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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-15 06:43:18 | 只看该作者 Only view this author
小小范 发表于 2019-3-14 23:20
就是在计算单电能或几何结构优化的时候,在输入文件的时候,不是要选择自旋多重度吗?GAUSSIAN会给出好几 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-15 06:48:09 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2019-3-14 23:06
sob老师您好。我最近再算一个水分子转移氢的反应。由于体系较大,我优化结构用的是6-31g*和lanl2dz基组。  ...

可以
没有
加弥散纯属多余、浪费计算资源。反复阅读
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
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发表于 Post on 2019-3-15 10:13:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-14 04:47
甭用geom=check。直接把之前的优化任务输出文件打开,保存成新的gjf,在里面适当位置加上(iso=13)就完了 ...

明白,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-3-15 11:25:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-14 16:51
只用交换泛函并无实际意义。DFT之所以比HF强正在于考虑了相关泛函部分

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-3-15 14:07:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,绘制反应路径vs能量图的时候如何画成下图的平滑曲线(左右,两边还有个勾)?multiwfn结合vmd作图的时候如何修改原子之间的成键关系(如何连接新的键,删除原来的键)?

1.jpg (17.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

做出来成折线了

做出来成折线了

2.jpg (23.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

2.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-15 16:46:58 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-3-15 14:07
老师,绘制反应路径vs能量图的时候如何画成下图的平滑曲线(左右,两边还有个勾)?multiwfn结合vmd作图的 ...

照着这里面的视频操作
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320http://bbs.keinsci.com/thread-2676-1-1.html

VMD里选mouse-add/remove bonds,点击两个原子
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发表于 Post on 2019-3-15 17:37:51 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我在计算双线态自由基的时候,发现自由基中心的spin density 大于1 是1.012,这种情况是合理的吗?还是我选的计算方法不合适?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-15 17:52:12 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2019-3-15 17:37
请问sob老师,我在计算双线态自由基的时候,发现自由基中心的spin density 大于1 是1.012,这种情况是合理 ...

正常情况
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发表于 Post on 2019-3-16 11:39:04 | 只看该作者 Only view this author
opt=modredundant, 柔性扫描过程中的几何优化不收敛问题,是不是也可以加calcall,两个可以连用吧?

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发表于 Post on 2019-3-16 21:06:12 | 只看该作者 Only view this author

求助高斯l.502报错

画了一个8-8的B-N纳米管,对其进行优化,方法基组如下,但是出现了如下的错误,想请教一下为什么?

%chk=8_8.chk
%nproc=16
%mem=16GB
#p b3lyp/6-31g* opt


错误如下:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -3760.62138398     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.75D-05     -V/T= 2.0076
KE= 3.732130169009D+03 PE=-4.112849305537D+04 EE= 1.744244235546D+04
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/Gauss/Gauss09.E01/g09/l502.exe at Sat Mar 16 20:29:39 2019.
Job cpu time:       0 days 22 hours 27 minutes 34.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1230 Int=      0 D2E=      0 Chk=     36 Scr=      1

纳米管1.png (49.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

纳米管1.png

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发表于 Post on 2019-3-16 21:37:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,对于一般的有机过渡金属复合物,需要计算不同自旋多重度下的能量判断基态,多重度可能为1,3,5,7或2,4,6,8,请问老师对于一般的体系用不用尝试9,11或10,12等等?是不是连7或8都极为少见?

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发表于 Post on 2019-3-16 21:50:28 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-3-16 22:31:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我初学计算,没优化过过渡态,最近看见有人用opt优化极小点的方法,不加(TS之类的找过渡态关键词)想优化出过渡态结构,请问这样可以优化出过渡态结构吗?还是说有概率(比如正好优化到鞍点,能量一介导全为零),这种方法相对于用TS如何?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-16 23:06:18 | 只看该作者 Only view this author
解决SCF不收敛问题的方法
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-16 23:07:00 | 只看该作者 Only view this author
Unisan 发表于 2019-3-16 22:31
sob老师您好,我初学计算,没优化过过渡态,最近看见有人用opt优化极小点的方法,不加(TS之类的找过渡态关 ...

光靠opt优化出极小点仅限于极其罕见的情况,没有一般实用性
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