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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-20 01:42:25 | 只看该作者 Only view this author
梵墨 发表于 2019-5-19 13:55
请教一个有关优化问题:
用的Gaussian 09 E01 版本
优化原子包括C H O N P Ce 一共122个原子

这得看你的机子的性能啊
计算时候加上#P,看看SCF迭代到什么程度了
机子差就改成Ce用SDD,其它的用6-31G*,或者用ORCA开RI
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-20 01:47:14 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-5-19 06:54
请问老师IRC过程续算restart问题(1)续算输入文件需要在电荷/自旋多重度下面写坐标吗?(2)如果不需要写 ...

1 关键词以外的部分不用动
2 你先把chk备份一下,续跑试试,如果不行的话,/genecp改成chkbasis,代表直接从chk里读取基组和赝势
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发表于 Post on 2019-5-20 09:56:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,我在进行有机的二聚体的S1计算时出现计算时间非常长还没有出结果的情况,请问是我的输入文件里出错了吗?
%chk=Br-2juti-S1.chk
%nprocshared=16
# opt freq pbe1pbe/genecp td(nstates=5) nosymm

Br-2juti-S1

0 1
Br                13.53248800   28.58205700   21.43078200
O                 14.75176900   25.54683700   18.30998300
O                 11.79827400   22.92267600   24.05952500
O                 11.51214700   25.05324400   24.70297300
O                 15.57480600   27.32356000   19.40618000
N                 13.24423000   22.47892300   21.85242300
H                 13.51031500   21.91334700   21.06406000
H                 12.67381300   22.08561200   22.59146100
C                 12.72625200   24.68345600   22.73328200
C                 14.08344400   25.81267200   20.54081600
C                 13.51687600   26.63561000   21.52733700
C                 12.84637300   26.07086600   22.59342300
H                 12.39383500   26.70505600   23.34569800
C                 13.95557000   24.43519800   20.66722800
H                 14.39305400   23.80329200   19.90059700
C                 11.98484800   24.11645100   23.87842000
C                 13.29697100   23.82927200   21.75456500
C                 14.87627800   26.33760000   19.38937700
C                 10.81935600   24.57476800   25.85774300
H                 10.09433200   23.80767100   25.57717800
H                 10.31888800   25.44780200   26.27684100
H                 11.53241100   24.17387600   26.58130400
C                 15.52860000   25.95179100   17.18557100
H                 15.23646100   26.95330100   16.85928600
H                 15.32084900   25.21878900   16.40592000
H                 16.59342400   25.95911100   17.43414200
Br                14.70815300   23.95793100   26.61139000
O                 13.48558500   26.99375500   29.73047800
O                 16.44051800   29.61735200   23.98148600
O                 16.72850400   27.48661800   23.33917500
O                 12.66428400   25.21601400   28.63460700
N                 14.99339000   30.06108000   26.18775700
H                 14.72627100   30.62684100   26.97563300
H                 15.56381200   30.45448400   25.44877600
C                 15.51311500   27.85651700   25.30801300
C                 14.15531400   26.72735400   27.50013300
C                 14.72286700   25.90436300   26.51421700
C                 15.39368000   26.46909000   25.44832000
H                 15.84709200   25.83492600   24.69654800
C                 14.28250300   28.10484900   27.37328300
H                 13.84426300   28.73679300   28.13945200
C                 16.25473100   28.42351800   24.16300100
C                 14.94135100   28.71074800   26.28607800
C                 13.36217000   26.20242100   28.65136100
C                 17.42114500   27.96465300   22.18411900
H                 18.14227600   28.73580000   22.46353200
H                 17.92621200   27.09260600   21.76845300
H                 16.70738400   28.36016800   21.45826000
C                 12.70843200   26.58877800   30.85465400
H                 13.00096800   25.58755100   31.18145400
H                 12.91538100   27.32218400   31.63413800
H                 11.64373200   26.58076700   30.60556700

Br 0
lanl2dz
****
C H N O 0
6-31G*
****

Br 0
lanl2dz

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发表于 Post on 2019-5-20 14:41:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-20 01:42
这得看你的机子的性能啊
计算时候加上#P,看看SCF迭代到什么程度了
机子差就改成Ce用SDD,其它的用6-31 ...

谢谢老师回复
我尝试一下
(不好意思,下次问问题会将相关的输入输出文件传上来)

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发表于 Post on 2019-5-20 21:32:15 | 只看该作者 Only view this author
老师,有一篇文章分析了一下分子轨道图,查阅了相关理论知识后还是不懂,麻烦问下老师,如何看出有一个成单电子在分子轨道上的?原文doi:10.3390/catal7090264
谢谢老师

2019-5-20 21-31-21.jpg (269.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-21 01:48:02 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-5-20 09:56
sob老师您好,我在进行有机的二聚体的S1计算时出现计算时间非常长还没有出结果的情况,请问是我的输入文件 ...

如果你用的g09,TDDFT没有解析Hessian,振动分析耗时极长,这样体系算两个礼拜都有可能

自行打开输出文件,看到底算到什么情况了。诸如“算不出来”、“算不完”这种问法是没意义的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-21 01:50:10 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-5-20 21:32
老师,有一篇文章分析了一下分子轨道图,查阅了相关理论知识后还是不懂,麻烦问下老师,如何看出有一个成单 ...

对于二重态自由基体系,如果用RO方式计算,或者用U方式计算之后用Multiwfn做双正交化分析(见http://sobereva.com/448),将会有一个轨道对应于单电子,这个轨道在哪出现显著,单电子主要就分布在哪
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发表于 Post on 2019-5-21 10:52:21 | 只看该作者 Only view this author

求助link9999错误怎么增加循环次数按当前结构继续

优化一个结构结果出现了link9999错误,可能是因为循环次数不够造成的。如何按照还没优化好的结构增加循环次数接着优化?是用LOG文件重新生成一个GJF文件,在关键词上增加循环次数就可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-21 11:03:12 | 只看该作者 Only view this author
1796435595 发表于 2019-5-21 10:52
优化一个结构结果出现了link9999错误,可能是因为循环次数不够造成的。如何按照还没优化好的结构增加循环次 ...

别盲目认为是步数上限不够所致,这是典型初学者的思维,做无用功
仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2019-5-21 11:10:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-21 01:48
如果你用的g09,TDDFT没有解析Hessian,振动分析耗时极长,这样体系算两个礼拜都有可能

自行打开输出 ...

sob老师我用的G09,它对振动分析太耗时,如果我只需要荧光磷光发射能,是不是可以放弃振动直接优化?

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发表于 Post on 2019-5-21 17:29:53 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2019-5-22 01:32:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 月光下的演绎 于 2019-5-22 01:33 编辑

老师,麻烦问一下,有的文章说是反应势垒,有的是反应能垒?麻烦问一下老师,那个究竟哪个是对的?老师,如图所示,Path C的势垒为20.3kcal/mol?还是22kcal/mol?查了论坛,既有势垒 又有能垒,麻烦老师指教,谢谢老师

2019-5-22 1-26-46.jpg (49.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-22 03:05:24 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2019-5-21 11:10
sob老师我用的G09,它对振动分析太耗时,如果我只需要荧光磷光发射能,是不是可以放弃振动直接优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-22 03:07:00 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-5-22 01:32
老师,麻烦问一下,有的文章说是反应势垒,有的是反应能垒?麻烦问一下老师,那个究竟哪个是对的?老师,如 ...

没有前提条件下,能垒和势垒两个词是一码事

是22 kcal/mol,但如果是要算反应速率常数,则要用的能垒是20.3 kcal/mol
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发表于 Post on 2019-5-22 09:29:06 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

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