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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-26 22:39:23 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2019-7-26 17:18
老师,您好!请问:
我想研究酯、卤代烃之间的弱相互作用,比如氢键,用DFT/b3lyp/6-311+g(d,p),加上em=G ...

合适
最好用em=GD3BJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-26 22:40:42 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-25 22:24
请问老师,计算A在B上的吸附作用和吸附能,有二个问题请教:
(1)平时都是用电子能量相减计算,这次审稿 ...

自由能变更直接体现吸附稳定性

opt freq最好用6-311G*。然后取Sum of electronic and thermal Free Energies=”,加到这个结构下用大基组下算的电子能量上作为自由能值
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发表于 Post on 2019-7-27 00:03:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-26 22:40
自由能变更直接体现吸附稳定性

opt freq最好用6-311G*。然后取Sum of electronic and thermal Free En ...

谢谢老师,请问老师:
(1)小基组下的“Sum of electronic and thermal Free Energies=”已经包括电子能量,再加到大基组的电子能量上会不会重复?
(2)直接取小基组下的“Sum of electronic and thermal Free Energies=”算吸附自由能变可以用来发文章吗?
(3)如果一篇文章中用了吉布斯自由能算,电子能量算的数据是否还有必要在文中讨论?自由能变更体现吸附稳定性,那电子能量变与之相比优势在哪?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-27 04:39:29 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-27 00:03
谢谢老师,请问老师:
(1)小基组下的“Sum of electronic and thermal Free Energies=”已经包括电子 ...

1 取的是Thermal correction to Gibbs Free Energy=。上头看错了
2 碰见外行人能发
3 可以不讨论。但如果想讨论-TS、Hcorr项的影响则可以同时给出并讨论
没有优势,图省事才用电子能量讨论
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发表于 Post on 2019-7-27 14:32:06 | 只看该作者 Only view this author

计算时结构优化能正常结束,但是频率计算失败,需要怎么改??求助

输入是这样的:%mem=24GB#p b3lyp/gen guess=mix opt freq pseudo=read scrf(solvent=h2o) scf(maxcycle=500,conver=8) nosymm iop(1/8=2)

但是任务结束后只出现了一个 normal teimination

传回的log文件中也没有能量计算的具体输出

捕获.JPG (139.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

捕获.JPG

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-28 04:18:30 | 只看该作者 Only view this author
yaoYC 发表于 2019-7-27 14:32
输入是这样的:%mem=24GB#p b3lyp/gen guess=mix opt freq pseudo=read scrf(solvent=h2o) scf(maxcycle=50 ...

你截图体现根本都还没算完
不可能没输出能量,肯定没读对地方,仔细看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

不要写scf(maxcycle=500,conver=8)这种多余的关键词,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
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发表于 Post on 2019-7-28 20:32:29 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想用Gassian做双分子体系(A分子,B分子)的几何优化,实验上是外界光照下发生了质子转移,形成了 A-,B+离子形式。想问一下对A-,B+体系进行优化,初始结构是取优化后的A,B分子体系,进行加H、去氢操作?还是取优化前 A,B分子 直接去H,加H得到的离子形式?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 08:00:52 | 只看该作者 Only view this author
李小左 发表于 2019-7-28 20:32
老师好,我想用Gassian做双分子体系(A分子,B分子)的几何优化,实验上是外界光照下发生了质子转移,形成 ...

后者。A和B是放在一起考虑的
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发表于 Post on 2019-7-29 08:02:05 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,氧原子有两个单电子和一对孤对电子,当氧原子与其它原子组成分子时,有哪些方法可以考察氧原子是用1单电子还是2个单电子,还是孤对电子与其它原子成键?

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发表于 Post on 2019-7-29 16:39:20 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想计算氘气,在输入文件中把H改成D以后,优化计算出来的两个氘没有键相连,不知道是出了什么问题?

D2.gjf

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D2.out

39.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2019-7-29 17:40:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-28 04:18
你截图体现根本都还没算完
不可能没输出能量,肯定没读对地方,仔细看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什 ...

谢谢老师,当时在查作业的时候显示这个任务已经不再进行,也有了output文件,然后频率就一直没算,我之后单独算了一次频率,没有报错,就是没有完成频率的计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 22:45:29 | 只看该作者 Only view this author
流年狭路相逢 发表于 2019-7-29 16:39
老师您好,我想计算氘气,在输入文件中把H改成D以后,优化计算出来的两个氘没有键相连,不知道是出了什么问 ...

根本就不能这么写
应当写H(iso=2)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 22:47:04 | 只看该作者 Only view this author
yaoYC 发表于 2019-7-29 17:40
谢谢老师,当时在查作业的时候显示这个任务已经不再进行,也有了output文件,然后频率就一直没算,我之后 ...

如果你的意思是频率计算中途没有报错就莫名其妙断掉了,看以下文字:

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-29 22:50:36 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-29 08:02
请问老师,氧原子有两个单电子和一对孤对电子,当氧原子与其它原子组成分子时,有哪些方法可以考察氧原子是 ...

用Multiwfn做个自旋布居分析看看单电子分布情况就知道了

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
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发表于 Post on 2019-7-30 11:42:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-29 22:45
根本就不能这么写
应当写H(iso=2)

老师您好,我就是写的是H(iso=2),算出来两个氢原子没有键连接,附件里是我的输入文件

D2.gjf

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