计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

113

帖子

0

威望

271

eV
积分
384

Level 3 能力者

9691#
发表于 Post on 2019-9-10 00:01:15 | 只看该作者 Only view this author
老师,能否给一下CCSD(T)包含色散作用的文献?谢谢!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9692#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-10 06:35:02 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-9-10 00:01
老师,能否给一下CCSD(T)包含色散作用的文献?谢谢!

看这些弱相互作用计算综述

Stefan Grimme, Density functional theory with London dispersion corrections, DOI: 10.1002/wcms.30 (2011)
Stefan Grimme, et al., A look at the density functional theory zoo with the advanced GMTKN55 database for general main group thermochemistry, kinetics and noncovalent interactions, DOI: 10.1039/c7cp04913g (2017)
Stefan Grimme, et al., Dispersion-Corrected Mean-Field Electronic Structure Methods, DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00533 (2016)
Jan Řezáč, Pavel Hobza, Benchmark Calculations of Interaction Energies in Noncovalent Complexes and Their Applications, DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00526 (2016)
Anders S. Christensen, et al., Semiempirical Quantum Mechanical Methods for Noncovalent Interactions for Chemical and Biochemical Applications, DOI: 10.1021/acs.chemrev.5b00584 (2016)
Alexandre Tkatchenko, et al., Theory and practice of modeling van der Waals interactions in electronic-structure calculations, DOI: 10.1039/c9cs00060g (2019)
Kevin E. Riley, Pavel Hobza, Noncovalent interactions in biochemistry, DOI: 10.1002/wcms.8 (2011)
Hobza, et al., Non-Covalent Interactions-Theory and Experiment (2010)
分子间相互作用专著:The Theory of Intermolecular Forces (Anthony Stone, 2013)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9693#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-10 06:35:15 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-9 21:24
请问老师,从硬度,柔度,亲电和亲核指数的大小,能否解释溶质在不同溶剂中溶解度的大小

不能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9694#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-10 06:35:44 | 只看该作者 Only view this author
陈小北 发表于 2019-9-9 17:01
Sob老师好
我想问一下我的体系里有一个 Cl 原子是负价的,我想拿这个体系去做优化,那我的输入文件里这个 ...

不需要,也没办法标明
给坐标就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9695#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-10 06:37:30 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-9 19:51
Sob老师,您好。读了您的《将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析》一文,有个疑问:
二者 ...

“效率”我不知道你是指相对于什么
联用的时候几乎所有耗时都是在计算能量和导数上,因此算这些部分的ORCA部分并行就够了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9696#
发表于 Post on 2019-9-10 08:36:21 | 只看该作者 Only view this author

那在请问下老师,想计算溶剂模型下的,硬度,柔度,亲电和亲核指数,使用multiwfn该如何计算

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

9697#
发表于 Post on 2019-9-10 08:57:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-10 06:37
“效率”我不知道你是指相对于什么
联用的时候几乎所有耗时都是在计算能量和导数上,因此算这些部分的OR ...

指的是Gaussian与ORCA联用时nprocs=1,相对于纯Gaussian计算时nprocs=30
您的意思是:在Gaussian的gjf输入文件中指定nprocs=1,而在orca.sh指定nprocs=30吗?
另外,如果使用了slurm管理系统,在Gaussian与ORCA联用时,SBATCH --partition=n30  ntasks-per-node=???这里是给它也分配为30吗,是不是这样才能保证调用ORCA计算时是30并行?

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

9698#
发表于 Post on 2019-9-10 15:41:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问在存在明显氢键的复合物体系中,优化其结构,是mpw1pw91更准确还是B3LYP-D3更准确?二者用时呢?

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

9699#
发表于 Post on 2019-9-10 21:02:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,教师节快乐。读了您关于给基组额外添加函数的描述,其中写到“...可以从EMSL上找到C的弥散函数(对应于Pople-style Diffuse那个条目)并将之拷下来”,现在发现会跳转到另外一个网站,其中也有元素周期表,并且可以下载与每个元素有关的basis set,但是没有发现关于Pople-style Diffuse的那个条目,请问这是?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9700#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 09:19:29 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-10 21:02
Sob老师,教师节快乐。读了您关于给基组额外添加函数的描述,其中写到“...可以从EMSL上找到C的弥散函数( ...

博文那段内容过时了。我刚更新了博文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9701#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 09:20:12 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-10 15:41
Sob老师,请问在存在明显氢键的复合物体系中,优化其结构,是mpw1pw91更准确还是B3LYP-D3更准确?二者用时 ...

mpw1pw91算氢键是垃圾,十几年前还偶尔有人用,现在完全没有丝毫使用价值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9702#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 09:20:58 | 只看该作者 Only view this author
18845562783 发表于 2019-9-10 08:36
那在请问下老师,想计算溶剂模型下的,硬度,柔度,亲电和亲核指数,使用multiwfn该如何计算

使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
在产生的.gjf里手动加上溶剂模型设定即可。


如本帖1L所示,Multiwfn相关问题请发在Multiwfn答疑专帖里。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9703#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-11 09:22:11 | 只看该作者 Only view this author
Theor_Comp 发表于 2019-9-10 08:57
指的是Gaussian与ORCA联用时nprocs=1,相对于纯Gaussian计算时nprocs=30
您的意思是:在Gaussian的gjf输 ...


slurm的事我不清楚,无法回复
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

699

eV
积分
894

Level 4 (黑子)

9704#
发表于 Post on 2019-9-11 10:34:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,根据文献中这段话如何判断出它使用的基组啊,也就是对应的Gaussian中具体的基组形式?           the selenium center was represented by the Ermler-Christiansen relativistic effective core potential (RECP) basis set[ref. J. Chem. Phys. 1986, 84, 6840–6853] with added s-,p-, and d-type diffuse functions. The Wadt-Hay RECP basis set[ref. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284–298] augmented with diffuse functions was used for sulfur.
非常感谢。

47

帖子

0

威望

124

eV
积分
171

Level 3 能力者

9705#
发表于 Post on 2019-9-11 10:48:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-9-11 09:20
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484(http://bbs.ke ...

老师您好,我还想问下,我计算了溶剂模型下的,柔度,硬度和亲电,亲核指数,要是想解释这些参数的意义,可否根据硬度,柔度的大小说明溶质在溶剂中的稳定性,从亲电,亲核的角度说明溶质在该溶剂下更容易发什么什么反应,这个思路进行说明吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 02:41 , Processed in 0.198465 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list