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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-5-23 10:48:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好。我计算过渡金属催化反应的时候,使用了Multiwfn计算了WBI键级,但是盲审专家问为什么不用Mayer,我认为WBI键级用于描述键强弱,其中可以用于分析共价键强度。这个接受我觉得很牵强。但是寻找了二者的差异,我认为Mayer是WBI的扩展。但是已经用了WBI,所以解释开壳层单重态共价键使用WBI分析可以吗?谢谢老师

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发表于 Post on 2019-5-23 15:59:05 | 只看该作者 Only view this author
老师:使用Multiwfn_3.6绘图之后,选用8进行轨道分析,使用Hirshfeld method 计算了各个片段的贡献如图所示。该反应为TEMPO自由基夺取底物上的H。下面这样分析对吗?
发现Cu-OCH2R的Cu-O键和-OCH2R基团的Cα-H键发生部分均裂,其中Cu-OCH2R键的均裂产生一部分β-电子迁移至Cu中心,导致Cu中心的α自旋数减少(TS7-14_N:52.0%→30.9%)。Cα-H键的均裂提供了一部分β-电子给OCH2R基团,导致OCH2R的β自旋增加(TS7-14_N:14.1%→15.9%)。相应α-电子随H转移至TEMPO以减少TEMPO上的β自旋(TS7-14_N:90.66%→37.8%)。
问题:如果是α自旋增加,只能到α-LUMU轨道中看吗?还是说选择α和β轨道中占据最高的。
由于时间问题,现在无法做双正交化。麻烦问下老师,上述分析可以吗?谢谢老师

2019-5-23 15-58-26.jpg (192.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

2019-5-23 15-58-26.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-24 04:22:21 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-5-23 15:59
老师:使用Multiwfn_3.6绘图之后,选用8进行轨道分析,使用Hirshfeld method 计算了各个片段的贡献如图所示 ...

你的图太复杂,我看不明白

如果就是讨论片段上带的单电子数变化,直接计算片段的自旋布居就完了,严格、明确。由于单电子未必就是某几个轨道主要贡献的,所以直接拿U计算得到的MO讨论不够确切。

Multiwfn做双正交化算这样的体系花不了多少时间。

以后有Multiwfn相关问题请到本帖1L提到的专门帖子里提问

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-24 04:25:28 | 只看该作者 Only view this author
月光下的演绎 发表于 2019-5-23 10:48
老师,您好。我计算过渡金属催化反应的时候,使用了Multiwfn计算了WBI键级,但是盲审专家问为什么不用Mayer ...

此文对两种键级之间的关系说得很清楚
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
你也用Mayer键级做计算,如果结果和WBI定性一致,就改成Mayer键级说事就完了。这俩键级适用的情况完全一样
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发表于 Post on 2019-5-24 11:01:53 | 只看该作者 Only view this author
社长你好,我看文献中有人做S1态的势能面扫描,请问这个Gaussian输入文件的关键词应该怎么写?

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9006#
发表于 Post on 2019-5-24 16:48:33 | 只看该作者 Only view this author

求助,小白第一次用ORCA报错

输入文件如下:
! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1
C      6.0     -0.8827767403    2.6000296778    0.0000000000
H      1.0      0.1872232597    2.6000296778    0.0000000000
H      1.0     -1.2394395223    3.5122945854   -0.4306557769
H      1.0     -1.2394443781    2.5168568013    1.0053708116
H      1.0     -1.2394456730    1.7709391516   -0.5747139914
*



CH4.inp放在orca4下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 02:41:12 | 只看该作者 Only view this author
孟不获 发表于 2019-5-24 16:48
输入文件如下:
! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1

你当前在G:目录下,显然你这么写此文件也得放在G:目录下
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-25 02:41:39 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-5-24 11:01
社长你好,我看文献中有人做S1态的势能面扫描,请问这个Gaussian输入文件的关键词应该怎么写?

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

如果用TDDFT,在上文关键词基础上额外加上TD关键词就完了
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发表于 Post on 2019-5-25 10:54:00 | 只看该作者 Only view this author
求推荐新手看的量子化学计算基础理论知识。我目的是要计算有机反应

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发表于 Post on 2019-5-25 21:05:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Scienceme 于 2019-5-25 21:07 编辑

卢老师 您好,密度泛函理论是不是可以理解为通过电子密度分布来求波函数,再通过波函数求电子密度的不断迭代的方法? 密度泛函与 CI,微扰,和耦合簇是什么关系?  是不是 CI,微扰,和耦合簇也可以用于密度泛函求解出的波函数,进行(比如后HF的)更深入的计算?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 04:40:06 | 只看该作者 Only view this author
胖虎 发表于 2019-5-25 10:54
求推荐新手看的量子化学计算基础理论知识。我目的是要计算有机反应

看置顶帖《谈谈学量子化学如何正确地入门》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-26 04:42:00 | 只看该作者 Only view this author
Scienceme 发表于 2019-5-25 21:05
卢老师 您好,密度泛函理论是不是可以理解为通过电子密度分布来求波函数,再通过波函数求电子密度的不断迭 ...

不是
原本的DFT根本就不牵扯轨道,没波函数的事。目前的常用的KS-DFT形式才涉及到了轨道
CI、微扰、耦合簇都是基于HF波函数作为参考态来计算的,跟DFT完全无关
关系几句话解释不清楚,建议你找本基础的量化书看看,诸如Levine的quantum chemistry、Cramer的Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models。

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9013#
发表于 Post on 2019-5-26 10:22:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-26 04:42
不是
原本的DFT根本就不牵扯轨道,没波函数的事。目前的常用的KS-DFT形式才涉及到了轨道
CI、微扰、耦 ...

嗯嗯 ,多谢卢老师指点~ 我回头找几本书看看~

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发表于 Post on 2019-5-26 11:17:23 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想用G16计算NBO电荷的话,命令行应该如何输入呢?

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发表于 Post on 2019-5-26 15:14:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,过渡金属原子的d轨道是简并轨道。为什么变成过渡金属离子轨道就不是简并轨道了?例如,镍原子的3d轨道是简并的,但是Ni+的3d就不是了。

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