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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-25 17:11:21 | 只看该作者 Only view this author
Austim 发表于 2019-3-25 14:52
老师,抱歉还是有点不理解
如果需要同时讨论气体分子跟低共熔溶剂的结合方式和低共熔溶剂本身结构的变化 ...

结合之后整个体系会自发地变成自由能最低的结构,因此应当用自由能最低的结构说事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-3-25 17:19:25 | 只看该作者 Only view this author
请问一下在对过硫酸根(负一价)和金属有机配合物(零价)进行频率计算时,如何对这两种物质进行电荷设定。能否采用oniom分层进行设定电荷。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-25 17:20:47 | 只看该作者 Only view this author
达斯维达尼亚 发表于 2019-3-25 17:19
请问一下在对过硫酸根(负一价)和金属有机配合物(零价)进行频率计算时,如何对这两种物质进行电荷设定。 ...

设整个体系的电荷,没法单独设。你问这个问题是还没有搞懂量子化学计算最基本的思想
ONIOM和这个毫无关系
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发表于 Post on 2019-3-25 17:23:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-25 17:20
设整个体系的电荷,没法单独设。你问这个问题是还没有搞懂量子化学计算最基本的思想
ONIOM和这个毫无关 ...

因为是存在了两种物质,所以在想设置总体电荷会不会有影响。谢谢sob老师的回复。

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发表于 Post on 2019-3-25 19:28:22 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请问ORCA出现这样的报错是否跟并行计算错误有关?之前并行计算一直是正常的。
ORCA是4.1.1,系统是Windows10,体系是四个钴和四个端基五配位的茂环组成的四面体。新手第一次发帖要是有格式不对的地方还请您指正。

报错信息
  1. [file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2766, Process 3]: Error in PAL_ftell

  2. [file orca_tools/Tool-Parallel/pal1.cpp, line 2766, Process 3]: Error in PAL_ftell


  3. job aborted:
  4. [ranks] message

  5. [0-2] terminated

  6. [3] process exited without calling finalize

  7. [4-5] terminated

  8. ---- error analysis -----

  9. [3] on DESKTOP-KEETL36
  10. D:\ProgramFiles\ORCA\orca_mdci_mpi.exe ended prematurely and may have crashed. exit code 125

  11. ---- error analysis -----

  12. ORCA finished by error termination in MDCI
  13. Calling Command: mpiexec -np 6  D:\ProgramFiles\ORCA\orca_mdci_mpi.exe F:\ORCA\test.mdciinp.tmp F:\ORCA\test
  14. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  15.   .... aborting the run

  16. [file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  17.   .... aborting the run
复制代码

输入文件
  1. ! RKS SlowConv NODIIS Grid6 DLPNO-CCSD(T) RI def2-TZVP AutoAux

  2. %scf
  3.     maxIter 1500
  4.     MaxIntMem 6144
  5.     MaxDisk 4194304
  6. end

  7. %maxCore 1024

  8. %pal
  9.     nProcs 6
  10. end

  11. %output
  12.     XYZFile true
  13. end

  14. * xyz 0 1
  15. ...
  16. *
复制代码

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-26 06:45:37 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2019-3-25 19:28
sob老师您好,请问ORCA出现这样的报错是否跟并行计算错误有关?之前并行计算一直是正常的。
ORCA是4.1.1, ...

是。如果串行计算没问题那就更是确凿无疑了。

多余的关键词太多,虽然和当前问题没有必然关系...
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发表于 Post on 2019-3-26 18:22:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-26 06:45
是。如果串行计算没问题那就更是确凿无疑了。

多余的关键词太多,虽然和当前问题没有必然关系...

非常感谢sob老师!
重启几次之后似乎问题就消失了(大雾)。SlowConv和NODIIS主要是为了解决团簇计算时候不收敛的问题,%scf中的关键词是为了不让ORCA报out of memory的错误,请问这样写是否合适?

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发表于 Post on 2019-3-26 20:36:06 | 只看该作者 Only view this author
社长,我在http://sobereva.com/231看到,可以用polar=gamma计算第二超极化率。我用噻吩做的实验,gamma的各个分量是不是“DQPolar=”里面的数?下面是结果文件的最后一部分。谢谢啦!

