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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-24 22:40:46 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-23 19:21
谢谢老师,文献中用前线分子轨道的较多,福井函数也有看到,相比之下ALIE和双描述符相对较少,请问老师: ...

过时了

双描述符的地位没那么低。有时候比福井函数还好。ALIE和福井函数哪个更可靠不一定,只能说这三个整体来说都比前线轨道更靠谱,虽然也不排除反例
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-7-24 22:49:01 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在做密度差时,体系电荷与自旋多重度分别为-1和1,那么在拆分片段1与片段2时,这个-1电荷给片段1还是片段2?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-24 22:50:00 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-24 22:49
请问老师,在做密度差时,体系电荷与自旋多重度分别为-1和1,那么在拆分片段1与片段2时,这个-1电荷给片段1 ...

这相当于设定绘制密度差的参考状态,这个选取是有任意性的,看具体体系以及自己想研究什么过程的密度变化
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发表于 Post on 2019-7-24 22:52:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-24 22:50
这相当于设定绘制密度差的参考状态,这个选取是有任意性的,看具体体系以及自己想研究什么过程的密度变化

谢谢老师。

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发表于 Post on 2019-7-25 11:10:45 | 只看该作者 Only view this author
老师 我现在计算一个配合物的垂直电子亲和能,是根据老师在论坛里面发的方法进行计算的(图),现在有两个困扰我的地方。
一:我计算的Ru配合物整体带电是+2,所以我在基态几何结构优化的过程中把电荷设为+2,自旋多重度为1,得到的能量也就是图片里的E(N),所以当N-1时,配合物电荷为+3,而自选多重度为2,请问老师我这样设置电荷和自旋多重度是否正确?
二:现在我还想计算T1态结构下的垂直电离势,考虑到三重激发态的自选多重度是3,那么在计算E(N-1)时就只改电荷吗?自旋多重度就不改了吗?还是加上关键词triplet,然后像问题一中的方法既改电荷又改自旋多重度呢?
谢谢老师~

图1.png (55.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图1.png

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发表于 Post on 2019-7-25 13:05:58 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如果采用Multiwfn做密度差导出cube,之后用gview做等值面图,将cube倒入gview后,Results---Surfaces/Contours---Surfaces Actions---New Surfaces,这时选项MO= 和 Density= 该如何要填写?这两个值哪个是isovalue?

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发表于 Post on 2019-7-25 14:26:00 | 只看该作者 Only view this author
Leave Link 9999 at Mon Jul  8 09:37:41 2019, MaxMem= 1073741824 cpu:       0.1
Job cpu time:  0 days 11 hours  6 minutes  5.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     66 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Mon Jul  8 09:37:41 2019.
(Enter /home/program/g09/l1.exe)
Link1:  Proceeding to internal job step number  2.
----------------------------------------------------------------------
#P Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6-31+G(d
,p) Freq
----------------------------------------------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
Check SCRF=Check GenChk RTD-B3LYP(FC)/6-
                         '
Last state="GCL"
TCursr= 1046 LCursr=   48
Error termination via Lnk1e in /home/program/g09/l1.exe at Mon Jul  8 09:37:41 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     66 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1
我想问问老师,在提示语法错误时RTD的R是什么错误怎样才能消除呢
命令行是#p opt b3lyp/6-31+g(d,p) TD freq,奇怪的是用同样地方式算类似物质输出文件没有这个问题,有些搞不清楚

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-25 21:16:33 | 只看该作者 Only view this author
白雪少年 发表于 2019-7-25 14:26
Leave Link 9999 at Mon Jul  8 09:37:41 2019, MaxMem= 1073741824 cpu:       0.1
Job cpu time:  0 da ...

貌似你用的opt freq。当前明显opt步骤没收敛
较大任务建议opt和freq分开算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-25 21:17:14 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-25 13:05
请问老师,如果采用Multiwfn做密度差导出cube,之后用gview做等值面图,将cube倒入gview后,Results---Surf ...

用VMD效果好得多,还更容易,而且免费,见
在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法
http://sobereva.com/483http://bbs.keinsci.com/thread-13329-1-1.html

非要用gview不可,density就是指isovalue
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-25 21:52:21 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2019-7-25 11:10
老师 我现在计算一个配合物的垂直电子亲和能,是根据老师在论坛里面发的方法进行计算的(图),现在有两个 ...

1 对
2 自旋多重度肯定得改,不可能电子数变了1自旋多重度还不变
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发表于 Post on 2019-7-25 22:24:57 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,计算A在B上的吸附作用和吸附能,有二个问题请教:
(1)平时都是用电子能量相减计算,这次审稿人提出要算自由能,请问这个有道理吗?为什么要用自由能?
(2)如果要算自由能:我的体系电子能量的吸附能计算是先用6-31G(d)优化+频率,再用6-311+G(d,p)算单点。请问老师我这种情况算自由能该怎么办,是直接取6-31G(d)基组下“Sum of electronic and thermal Free Energies=”这个值相减计算吗?还是要在6-311+G(d,p)基组下再算频率进行计算?

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发表于 Post on 2019-7-26 09:34:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-25 21:52
1 对
2 自旋多重度肯定得改,不可能电子数变了1自旋多重度还不变

好的 谢谢老师~

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发表于 Post on 2019-7-26 17:18:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!请问:
我想研究酯、卤代烃之间的弱相互作用,比如氢键,用DFT/b3lyp/6-311+g(d,p),加上em=GD3 ,这种方法合适吗?

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发表于 Post on 2019-7-26 19:27:22 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,在您的帖子《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》中提到了“对于弱相互作用体系、柔性大体系优化遇到不收敛时优先尝试opt=GDIIS”。我的问题是:g16是不是默认为GEDIIS?GEDIIS是不是比GDIIS对于收敛更有帮助?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-26 22:38:58 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-7-26 19:27
老师您好,在您的帖子《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》中提到了“对于弱相互作用体系、柔性大 ...



GEDIIS对于势能面平坦的体系往往不如GDIIS
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