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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-9-11 11:37:40 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,如何确定体系是否存在弱作用(如氢键),使用SMD是否合理?

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发表于 Post on 2019-9-11 13:12:56 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,在Gaussian与ORCA联用中,如果想考虑溶剂效应,那这个溶剂效应是放在Gaussian中还是ORCA中呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 11:00:14 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-11 13:12
请问Sob老师,在Gaussian与ORCA联用中,如果想考虑溶剂效应,那这个溶剂效应是放在Gaussian中还是ORCA中呢 ...

ORCA
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 11:00:57 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-11 11:37
请问老师,如何确定体系是否存在弱作用(如氢键),使用SMD是否合理?

用multiwfn做RDG或IGM分析一看就清楚了
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

SMD对任何情况都适用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 11:03:02 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-11 10:48
老师您好,我还想问下,我计算了溶剂模型下的,柔度,硬度和亲电,亲核指数,要是想解释这些参数的意义, ...

没有“柔度”的概念,那叫软度
“稳定性”这个词太含糊,关于稳定性参考这些帖子和回帖
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
没有任何确切前提下,随便说一下稳定性,才能用软度

更容易发生什么可以用亲核指数、亲电指数试图讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 11:07:42 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-11 10:34
Sob老师,根据文献中这段话如何判断出它使用的基组啊,也就是对应的Gaussian中具体的基组形式?            ...

前者是CRENB赝势,Gaussian没内置;后者是Lanl系列赝势

用CRENB赝势是极差的做法,绝对不要效仿。
这种对所用赝势基组的表述非常差,一点都不直观,不要效仿
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发表于 Post on 2019-9-12 11:15:20 | 只看该作者 Only view this author

那如果要用PCM模型,那是不是ORCA就没办法了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 11:22:17 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-12 11:15
那如果要用PCM模型,那是不是ORCA就没办法了?

ORCA支持CPCM
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发表于 Post on 2019-9-12 11:27:01 | 只看该作者 Only view this author

高斯中scrf(solvent=water),这里面的默认的pcm模型,现在的ORCA是不是就没办法了?

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发表于 Post on 2019-9-12 11:37:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 陈小北 于 2019-9-12 11:39 编辑

Sob老师好
我用高斯scan一个SN2的反应,机理应该是6号原子靠近1号原子的同时5号原子离开1号原子
在写scan输入文件的时候,我把6号原子跟1号原子 距离写进,另起一行把5号原子跟1号原子的距离写远,步长0.05,扫20步

但是最后高斯扫出来一个势能面...它应该是把两个指令分开做了,扫了400+个结构出来,我想问一下怎么能让高斯把两个命令同时执行吗


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 12:42:56 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-12 11:27
高斯中scrf(solvent=water),这里面的默认的pcm模型,现在的ORCA是不是就没办法了?

Gaussian的PCM默认的是IEFPCM第二版,目前只有Gaussian这一个程序实现了
原理上来说,ORCA的CPCM没有这个严格,但也还可以接受
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-12 12:44:00 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-12 11:37
Sob老师好
我用高斯scan一个SN2的反应,机理应该是6号原子靠近1号原子的同时5号原子离开1号原子
在写scan ...

没法同时执行。某些情况用GIC可以等效达到目的,见
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

如果GIC也达不到目的,那只能自己写脚本之类的方式实现了
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发表于 Post on 2019-9-14 00:01:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-9 06:38
对于同一系列基组可以这么说,不同系列基组间没法这么说
不代表如此,看具体用于什么理论方法。如果是普 ...

谢谢老师,收获很大

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发表于 Post on 2019-9-14 07:11:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 asasas 于 2019-9-14 07:24 编辑

sob老师好,我想用Guassian算NaCl的离子键键能(晶格能),不知有没有办法实现C:\Users\Administrator\Desktop,图片内容是用波恩-哈伯循环,把离子晶体中的离子变成气态离子的过程分解为若干过程之和,将各能量加和而得晶格能,我想知道高斯能不能实现这一计算。另,sob老师在详谈使用Gaussian做势能面扫描(http://sobereva.com/474)一文中提到了“如果你扫描的是NaCl这样的离子键异裂成Na+和Cl-的解离曲线,那就不需要考虑这些问题了,因为解离后变成的Na+和Cl-都是闭壳层状态。”想问下若不用波恩-哈伯循环,可以用博文的方法算离子键键能吗
谢谢!

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发表于 Post on 2019-9-14 11:52:50 | 只看该作者 Only view this author
请问SSPCM得到的也是垂直激发能吧,尽管是平衡后的?

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