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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-5 01:43:39 | 只看该作者 Only view this author
tongjh 发表于 2019-9-4 12:14
老师您好, 我想尝试计算pdb中小分子构象的单点能. 如果直接使用pdb中的构象, 我担心基于分子力场摆放的键长 ...

我不知道你的pdb怎么来的、“基于分子力场摆放”是什么意思

如果你是指希望在量化优化后小分子结构相对于pdb里变化不过于厉害,Gaussian里可以对被优化的变量加上限制势
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2019-9-5 08:48:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-5 01:40
ma-这个做法在truhlar他们很多文章都提到,随便引一个就行
def2原文是必须引的,ma-的处理引我文中提到 ...

奥,我以为这个也是不同元素不同方法呢  谢谢老师

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发表于 Post on 2019-9-5 14:49:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-5 01:34
先在gview里做对称化成实际的点群,把nolinear这种无意义的关键词删掉。确保基组没用弥散函数。甭写nosym ...

谢谢sob老师,我已经按您的建议去提交了任务,已经得到了c3的log文件。再次感谢

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发表于 Post on 2019-9-5 19:50:13 | 只看该作者 Only view this author
在编译Dalton时最后出现了这个错误,请问老师这是怎么了?

d.png (40.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

d.png

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发表于 Post on 2019-9-6 08:44:08 | 只看该作者 Only view this author
老师上午好,能麻烦您帮我看一下我的输入文件有什么问题吗?就一个乙醇醇,我这一直算的结果不对。
您的:HF=-155.0462135
我的:HF=-155.0431542。
谢谢老师了先。
输入文件:
%chk=D:\GVIEW_FILE\16.chk
# b3lyp/6-31g(d,p)

Title Card Required

0 1
C                  0.22162911    1.24992081    0.00000000
H                  0.83653877    1.30924573   -0.87365134
H                  0.83653877    1.30924573    0.87365134
H                 -0.47717865    2.06020947    0.00000000
C                 -0.54263050   -0.08705609    0.00000000
H                 -1.15754016   -0.14638101    0.87365134
H                 -1.15754016   -0.14638101   -0.87365134
O                  0.39129015   -1.16996523    0.00000000
H                 -0.08513143   -2.00340538    0.00000000

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发表于 Post on 2019-9-6 10:09:55 | 只看该作者 Only view this author
15866722125 发表于 2019-9-6 08:44
老师上午好,能麻烦您帮我看一下我的输入文件有什么问题吗?就一个乙醇醇,我这一直算的结果不对。
您的: ...

补充一下,老师,我采用您的原子坐标,出来的结构就没有问题,请您帮我看看我的坐标哪里出问题了?感谢老师~

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发表于 Post on 2019-9-6 14:42:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-9-6 14:44 编辑
sobereva 发表于 2019-9-2 00:57
能垒和隧道效应完全是两码事,隧道效应不是对电子能垒而言的

Sob老师好
但是最近在看文献的时候看到了这样的描述,作者好像就是把算出来的隧道效应加到能垒上了,所以有点疑惑

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发表于 Post on 2019-9-6 16:44:07 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,在计算能量相关的问题时,泛函精度是CCSD(T)>双杂化泛函>普通泛函>MP2>HF>半经验方法。那么,在优化有机分子结构时,对于泛函的表现出的准确精确性,有没有一个普适性的规律?麻烦您了,谢谢。

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发表于 Post on 2019-9-6 21:18:31 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错问题

高斯中输入文件如下:
%chk=calix-li-HF-stable.chk
%nprocshared=24
%mem=24GB
#p hf/6-31+g(d) opt stable

Title Card Required

0 2
C                  0.71755300    3.83407800   -0.82289000
C                 -0.71755300    3.83407800   -0.82289000
C                  1.14041800    2.92337500    0.11106400
H                  1.36313900    4.43622500   -1.45057700
N                  0.00000000    2.30561800    0.64970000
C                 -1.14041800    2.92337500    0.11106400
C                  2.52127400    2.52127400    0.54420300
H                 -1.36313900    4.43622500   -1.45057700
H                  0.00000000    1.97405800    1.63045800
C                  2.92337500    1.14041800    0.11106400
C                 -2.52127400    2.52127400    0.54420300
H                  2.60881800    2.60881800    1.64054200
H                  3.23457200    3.23457200    0.11914100
C                  3.83407800    0.71755300   -0.82289000
N                  2.30561800    0.00000000    0.64970000
C                 -2.92337500    1.14041800    0.11106400
H                 -2.60881800   -2.60881800    1.64054200
H                 -3.23457200    3.23457200    0.11914100
C                 -3.83407800    0.71755300   -0.82289000
C                  3.83407800   -0.71755300   -0.82289000
N                 -2.30561800    0.00000000    0.64970000
输出文件中错误如下:

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140735493169744
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

想请教一下这是什么原因?

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发表于 Post on 2019-9-6 21:40:07 | 只看该作者 Only view this author

高斯l1.exe报错

输入文件如下:
%NProcShared=12
%chk=CBD-d2.chk
%mem=16GB
# opt hf/6-31+g(d) freq stable

Title Card Required

0 1
C                  0.78901300    0.66717900    0.00034200
C                 -0.78901300    0.66717900   -0.00022500
C                 -0.78901300   -0.66717900    0.00036300
C                  0.78901300   -0.66717900   -0.00048000
H                 -1.55006300   -1.43892600    0.00067500
H                 -1.55006300    1.43892600   -0.00040400
H                  1.55006300    1.43892600    0.00065600
H                  1.55006200   -1.43892600   -0.00092700
错误如下:

Gaussian 09:  EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                 6-Sep-2019
******************************************
%NProcShared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%chk=CBD-d2.chk
%mem=16GB
------------------------------
# opt hf/6-31+g(d) freq stable
------------------------------
Illegal IType or MSType generated by parse.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/gauss/g09/l1.exe at Fri Sep  6 20:32:35 2019.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      2 Scr=      1

想请教一下什么原因?

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发表于 Post on 2019-9-6 23:34:33 | 只看该作者 Only view this author
这个大佬有总结,有你的这个问题:http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

我觉得可能把Freq去掉就好,还有你stable不加stable=opt的话你也到不了稳定的波函数,假如波函数不稳定话。另外你开始测波函数stability啥的,几何优化也不需要加先。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 01:53:11 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2019-9-6 21:40
输入文件如下:
%NProcShared=12
%chk=CBD-d2.chk

显然freq和stable不能放一起用

HF做计算结果毫无实际意义
仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 01:54:33 | 只看该作者 Only view this author
大慧慧 发表于 2019-9-6 21:18
高斯中输入文件如下:
%chk=calix-li-HF-stable.chk
%nprocshared=24

不知道能不能一起用的关键词别随便写到一起
opt stable联用完全莫名其妙,程序都不知道你到底想做什么
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-7 01:55:44 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-6 16:44
Sob老师,在计算能量相关的问题时,泛函精度是CCSD(T)>双杂化泛函>普通泛函>MP2>HF>半经验方法。那么,在 ...

如这里所示,M06-2X几乎是普通泛函里最好的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

“普适性的规律”指代不确切,泛函有好几百种,得说明是什么形式的规律
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15866722125 发表于 2019-9-6 08:44
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您的: ...

我不知道你用的什么版本跑的。g09和g16默认情况下的能量没有可比性,g16默认用int=ultrafine,g09默认用int=fine,其它零碎参数也有所不同,这是为什么课上强调横向对比能量的时候程序版本应尽量统一
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