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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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9766#
发表于 Post on 2019-9-20 10:20:45 | 只看该作者 Only view this author
新手从windows带来的坏习惯。路径和文件名统统不要有空格。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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9767#
发表于 Post on 2019-9-20 11:14:12 | 只看该作者 Only view this author

过渡态虚频很小,但是振动模式正确,跑IRC就两个点正常结束了

过渡态虚频很小(-82.14),但是振动模式正确,跑IRC就两个点正常结束了。


IRC.png (84.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

IRC

IRC

ts.png (287.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

ts

ts

ts.png (287.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

ts.png

IRC.png (84.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

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9768#
发表于 Post on 2019-9-20 12:41:59 | 只看该作者 Only view this author
苯基换成甲基的反应过渡态的虚频也不大,是-107.92,IRC也跑正确了

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9769#
发表于 Post on 2019-9-20 13:12:54 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2019-9-20 10:20
新手从windows带来的坏习惯。路径和文件名统统不要有空格。

十分感谢!!

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9770#
发表于 Post on 2019-9-20 17:47:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-19 16:08
别用gview那个垃圾calculation setup界面提交
直接自己用Gaussian计算

我用Gaussian 直接打开gjf文件计算显示的结果和上边是一样的

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9771#
发表于 Post on 2019-9-20 21:00:42 | 只看该作者 Only view this author
请教计算:Spin density of the T1 states在高斯中关键词需要什么,谢谢
density加上以后,在高斯view中还是不能显示自选密度图,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-20 23:24:00 | 只看该作者 Only view this author
lijiaqi 发表于 2019-9-20 21:00
请教计算:Spin density of the T1 states在高斯中关键词需要什么,谢谢
density加上以后,在高斯view中还 ...

谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-20 23:24:12 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-20 17:47
我用Gaussian 直接打开gjf文件计算显示的结果和上边是一样的

仔细检查关键词,说不清楚就上传gjf文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-20 23:25:30 | 只看该作者 Only view this author
wm0009390 发表于 2019-9-20 11:14
过渡态虚频很小(-82.14),但是振动模式正确,跑IRC就两个点正常结束了。

老生常谈的问题
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-20 23:32:01 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-19 17:08
请问老师,ORCA中为了得到hessian矩阵,在关键词上写freq与%geom Calc_Hess True,得到的hessian矩阵有什么 ...

没区别
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Theor_Comp 发表于 2019-9-19 23:10
我是这样想的,优化时, opt=recalc=3,用ORCA分别来算engrad和freq,算engrad用正常的方法和基组,而算fr ...

不太靠谱。初期对Hessian要求不高,差一些也无所谓,但到了末期,Hessian如果不是当前优化级别的,会导致优化可能根本收敛不了
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alystone 发表于 2019-9-20 09:56
请问sob老师,我需要把金属-配体相互作用中的纯极化相互作用(不包含电荷转移项的贡献)提取出来,我应该用 ...

ALMO-EDA可以把极化和电荷转移分离给出,目前只有阿Q这一个程序,为了这个买个阿Q不值
传统的Morokuma能量分解也可以把极化和CT单独给出,GAMESS-US可以做
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发表于 Post on 2019-9-21 00:17:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-20 23:24
仔细检查关键词,说不清楚就上传gjf文件

这是gjf文件,就是用gaussview简单画了一个甲烷分子想试用一下。。电脑是windows10系统,品牌HP,安装路径D:\computational chem\G09W,另外我尝试了A版和D版的gaussian,结果是一样的,麻烦您帮忙看下问题出现在哪里

test01.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-21 00:36:49 | 只看该作者 Only view this author
sukey 发表于 2019-9-21 00:17
这是gjf文件,就是用gaussview简单画了一个甲烷分子想试用一下。。电脑是windows10系统,品牌HP,安装路 ...

%chk路径别有空格
而且路径中的目录必须是已经存在的目录

强烈建议你把Gaussian卸了,把那个路径里的空格替换成_,之后重新装Gaussian,免得后患无穷
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发表于 Post on 2019-9-21 05:43:29 | 只看该作者 Only view this author

优化好的配合物结构计算溶剂化自由能时出现自旋污染

努力学习计算的菜鸟一枚,优化Fe(II)配合物时 (自旋多重度为3)在水相中的结构:# opt freq pbe1pbe/6-311g(d,p) scrf=iefpcm em=gd3bj,可收敛,无虚频。但使用优化后的结构,用M052X/6-31G* em=GD3 计算溶剂化自由能时,气相自由能计算时总提示自旋污染:S**2 before annihilation     2.0320,   after     2.0001。不懂造成这种情况的原因,请各位前辈赐教!

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