计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

9016#
发表于 Post on 2019-5-26 22:01:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好!想请教一下什么软件可以算10个氨基酸形成多肽的最稳定构象?而且对于新手比较容易上手的

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9017#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-27 03:50:39 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-5-26 22:01
sob老师您好!想请教一下什么软件可以算10个氨基酸形成多肽的最稳定构象?而且对于新手比较容易上手的

一般都是跑动力学模拟来研究,比如GROMACS做模拟退火等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9018#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-27 03:51:42 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-5-26 15:14
老师,过渡金属原子的d轨道是简并轨道。为什么变成过渡金属离子轨道就不是简并轨道了?例如,镍原子的3d轨 ...

不可能5个d轨道完全简并,Ni的d既不是半满也不是全满,本来就是不均衡的,自然能量会发生分裂
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9019#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-27 03:52:43 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-5-26 11:17
各位老师好,想用G16计算NBO电荷的话,命令行应该如何输入呢?

不存在“NBO电荷”
仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

9020#
发表于 Post on 2019-5-27 08:45:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-5-27 11:48 编辑

老师,有些文献中给出了,轨道相互作用的示意图。如图所示,不知道这种图(即给出成键轨道,又给出反键轨道)是如何分析得出的,轨道的相互作用不是在multiwfn里面CDA分析里面可以给出orbital interaction diagram,我觉得multiwfn给出的图更加有意义。图示中的示意图和教科书中的知识一样(例如,氧气分子的各种的σ σ*,π π*等),但是这种图能用来说明复杂分子的成键吗?

1.gif (34.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

1.gif

2.gif (18.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

2.gif

581

帖子

0

威望

1700

eV
积分
2281

Level 5 (御坂)

9021#
发表于 Post on 2019-5-27 12:51:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-27 03:50
一般都是跑动力学模拟来研究,比如GROMACS做模拟退火等

谢谢sob老师

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9022#
发表于 Post on 2019-5-27 22:25:50 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问一下:  量化计算实际使用基组计算时,基组一开始只是表示体系中每个原子的占据原子轨道(还有部分的极化和弥散轨道), 在随后的HF计算时,产生的空轨道也是由这些基组来解析表示的么 ? ; 如果对于后HF计算, 这些产生的空轨道是不是为后HF计算做空轨道使用 ?(因为,后HF 比如微扰或者耦合簇,涉及到很多空轨道参与的计算)

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9023#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-28 05:47:30 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-5-27 08:45
老师,有些文献中给出了,轨道相互作用的示意图。如图所示,不知道这种图(即给出成键轨道,又给出反键轨道 ...

书里这种图往往都是作者凭感觉画的,或许其中也牵扯到一些定量数据,但也往往都是通过特殊方式计算,然后再“抽象”化一下弄的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9024#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-28 05:54:58 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-5-27 22:25
卢老师 请问一下:  量化计算实际使用基组计算时,基组一开始只是表示体系中每个原子的占据原子轨道(还有 ...

“极化和弥散轨道”这种说法明显不对。应当说基组里如果有极化函数,则可以描述原子在分子环境下电子被极化的情况,有弥散函数时则可以较好描述分布比较弥散的电子。

对于后HF,轨道是在HF阶段产生的,不是后HF阶段产生的。
后HF计算公式里涉及空轨道,这些空轨道就是HF阶段得到的那些。所有HF轨道都通过当前基组定义的基函数的线性组合来描述。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9025#
发表于 Post on 2019-5-28 08:55:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Scienceme 于 2019-5-28 08:57 编辑
sobereva 发表于 2019-5-28 05:54
“极化和弥散轨道”这种说法明显不对。应当说基组里如果有极化函数,则可以描述原子在分子环境下电子被极 ...

嗯嗯,多谢卢老师指点

70

帖子

0

威望

172

eV
积分
242

Level 3 能力者

9026#
发表于 Post on 2019-5-28 14:56:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Scienceme 于 2019-5-28 18:17 编辑

卢老师 请问一下 :
1. 高斯使用笛卡尔坐标或者内坐标定义原子核位置, 后续计算是不是会把内坐标转换为笛卡尔坐标 (因为感觉基组函数和算符都涉及到原子核中心位置Ra)?   
2. 所谓 某些基组更适合某些方法(比如def2基组适合DFT或者Post-HF方法), 是不是 这些基组开发或者优化参数的时候,就是在这些方法或者目标结果下开展?
3. 您在推荐基组的时候没有推荐pople的修改版基组,比如m6-31G, 6-31G-J等等(您提到 过渡金属或者核自旋耦合适合这些基组),那实际计算过渡金属或者核自旋耦合的时候,使用这些基组是否合适?
4. 如果使用了关键词nosymm ,是不是就不会有关于体系对称性信息的输出了, 比如轨道 电子态 振动模式的不可约表示等?

76

帖子

0

威望

389

eV
积分
465

Level 3 能力者

9027#
发表于 Post on 2019-5-28 17:22:40 | 只看该作者 Only view this author

扫描两个二面角报错

请教一个大家,为了得到基态最低能量的构型,我扫描一个分子的两个二面角,但是总是报错,不知道为啥?
我将1和2的二面角设置相同,3和4二面角设置相同。输入文件和输出文件见附件,麻烦大家帮忙看一下,感谢!




1559035192(1).png (63.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

1559035192(1).png

tpa-ppi-scan.log

18.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

tpa-ppi-scan.gjf

12.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9028#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-28 18:36:50 | 只看该作者 Only view this author
zhangwei2713 发表于 2019-5-28 17:22
请教一个大家,为了得到基态最低能量的构型,我扫描一个分子的两个二面角,但是总是报错,不知道为啥?
我 ...

仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

初值和扫描步长不能写为整数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

9029#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-28 18:39:03 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-5-28 14:56
卢老师 请问一下 :
1. 高斯使用笛卡尔坐标或者内坐标定义原子核位置, 后续计算是不是会把内坐标转换为 ...

1 中间一些计算过程会使用笛卡尔坐标
2 未必做了专门考虑,有的是实测发现适合,有的是原理上就适合
3 有更适合的基组,所以没推荐这些非主流的
4 是。自己一试便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

31

帖子

0

威望

95

eV
积分
126

Level 2 能力者

9030#
发表于 Post on 2019-5-28 19:29:24 | 只看该作者 Only view this author
请问用高斯软件算了结果要发表,用的盗版软件,文章里面能写吗》

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 04:41 , Processed in 0.211795 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list