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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-7 06:19:36 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-4-6 20:24
老师问一个能垒的老问题。如下图所示,黑色的能垒图中能垒差比蓝色的路径要小,但是反应物的能量却比较大, ...

1 看温度。高温时候2容易进行。低温时候动力学控制,1容易进行
2 热力学角度路径2容易进行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-4-11 00:48:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lufenghxu 于 2019-4-11 08:21 编辑

老师,什么是Secondary Orbital Interactions ?和frontier orbital interaction又有什么区别呢?查了查文献,但是没有明确解释的。自己查文献得到的解释是,Secondary Orbital Interactions指的是非成键轨道作用,即轨道之间相互作用起到区域选择性的作用,但是相互之间最终没有形成化学键(不知道这样理解对不)。但是homo-1,homo-2,lumo+1等这些次级轨道之间的作用呢?叫什么?

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发表于 Post on 2019-4-11 10:19:04 | 只看该作者 Only view this author
老师,麻烦问下研究两个化合物之间可能产生的作用该使用什么方法进行研究?现阶段做出实验证明他们之间存在作用,麻烦问下老师,理论计算应该使用什么方法进行研究,是弱相互作用研究吗?

1.tif

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发表于 Post on 2019-4-11 14:57:54 | 只看该作者 Only view this author
您好老师.想问一下双原子分子的负离子的解离线是怎么推的。中性分子是从NIST里选择两个元素的energy levels加一起就行了,负离子的需要怎么做呢,比如氢化物这类负离子,H元素只显示了中性原子的energy levels,我直接选择另外元素的singly lonized 下的energy levels 值与H中性的下的相加是正确的吗。下图是以想推出CaH-负离子的解离线为例

CA.png (49.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

CA.png

H.png (50.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

H.png

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发表于 Post on 2019-4-11 15:34:26 | 只看该作者 Only view this author

高斯输出文件

用高斯16计算,这是输入文件
%mem=24GB
%nprocshared=20
#p CCSD(T)/aug-cc-pV5Z Counterpoise=2

H2O-H2O

0 1
O(Fragment=1)   -0.702196054  -0.056060256   0.009942262
H(Fragment=1)   -1.022193224   0.846775782  -0.011488714
H(Fragment=1)    0.257521062   0.042121496   0.005218999
O(Fragment=2)    2.220871067   0.026716792   0.000620476
H(Fragment=2)    2.597492682  -0.411663274   0.766744858
H(Fragment=2)    2.593135384  -0.449496183  -0.744782026

然后输出文件里面有个CCSD相关能,这个是怎么计算的呀
SCF Done:  E(RHF) =  -152.139844353     A.U. after   10 cycles
            NFock= 10  Conv=0.50D-08     -V/T= 2.0009
KE= 1.520020430715D+02 PE=-4.344197136403D+02 EE= 9.376413261184D+01

Spin components of T(2) and E(2):
     alpha-alpha T2 =       0.1657169634D-01 E2=     -0.6854102540D-01
     alpha-beta  T2 =       0.9689337025D-01 E2=     -0.4515039042D+00
     beta-beta   T2 =       0.1657169634D-01 E2=     -0.6854102540D-01
ANorm=    0.1063031873D+01
E2 =    -0.5885859550D+00 EUMP2 =    -0.15272843030790D+03

A-vector RMS=  9.7310365D-04 Max=  8.6962248D-03 conv= 1.00D-05.
RLE energy=       -0.5764735941
E3=        0.22227450D-02        EUMP3=      -0.15272620756D+03
E4(DQ)=    0.36556459D-03        UMP4(DQ)=   -0.15272584200D+03
E4(SDQ)=  -0.33583560D-02        UMP4(SDQ)=  -0.15272956592D+03
VARIATIONAL ENERGIES WITH THE FIRST-ORDER WAVEFUNCTION:
DE(Corr)= -0.57621911     E(Corr)=     -152.71606346   
NORM(A)=   0.10611025D+01

