计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

13

帖子

0

威望

566

eV
积分
579

Level 4 (黑子)

10171#
发表于 Post on 2019-11-30 09:10:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-30 03:04
跟间距大小没有任何关系

感谢老师的意见!

35

帖子

0

威望

951

eV
积分
986

Level 4 (黑子)

10172#
发表于 Post on 2019-11-30 16:44:51 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!用# opt td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-311g(d,p)在Gaussian16中计算纯有机小分子的垂直荧光发射,正常结束后用gview打开*.fchk文件,发现在观看轨道的界面中电子是以基态的形式排布(如下图),求问这是gview的问题吗?在此先谢过老师了

35

帖子

0

威望

407

eV
积分
442

Level 3 能力者

10173#
发表于 Post on 2019-12-1 10:07:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想问一下gauss可以计算激子耦合吗,具体的关键词是什么啊

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10174#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 02:05:02 | 只看该作者 Only view this author
zj123_45 发表于 2019-12-1 10:07
老师您好,想问一下gauss可以计算激子耦合吗,具体的关键词是什么啊

光靠Gaussian不行,必须结合Multiwfn才能算
参看Multiwfn手册4.A.9节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10175#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-2 02:05:38 | 只看该作者 Only view this author
haos314 发表于 2019-11-30 16:44
老师您好!用# opt td=(singlets,nstates=6,root=1) b3lyp/6-311g(d,p)在Gaussian16中计算纯有机小分子的垂 ...

觉得怪是因为你对TDDFT计算原理缺乏基本的了解
当前看到的是完全正常的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

35

帖子

0

威望

407

eV
积分
442

Level 3 能力者

10176#
发表于 Post on 2019-12-2 09:53:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-2 02:05
光靠Gaussian不行,必须结合Multiwfn才能算
参看Multiwfn手册4.A.9节

好的,谢谢老师

19

帖子

0

威望

306

eV
积分
325

Level 3 能力者

10177#
发表于 Post on 2019-12-2 17:36:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-25 20:24
仔细看此文
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

老师您好,最近在忙其他事情,回复的有点晚了,不好意思。
我这边只有个人PC能跑任务,之前计算的结果推翻重算的话,搜索过渡态,跑IRC,以及对热力学参数进行校正的话可能时间来不及了。这个优化结构部分把之前的参考文献给审稿人解释一下,然后只能看审稿人心情了。很遗憾最开始没能了解到这个论坛。
我后续仍然采用B3LYP/6-31G(d,p)优化的机构来计算单点能,按照B2PLYPD3/maug-cc-pVTZ的方法来计算单点能,您觉得可行么,由于我原来采用的B3LYP/6-31G(d,p)精度不够,所以一方面按照审稿人意见以及您博文里里面介绍的计算势垒时可以加入弥散改善精度。(尝试用过B2PLYPD3/maug-cc-pVQZ方法来计算,就一个丙烯酸小分子,4核计算时长也需要90分钟左右,时间有点长了,应该没必要用到这个精度吧)
至于比较反应快慢和主要路径的这个问题,我这边实验数据可以从侧面说明,非常感谢!
最后还有一个新的问题向请教一下老师,
自由基反应对于同一个底物,不同物质与其反应时能垒不同,我可以通过计算不同种反应物的反应位点的简易福井函数来进行解释说明吗?
非常感谢老师!

44

帖子

0

威望

517

eV
积分
561

Level 4 (黑子)

10178#
发表于 Post on 2019-12-2 20:25:15 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我用xTB进行几何优化了一个分子,结果生成的是coord文件,想请问一下coord文件里的坐标跟xyz文件里的坐标一样吗?我尝试用Multiwfn来生成一个xyz文件,发现产生的文件是空白,是因为coord文件不行吗?xTB程序只能用xyz文件优化才能生成xyz文件做结果吗?感谢老师!

35

帖子

0

威望

407

eV
积分
442

Level 3 能力者

10179#
发表于 Post on 2019-12-2 20:48:46 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我算了4个分子在H聚集下的吸收光谱(图1),跟实验谱峰(图2虚线)的位置都不太一样,这种差异是为什么呢,是我算的有问题吗,正常优化后计算的聚集时的吸收。

捕获.PNG (42.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

捕获.PNG

1.PNG (8.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

1.PNG

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10180#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 07:25:46 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2019-12-2 17:36
老师您好,最近在忙其他事情,回复的有点晚了,不好意思。
我这边只有个人PC能跑任务,之前计算的结果推 ...

建议用B2PLYPD3/def2-TZVPP。有测试表明对此基组加弥散对结果影响很小,比maug-cc-pVTZ便宜得多。倘若你真想要更好的精度,建议ORCA里用DLPNO-CCSD(T)。
到了4-zeta级别,算中性体系的势垒根本没必要加弥散。

那叫简缩福井函数,不叫简易。可以尝试解释,如果解释不了,也可以尝试用ALIE解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10181#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 07:27:39 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-12-2 20:25
老师您好,我用xTB进行几何优化了一个分子,结果生成的是coord文件,想请问一下coord文件里的坐标跟xyz文件 ...

Multiwfn产生的文件空白必然是你给Multiwfn用的输入文件不合理,仔细看此文了解什么文件才能给Multiwfn提供结构信息
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

xtb通常都用xyz作为输入文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

10182#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-3 07:28:32 | 只看该作者 Only view this author
zj123_45 发表于 2019-12-2 20:48
老师您好,我算了4个分子在H聚集下的吸收光谱(图1),跟实验谱峰(图2虚线)的位置都不太一样,这种差异是 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

25

帖子

0

威望

200

eV
积分
225

Level 3 能力者

10183#
发表于 Post on 2019-12-3 11:43:58 | 只看该作者 Only view this author

求助:一直是l301错误

对于过渡金属和硼二元体系,对其过渡态结构进行优化,结果一提交就出错,不知道是不是基组不合适,我用的基组是
#PBE1PBE/aug-cc-pvtz opt freq pop=(reg,nboread) scf=tight symm=loose
结果提示l301错误,如图所示:


微信图片_20191203114002.png (10.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

微信图片_20191203114002.png

334

帖子

1

威望

6155

eV
积分
6509

Level 6 (一方通行)

10184#
发表于 Post on 2019-12-3 12:38:37 | 只看该作者 Only view this author
提示 Atomic number out of range in ccpVTZ 你的某个原子是不是不在这个基组使用范围内?这个基组范围是H-Ar  Sc-Kr

163

帖子

0

威望

1025

eV
积分
1188

Level 4 (黑子)

10185#
发表于 Post on 2019-12-3 13:54:16 | 只看该作者 Only view this author
请问有计算垂直激发能、激发态结构优化用PBE0这个泛函比较好的支持文献么?之前是看社长的帖子用了这个泛函,但是没找到支持文献。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 07:19 , Processed in 0.330893 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list