计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

17

eV
积分
19

Level 1 能力者

9046#
发表于 Post on 2019-6-1 10:34:56 | 只看该作者 Only view this author

HOMO-LUMO能量差

各位大神,本人优化结构后,需要看HOMO-LUMO能量差,因为优化后的能量顺序与计算单点能后的能量顺序不一致,通过看文献得出算单点能的结果是对的。 那么看HOMO-LUMO能量差是由在优化后的文件,还是计算单点能之后的文件决定?

10011s.out

54.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

10011o.out

133.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

9047#
发表于 Post on 2019-6-1 15:52:17 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!请教一下:开壳层单重态为什么一般比闭壳层单重态能量低?该如何理解?开壳层单重态的<S2>是多少呀

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

9048#
发表于 Post on 2019-6-1 17:05:30 | 只看该作者 Only view this author
用CCSD(T)算分子轨道的行为又出现了。。。

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9049#
发表于 Post on 2019-6-1 19:54:08 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问一下: 学量化编程,想要看现有的程序是怎么实现的(比如单点和几何优化),有没有什么现成的程序源码可以供学习或者参考的?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9050#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-1 19:57:49 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-6-1 19:54
卢老师 请问一下: 学量化编程,想要看现有的程序是怎么实现的(比如单点和几何优化),有没有什么现成的程 ...

开源的程序多的是,诸如GAMESS-US、PSI4、NWChem、MRCC、Dalton等等
不过看那些程序代码,远不如先把理论弄清楚,理论弄清楚到一定程度自己直接就能写出来,啃别人的代码往往反倒绕弯路
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9051#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-1 19:59:28 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-6-1 15:52
sob老师您好!请教一下:开壳层单重态为什么一般比闭壳层单重态能量低?该如何理解?开壳层单重态的是多少 ...

“开壳层单重态的<S2>是多少呀”显然依赖于具体体系,怎么能这么问

如果体系本身是开壳层单重态,实际计算时允许alpha和beta轨道分离,相当于变分的自由度变大,显然能量可以变得更低
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9052#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-1 20:00:43 | 只看该作者 Only view this author
hmbb 发表于 2019-6-1 10:34
各位大神,本人优化结构后,需要看HOMO-LUMO能量差,因为优化后的能量顺序与计算单点能后的能量顺序不一致 ...

CCSD(T)根本不能用于得到分子轨道

如果单点和优化用的级别完全一样,单点的结构就是优化最后的结构,得到的轨道也将是完全一样的。你的俩计算连计算级别都不同,有什么好比的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9053#
发表于 Post on 2019-6-1 20:06:27 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 多谢您的指点~ 我努力在短时间内尝试实现~  

111

帖子

0

威望

206

eV
积分
317

Level 3 能力者

9054#
发表于 Post on 2019-6-1 21:34:39 | 只看该作者 Only view this author

关于如何转换高斯计算生成文档中的分子的坐标???

就是对一个过渡态进行了opt+freq计算之后输出了chk和log文档,想在此chk文档的基础上进行irc运算,自动生成的gjf文档中会含有genchk geom=allcheck,选择irc之后,其余全部为默认,结果一开始运算就会出现2070严重错误。所以就想说能不能让前面一步的opt+freq计算得出的结果中优化之后的分子的坐标能够以笛卡尔坐标显示,然后直接将其复制到下一步的gjf文档中进行下一步计算,而删掉genchk geom=allcheck,想看看这样可不可以避免2070的错误产生。
所以请大佬们能够对最开始的错误给出解释;然后能说说应该怎么改?;或者说一下我想采取的措施是不是可行的?然后告知一下如何进行Z坐标和笛卡尔坐标的转化呢?


在进行irc运算遇到这个问题都好多次了,之前就是把生成的chk文档直接calculate,然后把里面默认产生的genchk geom=allcheck直接删掉,这样是可以运算的,但是不知道这样对不对。。。


还请有经验的大佬们指导指导,帮帮小白呢!