1\1\GINC-LOCALHOST\SP\RB3LYP\6-31G(d)\C4H4S1\CAST\26-Mar-2019\0\\#p b3
lyp/6-31g(d) polar=gamma\\p-saifen\\0,1\C,0,0.076955,-1.218496,0.00041
1\C,0,1.381663,-0.698869,-0.00082\C,0,1.381465,0.699102,0.000828\C,0,0
.07662,1.218443,-0.000413\S,0,-1.360245,-0.000092,-0.000002\H,0,-0.157
83,-2.280278,0.001395\H,0,2.290148,-1.296552,-0.002315\H,0,2.289775,1.
297043,0.002324\H,0,-0.158389,2.280172,-0.0014\\Version=ES64L-G16RevA.
03\State=1-A\HF=-552.9717239\RMSD=5.798e-09\Dipole=0.3484951,0.0000229
,0.\Polar=74.1749838,-0.0006659,61.6016615,0.0001158,-0.0047273,23.942
5508\HyperPolar=35.1219409,0.0124367,10.6397025,-0.0114679,0.0000387,0
.1058811,-0.0001104,-10.1230059,-0.0004431,-0.0000192\DQPolar=32.21170
63,-5.6836382,-26.5280682,0.0000587,0.0001779,0.0674141,0.003229,-0.00
27909,-0.0004382,22.7827394,0.064377,-0.0000921,0.0001371,-0.0001079,-
0.0000292,0.1038677,-4.1778631,-0.0004118
\Quadrupole=1.5214413,2.31547
82,-3.8369195,-0.0004269,0.000007,-0.0015226\PG=C01 [X(C4H4S1)]\\@

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 04:36:26 | 只看该作者 Only view this author
heheda 发表于 2019-3-26 20:36
社长,我在http://sobereva.com/231看到,可以用polar=gamma计算第二超极化率。我用噻吩做的实验,gamma的 ...

输出末尾就明确告诉了你比如xxxx、yyyy分量是多少,没必要从这里读,这里读也读不明白
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 04:38:44 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2019-3-26 18:22
非常感谢sob老师!
重启几次之后似乎问题就消失了(大雾)。SlowConv和NODIIS主要是为了解决团簇计算时候 ...

辅助基组有自带的,没必要autoaux,这样产生的尺寸比自带的大,耗时高
RI对于DLPNO-CCSD(T)起不到效果,要想节约SCF的耗时应该用RIJCOSX
nodiis我认为一般不会是什么有意义的做法
maxiter也忒大了
RKS没必要刻意写SCF基本不会占硬盘的,maxdisk意义不大
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发表于 Post on 2019-3-27 08:29:57 | 只看该作者 Only view this author

过渡态计算出错问题求助

求助:采用CCSD方法算过渡态,No analytic 2nd derivatives for this method.谢谢
输入文件如下:
# CCSD/genecp opt=(ts,calcfc) freq
11
1 1
Ir                -0.13769900   -0.14726300    0.02257200
H                 -2.60710700   -0.13447500   -0.56539700
C                 -1.82836700    0.57104700   -0.24599200
H                 -2.14034400    1.61246100   -0.18307500
C                  1.37488200    0.97706300    0.13924600
C                  2.15635000   -0.07942200   -0.17453900
H                 -1.42700600    0.14779200    1.10434600
H                  1.54768900    2.04743300    0.16439300
H                  3.13040600   -0.02376700   -0.65700200
H                  1.88200700   -1.12234700    0.08637100
C H 0
6-311+G(d)
****
Ir     0
SDD
****
Ir     0
SDD
*****

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-27 10:13:21 | 只看该作者 Only view this author
baiyang 发表于 2019-3-27 08:29
求助:采用CCSD方法算过渡态,No analytic 2nd derivatives for this method.谢谢
输入文件如下:
# CCSD ...

提示说得很明白了,CCSD没有二阶解析导数

用CCSD找过渡态非常不划算。撑死了双杂化泛函也足够了。倘若非得用CCSD,也有不需要非得提供Hessian的做法:
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

另外你设置赝势的方式完全不对,仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

注意以后量子化学的问题不要发到第一性原理程序版,给你移动了

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发表于 Post on 2019-3-27 13:04:06 | 只看该作者 Only view this author
老师,下图能不能说明是过渡金属的d轨道和π*的作用?感觉d轨道明显,但是右面是苯环的侧面,感觉这不是π*啊,中间还有个碳原子呢。

图片1.jpg (210.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

图片1.jpg

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发表于 Post on 2019-3-27 13:55:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 10:13
提示说得很明白了,CCSD没有二阶解析导数

用CCSD找过渡态非常不划算。撑死了双杂化泛函也足够了。倘若 ...

嗯嗯,谢谢sob老师,已经解决。

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发表于 Post on 2019-3-27 14:23:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-27 04:38
辅助基组有自带的,没必要autoaux,这样产生的尺寸比自带的大,耗时高
RI对于DLPNO-CCSD(T)起不到效果, ...

非常感谢sob老师的解答!

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