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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 00:36:49 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-21 00:17
这是gjf文件,就是用gaussview简单画了一个甲烷分子想试用一下。。电脑是windows10系统,品牌HP,安装路 ...

%chk路径别有空格
而且路径中的目录必须是已经存在的目录

强烈建议你把Gaussian卸了,把那个路径里的空格替换成_,之后重新装Gaussian,免得后患无穷
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-9-21 05:43:29 | 只看该作者 Only view this author

优化好的配合物结构计算溶剂化自由能时出现自旋污染

努力学习计算的菜鸟一枚,优化Fe(II)配合物时 (自旋多重度为3)在水相中的结构:# opt freq pbe1pbe/6-311g(d,p) scrf=iefpcm em=gd3bj,可收敛,无虚频。但使用优化后的结构,用M052X/6-31G* em=GD3 计算溶剂化自由能时,气相自由能计算时总提示自旋污染:S**2 before annihilation     2.0320,   after     2.0001。不懂造成这种情况的原因,请各位前辈赐教!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 06:49:13 | 只看该作者 Only view this author
luckyyzc 发表于 2019-9-21 05:43
努力学习计算的菜鸟一枚,优化Fe(II)配合物时 (自旋多重度为3)在水相中的结构:# opt freq pbe1pbe/6-311 ...

根本不用管。
说自旋污染这个词之前一定要先从原理上搞懂什么叫自旋污染,否则就别乱说、别瞎想。
简单一句话,DFT计算不用管自旋污染。而至于对称破缺方式计算双自由基之类体系,没自旋污染还不行呢
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发表于 Post on 2019-9-21 09:55:32 | 只看该作者 Only view this author
好的!谢谢Sob老师!

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发表于 Post on 2019-9-21 15:20:58 | 只看该作者 Only view this author

关于自旋多重度和电荷的咨询

我打算把两个反应物(含硫有机化合物和过氧化氢)分子放在一起进行构型优化,其实含硫有机化合物是一个带负电的阴离子,把它和过氧化氢分子放在一起之后,如果我设置电荷和自旋多重度为-1,2,一运算就会显示错误,但是如果我把它改成-1,1,就还可以计算出一个结果。这是为什么呢?不是说自旋多重度是2s+1,s=n/2吗? 目前尝试了几组自旋多重度,只有是1或者3的时候高斯09软件才会计算。。。
不知道有没有大神知道的?

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发表于 Post on 2019-9-21 15:58:38 | 只看该作者 Only view this author
同一个分子使用不同泛函其它计算条件相同的情况下计算的Exc绝对值是否可以相互比较?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 17:00:12 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-9-21 15:58
同一个分子使用不同泛函其它计算条件相同的情况下计算的Exc绝对值是否可以相互比较?

Exc是什么?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 17:00:42 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-9-21 15:20
我打算把两个反应物(含硫有机化合物和过氧化氢)分子放在一起进行构型优化,其实含硫有机化合物是一个带负 ...

如果你那个含硫有机化合物原本是单重态,和单重态的过氧化氢放一起,自旋多重度还是1
甭管gview默认的值,自己根据最基本理论化学常识判断自旋多重度该怎么设
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发表于 Post on 2019-9-21 17:07:58 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2019-9-21 19:55:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hzfish 于 2019-9-21 19:57 编辑

下面是我使用Gaussian和ORCA测试计算的苯分子的交换-相互能,基组都使用def2-tzvp,积分分格点精度,Gaussian中使用int=ultrafine,ORCA使用Grid6 NoFinalGrid。
不同泛函数据,相同泛函Gaussian和ORCA计算数据之间能否直接比较?
functional
Gassian
ORCA
b3lyp:
-29.403189
-23.792174
B3PW91:
-29.320247
-23.709379
CAM-B3LYP:
-57.551140
-21.152745
m062x:
-29.291851
-14.142997
m06:
-29.228678
-21.657648
m06l:
-29.395236
-29.396173
PBE0:
-29.139831
-22.130390

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发表于 Post on 2019-9-21 23:04:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-21 00:36
%chk路径别有空格
而且路径中的目录必须是已经存在的目录

sob老师,我按您说的做了,卸载了gaussian和gaussview然后把路径换成了D:\computational_chem\G09W    还是同样的错误结果,没有计算%chk=D:\computational_chem\G09W\help\test01.chk  这句的意思是读取文件还是输出文件呢,我看我这个路径下并没有chk文件,是gaussview的原因吗?

test01.gjf

457 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2019-9-22 10:42:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,不加calcfc等参数利用CCSD进行结构优化,但是后面计算热力学常数(需要计算频率)的时候,不是还会需要二阶导数吗?到时候这个方法写CCSD,还是会提示没有二阶导数出错。

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发表于 Post on 2019-9-22 13:59:14 | 只看该作者 Only view this author
请问老师 我在xtb与Gaussian连用去优化团簇模型 体系大约200个原子 用的您的gau_xtb实现 我想固定氨基酸的αC 我在输入文件 .gjf中的原子坐标前 通过 0 -1 来冻结原子 但我看输出结果里相应编号的原子并没有被冻结 请问老师这种 参数里有external='./xtb.sh' 的gjf需要其他的方法进行原子冻结吗?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 07:43:51 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-9-22 13:59
请问老师 我在xtb与Gaussian连用去优化团簇模型 体系大约200个原子 用的您的gau_xtb实现 我想固定氨基酸的 ...

直接用xtb优化呗。除非是优化过渡态,否则没必要联用,联用还会影响效率
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-23 07:45:50 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2019-9-21 19:55
下面是我使用Gaussian和ORCA测试计算的苯分子的交换-相互能,基组都使用def2-tzvp,积分分格点精度,Gaus ...

是交换-相关不是交换-相互

数值相差太大,估计是哪里没弄对,否则俩程序算的交换-相关能不可能差这么多
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