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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-9-18 00:52:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,反应历程的吉布斯自由能怎么算?A+B代表的是,反应物A和反应物B,3m21是第一个中间体。如何使用Sum of electronic and thermal Free Energies来计算每个结构的ΔG

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发表于 Post on 2019-9-18 09:17:57 | 只看该作者 Only view this author
请教一个基础问题,“1 M标准态的环氧乙烷在乙醇中的自由能”,这里说的自由能指的是吉布斯自由能吗?通常情况下,自由能的大小能说明什么问题?谢谢

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发表于 Post on 2019-9-18 11:31:25 | 只看该作者 Only view this author
请教Sob老师:
单纯使用Gaussian时尽管每个SCF收敛的时间长一点,但是几个SCF done之后,几何优化的能量就降下来,而且几何优化的收敛标准中就能变成YES。
相比而言,Gaussian与ORCA联用中,尽管SCF步比较快,每个SCFdone的时间要比纯Gaussian快很多,但是30-50个SCF done之后,几何优化的能量要么没有什么明显变化,要么收敛标准中四个标准中距离YES仍很远,这是什么原因呢?如何解决呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 18:34:18 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-18 11:31
请教Sob老师:
单纯使用Gaussian时尽管每个SCF收敛的时间长一点,但是几个SCF done之后,几何优化的能量就 ...

用解决几何优化不收敛的做法处理,诸如增加ORCA里的积分格点精度,改成gdiis等等
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 18:35:25 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-18 09:17
请教一个基础问题,“1 M标准态的环氧乙烷在乙醇中的自由能”,这里说的自由能指的是吉布斯自由能吗?通常 ...



就是普化、物理化学书上都讲过的,可以用于判断平衡常数、反应的自发性等。还可以结合过渡态理论预测反应速率常数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 18:36:59 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2019-9-17 10:17
sob老师打扰了,我在用calcfc计算过渡态时,而且用两个节点进行并行,每个节点12核,已经算了15-16个小时, ...

Gaussian跨节点效率不怎么样,除非用的Infinite band,否则根本别考虑跨节点。现在>99.9%的人跑Gaussian都不跨节点。本身单个节点越来越胖,跨节点越来越没有实际意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 18:38:38 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-17 18:47
Sob老师,可以这样理解吗,关于提高几何优化收敛方面的关键词写在Gaussian的输入文件里#p opt(gdiis,nomi ...



只有freq让Gaussian自己算,据我所知没法实现(除非你自行改写.sh脚本,让这个脚本再单独调用一个Gaussian算Hessian)对于calcfc的情况,你可以先用Gaussian跑出来Hessian,然后用readfc直接从chk里读第一步的Hessian。但我没试过程序是否允许这样
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-18 18:42:18 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-9-18 00:52
老师,反应历程的吉布斯自由能怎么算?A+B代表的是,反应物A和反应物B,3m21是第一个中间体。如何使用Sum o ...

怎么算自由能此文末尾有例子
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2019-9-18 20:09:27 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,现想计算SMD模型下的偶极矩,应该选用(B2PLYPD3/def2TZVP SMD)还是选择(B3LYP/AUG-CC-PVDZ SMD)

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发表于 Post on 2019-9-19 13:21:58 | 只看该作者 Only view this author

Gaussview向gaussian提交计算出错(新手安装)

报错和提交计算时link0界面如图所示,out文件为空,没有计算,gjf文件内容如下

%chk=D:\Program Files\G09W\TEST01.chk
# hf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                 -1.20454550    2.27272724    0.00000000
H                 -0.84789108    1.26391724    0.00000000
H                 -0.84787266    2.77712543    0.87365150
H                 -0.84787266    2.77712543   -0.87365150
H                 -2.27454550    2.27274042    0.00000000

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4



请问这种情况该怎么处理,新手小白,请求大神指导。。。背景:windows系统

link0.png (20.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

提交时link0界面

提交时link0界面

gaussiview报错.png (112.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

GaussView向gaussian提交计算时报错界面

GaussView向gaussian提交计算时报错界面

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-19 16:08:39 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-19 13:21
报错和提交计算时link0界面如图所示,out文件为空,没有计算,gjf文件内容如下

%chk=D:\Program Files\G ...

别用gview那个垃圾calculation setup界面提交
直接自己用Gaussian计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-19 16:09:31 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-18 20:09
请问老师,现想计算SMD模型下的偶极矩,应该选用(B2PLYPD3/def2TZVP SMD)还是选择(B3LYP/AUG-CC-PVDZ SM ...

B3LYP/def2-TZVPD是首选,又便宜又好
没必要用双杂化,太贵,改进不显著。而且def2-TZVP不带弥散别指望算准偶极矩
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发表于 Post on 2019-9-19 17:08:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,ORCA中为了得到hessian矩阵,在关键词上写freq与%geom Calc_Hess True,得到的hessian矩阵有什么区别呀?

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9749#
发表于 Post on 2019-9-19 23:10:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-18 18:38


只有freq让Gaussian自己算,据我所知没法实现(除非你自行改写.sh脚本,让这个脚本再单独调用一个G ...

我是这样想的,优化时, opt=recalc=3,用ORCA分别来算engrad和freq,算engrad用正常的方法和基组,而算freq因为只是为了获得hessian,则用低水平的方法和基组,这样采用Gaussian+ORCA优化几何结构时,写opt=recalc=3也就不会在计算hessian上花很多时间了,不知这样是否可行?

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发表于 Post on 2019-9-20 08:10:11 | 只看该作者 Only view this author

【求助】Gaussian09计算最优化结构及频率后,无法打开纯文本文件

刚刚接触计算化学和使用Gaussian软件,希望论坛前辈们帮助一下,Gaussian09计算最优化结构及频率后,无法打开纯文本文件

微信图片_20190920080852.png (13.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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