计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

9421#
发表于 Post on 2019-8-1 16:12:20 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。我使用ADMP分析一个结构的稳定情况,有两个问题:1.是要看不同温度下的potential energy吗?图形是波浪线就是稳定吗?
2.还是看具体温度下每个时间点对应的构型,如果常温下的构型也没有变化成其他异构体或者解离,是不是就说明稳定了呢?

10

帖子

0

威望

201

eV
积分
211

Level 3 能力者

9422#
发表于 Post on 2019-8-1 16:31:22 | 只看该作者 Only view this author
老师好,请问这样的写法CCSD/MG3S//QCISD/MG3,指的是在QCISD/MG3优化结构,然后在CCSD/MG3S算能量吗?
还是反过来?我有点错乱

88

帖子

0

威望

549

eV
积分
637

Level 4 (黑子)

9423#
发表于 Post on 2019-8-1 16:34:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-8-1 16:35 编辑

老师好
我的体系在计算过程中出现了这样的报错,好像是两个错误,不知道原因是什么。
第二个错误在最开始算的时候就出现过,属于提交后十秒都不到就报错那种,后来我用GaussianView重新保存了一遍已经编辑好的输入文件,才不再提示这样的错误了,没想到算了一天多之后又这样。
能请您帮我看一下吗?
谢谢~


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9424#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 23:01:17 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-1 16:12
sob老师,你好。我使用ADMP分析一个结构的稳定情况,有两个问题:1.是要看不同温度下的potential energy吗? ...

1 没有这说
2 对于某个温度,在合理的计算级别下,如果跑很长时间结构也没有异构化、散架等等,就说明当前温度下,至少从动力学角度上,是稳定的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9425#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 23:02:27 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-8-1 16:34
老师好
我的体系在计算过程中出现了这样的报错,好像是两个错误,不知道原因是什么。
第二个错误在最开始 ...

第一个error是误差,不是错误
第二个仔细看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

那叫GaussView不叫GaussianView
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9426#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 23:02:59 | 只看该作者 Only view this author
bria6677 发表于 2019-8-1 16:31
老师好,请问这样的写法CCSD/MG3S//QCISD/MG3,指的是在QCISD/MG3优化结构,然后在CCSD/MG3S算能量吗?
还 ...



PS:当前这种组合是很糟糕的,绝对不要用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9427#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 23:04:06 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-1 12:18
谢谢老师,做的是吸附能,片段都优化了,这种情况可不可能是吸附导致片段结构变化,使得吸附能反常?

比较不优化片段的情况
如果和期望的一致,就说明可能是片段的变形能的引入导致的与观念不符
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

9428#
发表于 Post on 2019-8-2 11:17:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-1 23:01
1 没有这说
2 对于某个温度,在合理的计算级别下,如果跑很长时间结构也没有异构化、散架等等,就说明当 ...

感谢sob老师。请问,如果我想要把ADMP中不同温度下得到的两个曲线放到一个图里怎么做呢?我保存的时候发现是txt格式,也不能直接复制到excel里,请问该怎么做?非常感谢!

29

帖子

0

威望

197

eV
积分
226

Level 3 能力者

9429#
发表于 Post on 2019-8-2 17:24:33 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,出现这种情况应该怎么办呢?(图中标记的地方)

Y}5P{D2E{3RAH9)_3)SNH28.png (64.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

Y}5P{D2E{3RAH9)_3)SNH28.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9430#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-3 00:35:01 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-2 11:17
感谢sob老师。请问,如果我想要把ADMP中不同温度下得到的两个曲线放到一个图里怎么做呢?我保存的时候发 ...

没有什么困难啊
txt格式太正常了,这是标准的记录文本的格式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125152

管理员

公社社长

9431#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-3 01:33:17 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2019-8-2 17:24
sob老师您好,出现这种情况应该怎么办呢?(图中标记的地方)

我不知道你想问什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6212

eV
积分
6771

Level 6 (一方通行)

9432#
发表于 Post on 2019-8-3 11:25:13 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,同一个分子结构的log或fchk文件中的原子编号,在gview中和在Multiwfn中是一致的吗?为什么?

91

帖子

0

威望

419

eV
积分
510

Level 4 (黑子)

9433#
发表于 Post on 2019-8-3 15:20:11 | 只看该作者 Only view this author
sob老师    1.高斯优化单点结构时,得到的.chk文件保存的是优化前输入结构的波函数还是优化后得到结构的波函数
               2. 利用sobmecp搜索MECP结构,文件包里的.chk文件保存的是搜索设定结构的波函数还是MECP结构的波函数
谢谢老师

29

帖子

0

威望

197

eV
积分
226

Level 3 能力者

9434#
发表于 Post on 2019-8-3 16:15:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-3 01:33
我不知道你想问什么

中间体的能量比过渡态高很多

139

帖子

0

威望

473

eV
积分
612

Level 4 (黑子)

9435#
发表于 Post on 2019-8-3 18:03:38 | 只看该作者 Only view this author

高斯l1.exe报错

老师,我在高斯中输入文件和错误提示如图片1中所示,想问一下是MP2方法不能作垂直激发吗?可是为什么第二张图片中也是用MP2做垂直激发就可以正常结束。

微信图片_20190803175831.png (404.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

微信图片_20190803175831.png

1.png (176.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1.png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 17:24 , Processed in 0.304006 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list