简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

Theor_Comp · 发表于 Post on 2019-9-14 23:32:37

Sob老师，您好。在使用Gaussian与ORCA联用过程中，为了优化结构，在Gaussian输入文件中使用了opt(nomicro,calcfc)，在orca.sh中考虑了溶剂效应，但是由于ORCA再考虑溶剂效应时无法获得解析频率，所以无法运行。不知有什么解决办法没有？
WARNING: CPCM is not implemented for the analytical Hessian
      Please use the numerical Hessian instead
      for frequencies  : !NumFreq
      for optimizations: %geom Calc_Hess true; NumHess true end

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-15 12:00:21

Theor_Comp 发表于 2019-9-14 23:32
Sob老师，您好。在使用Gaussian与ORCA联用过程中，为了优化结构，在Gaussian输入文件中使用了opt(nomicro,c ...

如提示所示，关键词里加上NumFreq

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-15 12:01:53

shalene 发表于 2019-9-14 11:52
请问SSPCM得到的也是垂直激发能吧，尽管是平衡后的？

你对单个结构下用SS-PCM方式计算，就是这个结构下的垂直激发能。至于溶剂快部分是平衡还是非平衡，这个可以自己设，Gaussian此时默认用的是平衡溶剂（快部分已响应溶质电荷分布）

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-15 12:06:54

asasas 发表于 2019-9-14 07:11
sob老师好，我想用Guassian算NaCl的离子键键能（晶格能），不知有没有办法实现，图片内容是用波恩-哈伯循环 ...

光靠Gaussian实现不了，因为这牵扯到晶体，光靠气相的NaCl反映不了

Theor_Comp · 发表于 Post on 2019-9-15 12:14:52

本帖最后由 Theor_Comp 于 2019-9-15 12:21 编辑

sobereva 发表于 2019-9-15 12:00
如提示所示，关键词里加上NumFreq

谢谢Sob老师，是在level="BLYP def2-svp def2/J CPCM(water)"加上numfreq，还是说是在if [ $derivs == "2" ] ; then task="engrad freq" 里把freq改为Numfreq呢？
另外，我刚才研究了ORCA4.1.2，发现它是支持CPCM的解析hessian的，但是运行过程中出现以下问题：

         ************************************************************
         *       Program running with 12 parallel MPI-processes *
         *             working on a common directory             *
         ************************************************************

-------------------------------------------------------------------------------
                           ORCA SCF HESSIAN
-------------------------------------------------------------------------------

Hessian of the Kohn-Sham DFT energy:
Kohn-Sham wavefunction type                   ... RKS
Hartree-Fock exchange scaling                   ... 0.200
Number of operators                            ... 1
Number of atoms                               ... 59
Basis set dimensions                            ... 1620
Integral neglect threshold                      ... 2.5e-11
Integral primitive cutoff                      ... 2.5e-12

Setting up DFT Hessian calculations             ...
Electron density on the grid                   ... found on disk
Electron density on the final grid             ... found on disk
Building xc-kernel on the grid                ... done (    0.1 sec)
Building xc-kernel on the final grid          ... done (    0.2 sec)
                                                   done (    1.0 sec)

Nuclear repulsion Hessian                      ... done (    0.0 sec)
2 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)

ORCA finished by error termination in SCF Hessian
Calling Command: mpirun -np 12  /orca/4.1.2/orca_scfhess_mpi mol.scfhess.inp mol
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

这是怎么回事呢？

asasas · 发表于 Post on 2019-9-15 15:34:45

sobereva 发表于 2019-9-15 12:06
光靠Gaussian实现不了，因为这牵扯到晶体，光靠气相的NaCl反映不了

谢谢老师~

Razn · 发表于 Post on 2019-9-15 16:45:11

求助：
硬软件：E5双路服务器（按初级班老师提供的配置），装的win 10系统，用的G09 D.01版本。
在计算老师给的file-opt里面的乙醇例子时，会一直卡在:
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
自己写的输入文件均会卡在这里，也没有报错。我用自己普通笔记本均能跑这些输入文件。
不清楚是哪里出问题了，恳请各位大佬帮帮我。

Theor_Comp · 发表于 Post on 2019-9-16 19:56:14

Sob老师，使用Gaussian与ORCA联用优化带有弱相互作用的有机分子复合物，scf可以收敛，但是几何优化的能量在十几步之后也没有明显下降，四个收敛标准中还都没有yes。请问这种情况该怎么办？尝试下#p opt(nomicro,gdiis) external='./orca.sh'？

土拔鼠 · 发表于 Post on 2019-9-16 21:54:10

Sob老师请问

1. 我在研究有机分子在水溶液的聚集状态我是否可以在进行PCA后取概率分布最高处的几个点作平均结构再算单点能去研究分子之间的弱相互作用？

2. 延长模拟时间和进行多样本的平行（比如500ns或5*100ns），您更建议哪一种方法去进行增强采样？

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-17 03:16:06

Theor_Comp 发表于 2019-9-16 19:56
Sob老师，使用Gaussian与ORCA联用优化带有弱相互作用的有机分子复合物，scf可以收敛，但是几何优化的能量在 ...

照常用帮助几何优化收敛的关键词

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

但文中提到的增加积分格点精度的做法此时是体现在ORCA的关键词里的

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-17 03:19:06

土拔鼠发表于 2019-9-16 21:54
Sob老师请问

1. 我在研究有机分子在水溶液的聚集状态我是否可以在进行PCA后取概率分布最高处的几个点 ...

1 这跟PCA没有什么关系。倒不如做归簇，取容量最大的几个簇再做分析（容量体现了这种构型出现的概率）
2 看具体情况。可能效果是基本一样的

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-17 03:19:51

Razn 发表于 2019-9-15 16:45
求助：
硬软件：E5双路服务器（按初级班老师提供的配置），装的win 10系统，用的G09 D.01版本。
在计算老 ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

此文专门提了，在较新的XEON服务器上跑windows版Gaussian可能会卡住

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-17 03:21:59

Theor_Comp 发表于 2019-9-15 12:14
谢谢Sob老师，是在level="BLYP def2-svp def2/J CPCM(water)"加上numfreq，还是说是在if [ $derivs == " ...

用ORCA 4.2再试

498746012 · 发表于 Post on 2019-9-17 10:17:29

sob老师打扰了，我在用calcfc计算过渡态时，而且用两个节点进行并行，每个节点12核，已经算了15-16个小时，第一步的calcfc还没有算完，是不是两个节点并行比一个节点还要慢啊？

Theor_Comp · 发表于 Post on 2019-9-17 18:47:40

sobereva 发表于 2019-9-17 03:16
照常用帮助几何优化收敛的关键词

解决SCF不收敛问题的方法

Sob老师，可以这样理解吗，关于提高几何优化收敛方面的关键词写在Gaussian的输入文件里#p opt(gdiis,nomicro)，而关于提高scf收敛的关键词要写在orca里？这样对吗？

另外，发现Gaussian与ORCA联用时，如果opt(nomicro,calcfc)则orca需要计算hessian矩阵，这个非常耗时，12个核也得一两天。所以，我在想：能不能在SCF过程中，需要能量和梯度的时候调用ORCA来算，而需要hessian矩阵的时候直接用Gaussian自己计算的？这个需要改什么？

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