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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-7-23 16:54:09 | 只看该作者 Only view this author
说“Lxxx错误”这种不良习惯应该立即抛弃,到log文件末尾(多翻几页),找到真正、有效的报错信息。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:00:11 | 只看该作者 Only view this author
CharlesGe 发表于 2019-7-22 10:47
老师您好,我尝试了一下    genmer产生结构,这些都是完全随机的对吗    感觉有些比较类似呢

是完全随机的。
本身你的体系就非常简单,随机的余地很小,所以看上去随机性才不强
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:01:19 | 只看该作者 Only view this author
zhouquan 发表于 2019-7-23 16:47
报错提示L612,这是什么错误啊,高斯官网没说

怎么正确提问看
提问Gaussian问题的注意事项;Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829

NBO相关问题在本论坛的“波函数分析与Multiwfn”板块有专门的分类,NBO问题应当发在那里
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:02:19 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-23 08:33
请问老师,对于预测相互作用强度和预测反应活性位点这两个目的,用ALIE、福井函数、双描述符这三个方法从流 ...

ALIE和福井函数最好都考虑,如果结果一致,就更有把握。如果互相冲突,哪个可靠都不好说
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:02:39 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2019-7-22 16:14
老师您好,我需要做一个PED计算,查看了您的帖子http://sobereva.com/75之后,我下载了您编译的版本,打开 ...

你的用法不对。仔细看文中用法说明和例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-23 19:03:18 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2019-7-23 14:52
老师,关于BSSE校正,指定片段:像离子液体一般都是阴阳离子组成,体系中再添加一个分子的话,体系包含着三 ...

如果你想考察整个离子液体与某个分子的相互作用,离子液体的阴阳离子整体作为一个片段
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发表于 Post on 2019-7-23 19:21:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-23 19:02
ALIE和福井函数最好都考虑,如果结果一致,就更有把握。如果互相冲突,哪个可靠都不好说

谢谢老师,文献中用前线分子轨道的较多,福井函数也有看到,相比之下ALIE和双描述符相对较少,请问老师:
(1)相比于福井函数、ALIE和双描述符,是否前线分子轨道有些过时了?
(2)如果对这几个分析方法的实用性排个序。是否为福井函数>ALIE>双描述符>前线分子轨道?

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发表于 Post on 2019-7-23 20:21:12 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我计算C8H6SO+H2O2=C8H6SO2+H2O这个反应在溶剂下的标准摩尔反应焓,是这么算的:1. m062x/6-311g(d,p) SCRF=SMD  来做结构优化和freq计算 得到H的校正量2. 在1的结构下,用M062X/6-31G(d),用scrf=SMD 计算单点能,然后不加溶剂 在算一次气相下的单点能,二者求差值,得到SMD溶剂模型下的溶解自由能。3 在1结构下 用 b2plypd3/aug-cc-pvtz  基组计算单点能 得到高精度单点能。那么这个物质的最终在溶剂中的H就是 =1的校正量+2的溶解自由能+3的高精度单点能。然后对反应中所有物质都这样算一遍 再把反应后所有物质的H减去反应前物质的H就得到反应焓了,计算出来的H是正值,吸热反应,但是我过渡态显示它是个放热反应。不知道自己哪里算错了,谢谢老师!

TIM截图20190723201928.png (15.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

过渡态能量图

过渡态能量图

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发表于 Post on 2019-7-24 07:33:30 | 只看该作者 Only view this author
oucli 发表于 2019-7-22 16:14
老师您好,我需要做一个PED计算,查看了您的帖子http://sobereva.com/75之后,我下载了您编译的版本,打开 ...

推荐使用vibAnalysis,方便快捷。
https://github.com/teixeirafilipe/vibAnalysis#vibanalysis

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发表于 Post on 2019-7-24 08:28:21 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在找异构体01和02之间的过渡态,过渡态的能量只比异构体01的高一点,却比02的能量低很多,但是跑路径的时候又能跑出两个异构体,请问怎么解决呢?

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发表于 Post on 2019-7-24 09:52:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-18 22:00
仔细看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/ ...

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-7-24 10:39:00 | 只看该作者 Only view this author
老师好,做ECD计算很久了, 今天刚发现优化后的输出文件里的 Maximum Force 等都是no,以前从没留意过,想问一下这些数据代表的事什么,NO后继续做ECD计算有什么影响吗?

TIM截图20190724103832.png (8.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

TIM截图20190724103832.png

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发表于 Post on 2019-7-24 15:14:15 | 只看该作者 Only view this author
zxxzyxy 发表于 2019-7-23 20:21
老师您好,我计算C8H6SO+H2O2=C8H6SO2+H2O这个反应在溶剂下的标准摩尔反应焓,是这么算的:1. m062x/6-311g ...

已经解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-24 22:37:00 | 只看该作者 Only view this author
black6159 发表于 2019-7-24 10:39
老师好,做ECD计算很久了, 今天刚发现优化后的输出文件里的 Maximum Force 等都是no,以前从没留意过,想 ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html

位移变化还太大,算ECD不可靠
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-24 22:37:52 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-24 08:28
sob老师,我在找异构体01和02之间的过渡态,过渡态的能量只比异构体01的高一点,却比02的能量低很多,但是 ...

过渡态能量比02低,说明之间还有中间体,不可能从这个过渡态直接跑出来02,除非你把数据读错了
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