111

帖子

0

威望

206

eV
积分
317

Level 3 能力者

9055#
发表于 Post on 2019-6-1 21:39:28 | 只看该作者 Only view this author
输入文档内容:

%chk=C:\Users\a\Desktop\Gaussian\20190601\SN2irc.chk
# freq rb3lyp/6-31+g(d,p) scrf=check guess=tcheck
geom=(connectivity,allcheck) genchk

SN2 opt

-1 1
C                 -0.42531305   -0.00035208   -0.00141264
H                 -0.62057270   -0.37655358    0.98802121
H                 -0.61988671    1.04470759   -0.17057159
H                 -0.61977670   -0.66937515   -0.82201367
F                 -2.61984129    0.00019087    0.00070673
Cl                 1.64651094    0.00009505    0.00039291

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 0.0 6 0.0
2
3
4
5
6

111

帖子

0

威望

206

eV
积分
317

Level 3 能力者

9056#
发表于 Post on 2019-6-1 21:40:18 | 只看该作者 Only view this author
输出文档:
Entering Link 1 = C:\G09W\l1.exe PID=     23216.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
                01-Jun-2019
******************************************
%chk=C:\Users\a\Desktop\Gaussian\20190601\SN2irc.chk
----------------------------------------------------------------------
# freq rb3lyp/6-31+g(d,p) scrf=check guess=tcheck geom=(connectivity,a
llcheck) genchk
----------------------------------------------------------------------
1/10=4,29=7,30=1,38=1,40=1,57=2/1,3;
2/12=2,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=111,11=2,14=-4,16=1,25=1,30=1,70=2,71=2,74=-5,116=1,140=1/1,2,3;
4/5=101/1;
5/5=2,98=1/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,28=1/1;
7/8=1,10=1,25=1/1,2,3,16;
1/10=4,30=1/3;
99//99;
Structure from the checkpoint file:  "C:\Users\a\Desktop\Gaussian\20190601\SN2irc.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=          50 IPos=           2 Q=         14444784


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      622080 FType=2 FMxFil=10000

Number              0           501           502           598           989           991
Base            96256         23552         41472         44032         24576         37888
End            622080         24552         43525         44033         37076         41169
End1           622080         24576         44032         44544         37376         41472
Wr Pntr         96256         23552         41472         44032         24576         37888
Rd Pntr         96256         23552         41472         44032         24576         41169
Length         525824          1000          2053             1         12500          3281

Number            992           993           994           995           996           997
Base            37376         23040         20480         22528         21504         22016
End             37381         23140         20510         22538         21604         22072
End1            37888         23552         20992         23040         22016         22528
Wr Pntr         37376         23040         20480         22528         21504         22016
Rd Pntr         37381         23140         20510         22538         21604         22072
Length              5           100            30            10           100            56

Number            998           999
Base            20992         44544
End             21192         95796
End1            21504         96256
Wr Pntr         20992         44544
Rd Pntr         21192         45796
Length            200         51252


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            20480
End             67072
End1            67072
Wr Pntr         20480
Rd Pntr         20480
Length          46592


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       67072 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            20480
End             67072
End1            67072
Wr Pntr         20480
Rd Pntr         20480
Length          46592
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

111

帖子

0

威望

206

eV
积分
317

Level 3 能力者

9057#
发表于 Post on 2019-6-1 22:07:39 | 只看该作者 Only view this author
然后有人能解释一下

这里面每个选项是什么意思吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9058#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-2 08:03:14 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-1 21:34
就是对一个过渡态进行了opt+freq计算之后输出了chk和log文档,想在此chk文档的基础上进行irc运算,自动生成 ...

以把所有要问的直接写进一个帖子,别分为好几楼依次写。仔细看置顶的新人必读贴。大端输入输出信息直接以附件方式上传别直接贴出来。

gview打开opt freq的输出文件,file - save保存成新的gjf,恰当写关键词就完了。IRC该怎么写仔细看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html

绝对不要用gview产生关键词的垃圾界面创建输入文件

令建议阅读
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

17

eV
积分
19

Level 1 能力者

9059#
发表于 Post on 2019-6-2 14:27:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-1 20:00
CCSD(T)根本不能用于得到分子轨道

如果单点和优化用的级别完全一样,单点的结构就是优化最后的结构, ...

万分感谢!明白了。

111

帖子

0

威望

206

eV
积分
317

Level 3 能力者

9060#
发表于 Post on 2019-6-2 21:17:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-2 08:03
以把所有要问的直接写进一个帖子,别分为好几楼依次写。仔细看置顶的新人必读贴。大端输入输出信息直接以 ...

谢谢啦!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 04:41 , Processed in 0.451880 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list