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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-30 21:08:22 | 只看该作者 Only view this author
流年狭路相逢 发表于 2019-7-30 11:42
老师您好,我就是写的是H(iso=2),算出来两个氢原子没有键连接,附件里是我的输入文件

仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-7-30 22:42:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-30 21:08
仔细看
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414(http://bbs.keinsci.com/thread-9840- ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-30 23:02:01 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,一个体系有两个异构体,异构体01和02间能量相差12千卡,过渡态和异构体01相差13千卡,请问,异构体01稳定吗?异构体02和过渡态的能垒只有1千卡,能不能说明即使转化成02,也非常容易回到01呢?sob老师,请问还有其他的方式分析一个异构体稳定性的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 04:53:40 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-30 23:02
sob老师,一个体系有两个异构体,异构体01和02间能量相差12千卡,过渡态和异构体01相差13千卡,请问,异构 ...

互相转化容易,01出现比率是多大用你用boltzmann分布公式一算就知道。02很不稳定
除了能量角度外,还可以跑动力学
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发表于 Post on 2019-7-31 10:36:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-31 04:53
互相转化容易,01出现比率是多大用你用boltzmann分布公式一算就知道。02很不稳定
除了能量角度外,还可 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-7-31 10:43:53 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,你说过“氢的弥散函数绝大多数情况没什么用”,个别情况氢原子电子富集需要加弥散。请问:
(1)是不是氢与金属形成氢化物的情况要给氢加弥散?
(2)那么对于形成氢键,氢气吸附(不形成氢化物)这两种种情况需要给氢加弥散吗?
(3)对于研究氢气在过渡金属表面解离反应机理时需要给氢加弥散吗?

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发表于 Post on 2019-7-31 14:48:29 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,在做氢键扫描的时候,发现水分子结构震荡导致最后无法收敛,请问可以把水分子的相对位置固定住,再进行扫描么?如果可以的话,要怎么改输入文件呢?

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发表于 Post on 2019-7-31 17:02:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好~我是一名高中化学老师想开设计算化学选修课,我想在课程内容中加几个高中生能理解的计算化学推动科研的例子,不知道老师您有没有经典案例?先谢谢您了

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发表于 Post on 2019-7-31 21:39:23 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,A与B反应相互作用能为E1,形成一个C-O键;A与C反应相互作用能为E2,也形成一个C-O键。与A、C的相比,A、B间电荷转移值小,形成的C-O键Mayer键序大、键长短,E1绝对值小于E2。请问老师,电荷转移大小与相互作用能趋势一致,而键序、键长又与相互作用能趋势不一致,这种情况在写文章时该如何处理?谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 22:23:01 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-7-31 17:02
sob老师好~我是一名高中化学老师想开设计算化学选修课,我想在课程内容中加几个高中生能理解的计算化学推动 ...

这个话题略大,建议你单独发个帖子,这样更能集思广益
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 22:24:00 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-7-31 10:43
请问老师,你说过“氢的弥散函数绝大多数情况没什么用”,个别情况氢原子电子富集需要加弥散。请问:
(1 ...

1 没有必然性。这和金属的特征有关系,诸如LiH那肯定得给H加弥散,但如果是过渡金属,其实电负性往往不是特别小,与它相连的氢并没有带特别多负电荷
2、3 不需要
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 22:37:07 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-7-31 14:48
请问一下,在做氢键扫描的时候,发现水分子结构震荡导致最后无法收敛,请问可以把水分子的相对位置固定住, ...

加上帮助收敛的关键词,诸如gdiis、减小步长上限等等
或者改用柔性扫描
或者放宽优化收敛限
冻结未必能起到效果,可能会穷折腾一番
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-31 22:42:26 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-7-31 21:39
请问老师,A与B反应相互作用能为E1,形成一个C-O键;A与C反应相互作用能为E2,也形成一个C-O键。与A、C的相 ...

没具体情况不好说,情况比较反常
应再次确认计算的键能没有问题(注意片段不应当进行优化,这样得到的键能才与当前结构下的实际键的强度更能对应),而且Mayer键级计算也没有犯严重错误(比如用了弥散函数)
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发表于 Post on 2019-8-1 10:38:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-31 22:23
这个话题略大,建议你单独发个帖子,这样更能集思广益

谢谢老师~~

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发表于 Post on 2019-8-1 12:18:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-7-31 22:42
没具体情况不好说,情况比较反常
应再次确认计算的键能没有问题(注意片段不应当进行优化,这样得到的键 ...

谢谢老师,做的是吸附能,片段都优化了,这种情况可不可能是吸附导致片段结构变化,使得吸附能反常?

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