这里面的DE(Corr)= -0.57621911是怎么得到的呢?就是能得到E(Corr)=E(RHF)+DE(Corr),那么DE(Corr)的数据是怎么得到的?希望有明白的可以指教一下,谢谢大家~

Screenshot from 2019-04-11 15:04:17.png (79.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

这是输入文件

这是输入文件

Screenshot from 2019-04-11 15:02:59.png (30.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

Screenshot from 2019-04-11 15:02:59.png

Screenshot from 2019-04-11 15:02:19.png (53.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

Screenshot from 2019-04-11 15:02:19.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-11 15:41:41 | 只看该作者 Only view this author
lsq 发表于 2019-4-11 15:34
用高斯16计算,这是输入文件
%mem=24GB
%nprocshared=20

下次发帖时记得必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容(见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),不要就写个意义不明的“高斯输出文件”




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-11 15:44:05 | 只看该作者 Only view this author
Miss白 发表于 2019-4-11 14:57
您好老师.想问一下双原子分子的负离子的解离线是怎么推的。中性分子是从NIST里选择两个元素的energy levels ...

你单独发个新帖问吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-11 15:45:37 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-4-11 00:48
老师,什么是Secondary Orbital Interactions ?和frontier orbital interaction又有什么区别呢?查了查文献 ...

前一个不属于指明、有确切指代的词。姑且认为不是与当前问题最关键的轨道相互作用,只是产生间接性影响的轨道相互作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-11 15:47:08 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-4-11 10:19
老师,麻烦问下研究两个化合物之间可能产生的作用该使用什么方法进行研究?现阶段做出实验证明他们之间存在 ...

这两个之间存在典型的弱相互作用,照常规方式分析即可
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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发表于 Post on 2019-4-11 22:09:18 | 只看该作者 Only view this author
社长好,这些天用ORCA4.1.0调用b97-3c对一个分子量700多的环肽的一批构象进行优化和振动分析,使用的默认设置,优化速度的确很快,但接近一半构象经振动分析都显示存在虚频,请问社长,一般应该如何改善这种情况?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-4-12 08:11:02 | 只看该作者 Only view this author
happyknighthawk 发表于 2019-4-11 22:09
社长好,这些天用ORCA4.1.0调用b97-3c对一个分子量700多的环肽的一批构象进行优化和振动分析,使用的默认设 ...

用更严的收敛限和更好的积分格点精度
另外问问题时候应当说原子数而不是分子量
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发表于 Post on 2019-4-12 09:35:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-4-12 08:11
用更严的收敛限和更好的积分格点精度
另外问问题时候应当说原子数而不是分子量

好的,谢谢Sob老师,我下次注意。

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发表于 Post on 2019-4-12 12:49:40 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!我想算一下丙酮的紫外吸收光谱# m062x/6-31g** geom=check scrf=(pcm,solvent=Acetonitrile) guess=read td=(nstates=20),但是发现第一激发态280nm的振子强度为0,但是实验上280nm处有很强的吸收,这是为什么?

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发表于 Post on 2019-4-12 17:20:31 | 只看该作者 Only view this author

过渡态优化出错

本帖最后由 jing-quan63 于 2019-4-13 12:27 编辑

   各位老师,我在进行优化过渡态任务时,提示 Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe ,也就是Berny优化过程出错,已试着改变初猜构型仍未解决。计算已经进行到第31步,取第31帧结构显示朝着正确成键方向进行,命令行# opt=(TS,CALCFC,NOEIGENTEST)  freq b3lyp/6-31++g(d,p),附件是输入文件与输出文件,麻烦大家帮忙看一下。谢谢!

TS1.zip

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发表于 Post on 2019-4-12 19:15:59 | 只看该作者 Only view this author
社长刚发了一篇《坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场》http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html
又来了一位B3LYP(开个玩笑)

话说,你的附件呢?

本版积分规则 Credits rule

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