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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-16 13:00:28 | 只看该作者 Only view this author
Yin 发表于 2019-11-15 16:48
Sob老师好 有个问题比较困惑
审稿人建议我分析并做“changes in electronic densities”,这个是否是您在 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-16 13:00:48 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-11-16 12:19
请问sob老师,怎么判断第一激发态、第二激发态对应的是nπ*还是ππ*跃迁?我看到文献里有写,通过键长的改 ...

图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-16 16:24:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-16 13:00
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284(http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html)

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-11-17 12:21:22 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,看过老师的帖子,用Multiwfn做分子中原子的自旋布居可用 Mulliken/SCPA或Hirshfeld/Becke,前者基组不能有弥散,后者基组有没有弥散都行,请问老师在基组没有加弥散情况下,首选哪个方法?哪个方法最流行?选择方法和具体体系有关吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-17 14:38:46 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-11-17 12:21
请问老师,看过老师的帖子,用Multiwfn做分子中原子的自旋布居可用 Mulliken/SCPA或Hirshfeld/Becke,前者 ...

如本帖1L红字所示,Multiwfn和波函数分析问题请在专门的答疑专贴里提问,我在那里回复
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发表于 Post on 2019-11-17 23:07:25 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,B3LYP加D3色散校正做频率分析和热力学计算的时候的校正因子找不到的话,有什么比较好的处理方法么,可以用B3LYP的代替么,还是索性换M06-2X等?谢谢!

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发表于 Post on 2019-11-18 00:34:56 | 只看该作者 Only view this author
1.        如果过渡态用 unrestricted,原料和产物需要也 unrestricted 吗(但只有过渡态是 diradical,原料和产物是 closed shell)
2.        对于过渡态是 diradical 的时候,除了使用 unrestricted之外,是否一定也同时要配合用其他 keyword ?例如guess = mix, nosymm?该怎么判断什么时候要加?(因为第一次算diradical,不太熟悉相关的计算)

谢谢

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发表于 Post on 2019-11-18 11:18:58 | 只看该作者 Only view this author
社长你好,我想请问两个问题:
1.我想算个分子间拉普拉斯键级,但是我的基组必须要有弥散函数(有阴离子),弥散函数会对拉普拉斯函数产生影响吗?
2.如果会的话,要砍掉弥散算单点,我现在是根据http://sobereva.com/200帖子将irc拆分得来的文件,需要重新算过渡态,跑IRC再分解吗?

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发表于 Post on 2019-11-18 14:53:25 | 只看该作者 Only view this author
老师您好, 我前段时间拜读您与合作者发表的文献"Exploring Nature and Predicting Strength of Hydrogen Bonds: A Correlation Analysis Between Atoms-in-Molecules Descriptors, Binding Energy and SAPT theory", 想使用文章中拟合的氢键能预测公式计算分子内氢键的强度, 有两个问题想请教您:
1. 文章中用来拟合参数的计算实例都是在做过完全几何优化后的情况下计算的. 而我想应用的场景中小分子的构象是受限的(晶体结构中的binding pose), 只能做限制torsion的限制性优化, 在这种情况下是否还能使用文章中拟合的公式呢?
2. 文章中讨论了氢键不同成分随距离增长的衰减, 那么在距离增长的情况下拟合的经验公式是否还能适用呢?
谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 02:02:03 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-11-17 23:07
请问老师,B3LYP加D3色散校正做频率分析和热力学计算的时候的校正因子找不到的话,有什么比较好的处理方法 ...

色散校正对频率校正因子的影响基本可忽略,因此用B3LYP的就可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 02:05:54 | 只看该作者 Only view this author
tongjh 发表于 2019-11-18 14:53
老师您好, 我前段时间拜读您与合作者发表的文献"Exploring Nature and Predicting Strength of Hydrogen Bo ...

没看到你的具体结构前不好下定论,从实际角度来说应该可以用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 02:07:30 | 只看该作者 Only view this author
wfmf1994 发表于 2019-11-18 11:18
社长你好,我想请问两个问题:
1.我想算个分子间拉普拉斯键级,但是我的基组必须要有弥散函数(有阴离子), ...

波函数分析相关问题以后请在本帖1L提到的专贴里提问

1 不会。拉普拉斯键级是完全基于电子密度拉普拉斯函数算的,这是个实空间函数。凡是基于实空间函数的分析都不怕弥散函数。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-20 02:08:21 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2019-11-18 00:34
1.        如果过渡态用 unrestricted,原料和产物需要也 unrestricted 吗(但只有过渡态是 diradical,原料和产物 ...

1 不需要。本来就是闭壳层的体系用R和用U来算结果完全一样
2 仔细看此文
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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发表于 Post on 2019-11-20 07:54:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-20 02:02
色散校正对频率校正因子的影响基本可忽略,因此用B3LYP的就可以

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-11-20 15:56:12 | 只看该作者 Only view this author
我想请教一下老师
1 实验上的一些变量,比如温度和压强可以在理论计算中考虑其影响。实验条件中的湿度,UV辐射等等变量是否也能通过理论计算方法进行考虑呢?可行性大不大?
2. 目前我只知道高斯软件是有默认的温度和压强,是不是还有别的默认初始条件呢?比如pH,湿度条件,光照强度等等
谢谢老师

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