussian在计算受力时是否有办法输出涉及的各个导数矩阵?例如核哈密顿矩阵的导数之类。在IOp的官方文档里没有找到相关选项。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-24 17:43:11 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2019-3-24 17:42
请问Gaussian在计算受力时是否有办法输出涉及的各个导数矩阵?例如核哈密顿矩阵的导数之类。在IOp的官方文 ...

我印象中不能
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发表于 Post on 2019-3-24 20:39:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-14 16:54
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
我没有可以补充的。

社长好,我根据您的建议,重新修改了我的输入文件,这一次的效果好一点,但是最后仍然显示结果不收敛 Error termination request processed by link 9999. 附上输入和输出文件。把铁的赝势基组拿掉,是因为后面再次看初级本讲义时看到第四周期还是可以考虑使用全电子基组来计算,就想着拿掉会不会容易收敛一些。

360截图168409228295104.jpg (121.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

360截图168409228295104.jpg

goethite-17.gjf

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发表于 Post on 2019-3-24 22:13:18 | 只看该作者 Only view this author

遗憾。因为自己写的HF解析梯度结果和Gaussian不同所以想找一下这些中间量有没有可以对照的。

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发表于 Post on 2019-3-24 22:52:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,想问一下利用Gaussian确定最稳定构型在无虚频的基础上是根据体系单点能最小还是结合能最大来选选择更为合理啊
我的低共熔溶剂引入气体分子后结构变化有点大,师兄说可以结合单点能和结合能来选择,但是这两个标准选出来的不是同一个结构
我认为原始的低共熔结构变了单纯的考察结合能可能不是很合适,打算按单点能来选择。请问可以吗
拜托老师了!!!@sobereva

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-25 00:27:29 | 只看该作者 Only view this author
yq1123088 发表于 2019-3-24 20:39
社长好,我根据您的建议,重新修改了我的输入文件,这一次的效果好一点,但是最后仍然显示结果不收敛 Err ...

都涉及到氢键了用B3LYP还不加D3?完全不能接受
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
几何优化不收敛怎么解决在讲义里也都讲得极其清楚,培训中讲Gaussian基础的部分也明确、特意强调了不要问L几几几几出错怎么办

和用赝势基组还是全电子基组毫无关系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-25 00:30:20 | 只看该作者 Only view this author
Austim 发表于 2019-3-24 22:52
老师,想问一下利用Gaussian确定最稳定构型在无虚频的基础上是根据体系单点能最小还是结合能最大来选选择更 ...

团簇稳定性用整体自由能判断,结合稳定性用结合自由能判断
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发表于 Post on 2019-3-25 14:52:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-25 00:30
团簇稳定性用整体自由能判断,结合稳定性用结合自由能判断

老师,抱歉还是有点不理解
如果需要同时讨论气体分子跟低共熔溶剂的结合方式和低共熔溶剂本身结构的变化,这样是不是以单点能来选择最优构型更合理啊?
给老师添麻烦了!

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