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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-16 23:08:07 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-3-16 21:37
请问老师,对于一般的有机过渡金属复合物,需要计算不同自旋多重度下的能量判断基态,多重度可能为1,3,5,7 ...

不用
是。自旋多重度太高时,必然能量很高,试都不用试。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-16 23:08:49 | 只看该作者 Only view this author
xyyan1207 发表于 2019-3-16 11:39
opt=modredundant, 柔性扫描过程中的几何优化不收敛问题,是不是也可以加calcall,两个可以连用吧?

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发表于 Post on 2019-3-17 18:00:51 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问KSDFT是我们平时所认识的DFT吗?二者是什么关系呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-17 19:49:45 | 只看该作者 Only view this author
shiyanan 发表于 2019-3-17 18:00
老师,请问KSDFT是我们平时所认识的DFT吗?二者是什么关系呀?

Kohn-Sham DFT是DFT理论应用于实际问题的一种具体实现,依赖于轨道。目前我们做基态DFT计算>99.9%的情况都是用KS-DFT形式,一般说DFT计算就等于默认是指KS-DFT了。
另外一种DFT的实现叫做orbital-free DFT,不像KS-DFT那样需要利用轨道,但精度太烂,基本没实际用处,没有主流量化程序支持。
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发表于 Post on 2019-3-18 16:15:36 | 只看该作者 Only view this author
老师,反应进行的过程中,如何能证明homo和lumo相互作用的时候某个角度是最佳的?轨道重叠最大?

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发表于 Post on 2019-3-18 17:36:08 | 只看该作者 Only view this author

求助“自由基阳离子的结构优化问题”


请问一下各位老师,优化如图所示的自由基阳离子,输入文件如图二,但是一提交文件就直接报错了,这是什么原因呢?这样的结构在优化过程中要加一些其他关键词吗,我加了nosymm重新提交结果还是这样,谢谢大家~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-18 18:51:15 | 只看该作者 Only view this author
张大鱼 发表于 2019-3-18 17:36
请问一下各位老师,优化如图所示的自由基阳离子,输入文件如图二,但是一提交文件就直接报错了,这是什么 ...

问问题的时候直接把输出文件末尾的报错提示贴出来,省得别人去猜原因

你当前的关键词没问题(虽然加弥散纯属白糟蹋时间,看http://sobereva.com/119
如果你用的32bit windows版Gaussian,内存和核数不能设那么大,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
如果在linux下跑的,输入文件末尾多空两行
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发表于 Post on 2019-3-18 19:15:59 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在Gaussian09软件中采用B3LYP/6-311G(2d,p)方法对一系列具有相似结构的分子进行化学位移的理论计算,用标度法对数据处理后发现一系列分子中某一特定位置的值均发生同向偏离,导致总体数据的线性相关系数不高,R2为0.9941,这说明选用的理论计算方法是不适用于该分子体系的吗?怎样解决才能获得更好的线性系数呢?


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发表于 Post on 2019-3-18 21:54:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-17 19:49
Kohn-Sham DFT是DFT理论应用于实际问题的一种具体实现,依赖于轨道。目前我们做基态DFT计算>99.9%的情况 ...

明白啦谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-18 23:48:17 | 只看该作者 Only view this author
fengwu 发表于 2019-3-18 19:15
老师您好,我在Gaussian09软件中采用B3LYP/6-311G(2d,p)方法对一系列具有相似结构的分子进行化学位移的理论 ...

理论计算总不可能无限精确,哪怕做标度法修正也只是解决系统性误差,不可能和实验完美符合
量化目前能算的精度也就如此了。虽然原理上可以尝试更昂贵、表面上看更准的方法,但往往吃力不讨好。虽然也不一定没有改进的空间,但那些问题考虑起来会使得计算代价提升巨大,没必要。
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发表于 Post on 2019-3-20 15:01:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-3-18 18:51
问问题的时候直接把输出文件末尾的报错提示贴出来,省得别人去猜原因

你当前的关键词没问题(虽然加弥 ...


老师您好,您前面提醒的问题都注意了,还是刚提交就报错停止了。麻烦您帮忙看下输出文件和报错信息,这应该如何解决呢?

in2acl-.out

17.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-20 16:53:11 | 只看该作者 Only view this author
张大鱼 发表于 2019-3-20 15:01
老师您好,您前面提醒的问题都注意了,还是刚提交就报错停止了。麻烦您帮忙看下输出文件和报错信息,这 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

我没有可补充的
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发表于 Post on 2019-3-21 11:25:05 | 只看该作者 Only view this author
老师,水相溶液反应,为了研究水对反应造成的影响,按照您的帖子进行构建水分子包围的结构进行计算,但是我使用的过渡态结构,这样可以吗?即优化的时候进行过渡态计算。问题2,计算出来以后,如何比较哪个结构更好?按照能量的高低吗?还是需要计算起始物,算差值比较能垒高低?
按照这个网址计算的http://bbs.keinsci.com/thread-9147-1-1.html
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-3-21 11:38:26 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-3-21 11:25
老师,水相溶液反应,为了研究水对反应造成的影响,按照您的帖子进行构建水分子包围的结构进行计算,但是我 ...

一般情况不需要用显式溶剂模型,用隐式溶剂模型足矣
如果怀疑水显著影响反应,再人为在关键地方加一个或几个水就够了,不用按照那个帖子构建整个溶剂层
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发表于 Post on 2019-3-21 18:10:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,图1这个是现在的水的结果,23.2,31.5,20.3,11.5是不考虑水的结果,路劲D是优势路径,增加了1-4分子水考虑水之后,路径BCD的能垒均增加,应该是可以认为过量的水抑制了醇氧化反应(有文献支持),但是路径A的能垒在增加水之后降低了,如果加上起始物能量差值,即起始物11的能量大于起始物0的能量6.2,表明A为优势路径。由此考虑了路径A和路径D的结构,互换了4分子水,但是结果还是之前的能垒更低。应该采用什么方法找到路径A(TS1-2)为什么变得可行

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