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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-12 19:42:09 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-6-11 23:53
卢老师 请问一下:
1. 对弱相互作用的研究,好像分子动力学和高斯量化程序都可以,一般来说这两种方法哪个 ...

1 量化算的相互作用能精度明显更高。但是体现不了动态特征。二者有互补性
2 可
counterpoise没法与溶剂模型直接结合,怎么考虑这里专门说了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-6-12 20:27:39 | 只看该作者 Only view this author
多谢卢老师指点~ !

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发表于 Post on 2019-6-12 21:57:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-12 19:34
1 对
2 可以。扫描时候最好加D3
3 如果按照常温下是否能发生单分子反应的规则来判断,那就是21kcal/mol

非常感谢Sob老师的指导,谢谢!

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发表于 Post on 2019-6-13 09:37:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-12 19:36
写成1 1 1 1 1 1明显是错的,哪可能每个片段净电荷加和都不等于整体电荷。不要以为不报错结果就有意义
...

感谢老师的解答。
1. 我已经看了您的博文“谈谈BSSE矫正与Gaussian对它的处理”,就像我之前所说的,我计算的是有机无金属元素阳离子(显+1价)与二氧化碳的弱相互作用能,那我是不是应该改成1 1 1 1 0 1,这些值是整体体系、阳离子体系、二氧化碳体系输入文件里的默认值,正好片段1所带电荷1与二氧化碳所带电荷0加起来等于整体电荷1,而自旋多重度在一开始分别进行结构优化时就采用的是默认值,没有做变动(因为我也不知道整体体系、各自片段的自旋多重度怎么计算)。
2. 我刚刚又能量计算了一次,这次是首先通过GaussView里的Atom Groups Editor进行分组,然后发现输入文件变为1 1 0 2 0 1,这里显然0+0不等于1,这是怎么回事?应该改成1 1 1 1 0 1吗?输入文件见附件。

energy-D3-c309-co2.gjf

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发表于 Post on 2019-6-13 14:51:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我的IRC命令是:#p IRC=(calcfc,maxpoints=50,LQA) scfcyc=500 m06/genecp,在不加LQA时就会报错:Maximum number of corrector steps exceded,加上LQA之后虽然可以正常结束,但是向左和右分别只跑了一个点,这是什么原因导致的呢,应该怎么解决。

ts1_2aocirc_tot_ener.svg

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发表于 Post on 2019-6-13 16:17:01 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,在高斯里计算基团反应需不需要加电子描述,怎么加呢?比如说我想算一个苯氧基,苯氧基上的氧应该怎么描述呢?

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发表于 Post on 2019-6-13 18:43:59 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 请问一下:
1. 高斯的.out输出文件有一个标准朝向Standard orientation,执行的过程有没有相关类似的程序可以参考一下?
2. 高斯输出文件中的偶极矩是基于原子mulliken电荷和原子的坐标位置计算得到的么?可以有依赖于其他电荷(比如ADCH电荷)的偶极矩么?
3. 量化计算(比如使用薛方程或者狄拉克方程考虑某种效应),是不是这种效应一定要写入哈密顿量里面才能被纳入考虑,如果将待考虑的效应体现在波函数中(而没有在哈密顿中显示相关效应)是否也可以?

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发表于 Post on 2019-6-13 21:41:16 | 只看该作者 Only view this author

荧光发射谱的计算

    想问问老师,再算荧光发射谱时,只优化了S0的结构,取出S0的结构在直接TD计算,是不是没有意义。必须S1取TD优化下的结构算荧光发射谱?前者没有意义的原因是没有考虑到非辐射弛豫的影响莫,如果不是,请问原因是什么?谢谢大家

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发表于 Post on 2019-6-13 22:17:24 | 只看该作者 Only view this author
【求助:简缩 Fuku i函数计算基组问题】
老师好!我结构优化使用的 M06-2X/6-31+g(d) ,在优化完成之后想要计算 NPA 电荷计算简缩福井函数但是发现电荷 -1 自旋 2 情况下SCF总是不收敛,最终虽然按照博文中的调到收敛了但感觉很复杂,尝试了一下发现如果去掉弥散就没有任何问题
所以想要请问:
1. 可以去掉弥散使用 M06-2X/6-31g(d) 计算吗?
2. 简缩 Fukui 函数对基组有什么要求
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:26:06 | 只看该作者 Only view this author
teao 发表于 2019-6-13 22:17
【求助:简缩 Fuku i函数计算基组问题】
老师好!我结构优化使用的 M06-2X/6-31+g(d) ,在优化完成之后想 ...

计算简缩福井函数不能用NPA,应当用Hirshfeld电荷,Multiwfn手册4.7.3节明说了。这也是为什么此文介绍的功能里算的都是Hirshfeld电荷
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html

不需要带弥散函数

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teao + 2 谢谢老师,我去学Multiwfn

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:27:17 | 只看该作者 Only view this author
z1065480896 发表于 2019-6-13 21:41
想问问老师,再算荧光发射谱时,只优化了S0的结构,取出S0的结构在直接TD计算,是不是没有意义。必须S1 ...

显然没意义,仔细看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:28:31 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-6-13 18:43
卢老师 请问一下:
1. 高斯的.out输出文件有一个标准朝向Standard orientation,执行的过程有没有相关类似 ...

1 Gaussian手册对标准朝向有专门的说明
2 显然不是。直接基于波函数和原子核电荷算的
3 否。诸如DFT-D3纯粹只依赖于结构,作为额外一项体现,虽然形式上也可以算是把哈密顿算符里加上一个常数项
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:28:47 | 只看该作者 Only view this author
流年狭路相逢 发表于 2019-6-13 16:17
老师你好,在高斯里计算基团反应需不需要加电子描述,怎么加呢?比如说我想算一个苯氧基,苯氧基上的氧应该 ...

“电子描述”指代不明,无法回复
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:29:08 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-6-13 14:51
sob老师您好,我的IRC命令是:#p IRC=(calcfc,maxpoints=50,LQA) scfcyc=500 m06/genecp,在不加LQA时就会 ...

这里都说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 22:34:12 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-6-13 09:37
感谢老师的解答。
1. 我已经看了您的博文“谈谈BSSE矫正与Gaussian对它的处理”,就像我之前所说的,我 ...

1 是
2 甭管gview里显示的,该是多少自己手写
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