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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-24 00:26:32 | 只看该作者 Only view this author
陌上花开小伟 发表于 2019-11-23 14:23
谢谢老师解答,读完老师列出的两篇文献后我觉得在SAPT中应该用B3LYP/aug-cc-pVQZ基组做能量分解计算,不 ...

你明显误解了,再反复仔细阅读
PSI4的SAPT是基于HF波函数来做的,而非DFT
虽然PSI4开发版也有DFT-SAPT,但还没有正式支持
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-24 00:26:47 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2019-11-23 11:53
请问,如下图中所示混合基组的写法,我见到有的输入文件在元素名称后面写0,有的没写,请问这个0在这里有什 ...

没用。不需要写
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发表于 Post on 2019-11-25 09:11:59 | 只看该作者 Only view this author

谢谢卢老师解答

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发表于 Post on 2019-11-25 16:01:45 | 只看该作者 Only view this author
老师您好:
最近审稿人回复的一条意见如下:
作者计算采用的方法是B3LYP基组用6-31G(d,p)这样的基组方法实在是太差了,如果计算的体系很大用这样的基组也可以,文章中的体系普遍不大,用这样的基组或者方法不合适,作者优化后进行的单点计算仅仅使用了6-311G(d,p)的基组,也普遍偏小,必须考虑弥散函数的影响。对有机体系使用M06-2X基组要比B3LYP好,优化和单点计算的基组必须要拉开距离,单点计算的不考虑弥散是不对的。
我想请问一下以下几个问题:
在对自由能进行校正时,高精度的单点计算时必须加上弥散吗?我的体系是有机小分子以及相关自由基之间的氢转移以及自由基加成反应。
至于基组和泛函的选择,由于组内没有人会这个,然后我就参考我这个体系的相关文章里面的计算方法,这个方法真的缺乏说服力么?
A+B=C+D和A+E=F这两个反应,可以根据反应能垒的高低确认A的主要消耗路径吗?
谢谢!

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发表于 Post on 2019-11-25 16:08:41 | 只看该作者 Only view this author
请问用高斯计算出的HOMO LUMO的电子云分布图,能说明什么物理意义呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-25 19:51:41 | 只看该作者 Only view this author
q1w2e3 发表于 2019-11-25 16:08
请问用高斯计算出的HOMO LUMO的电子云分布图,能说明什么物理意义呢?

不结合具体问题,这种图什么也不说明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-25 20:24:35 | 只看该作者 Only view this author
火烈鸟小唐 发表于 2019-11-25 16:01
老师您好:
最近审稿人回复的一条意见如下:
作者计算采用的方法是B3LYP基组用6-31G(d,p)这样的基组方法 ...

仔细看此文
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

什么时候才需要加弥散仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

怎么选择我这里写得非常详细、明白。仔细看过这两篇之前不应当做任何计算
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

通过算k来对比最严格,仔细看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-25 20:39:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,在用dimerscan的时候,刚输入dimer.txt,按了回车,程序就直接自动关闭了,怎么办?上周用还是好好的。

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发表于 Post on 2019-11-25 22:59:57 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错L101,求助

自己看了相关报错问题汇总,试了几次还是出现错误L101,不知道哪里出错了,大家看看。附上图和相关文件 g16zxt18.gjf (3.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

g16zxt18.log

27.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-25 23:02:44 | 只看该作者 Only view this author
Abandon-fmt 发表于 2019-11-25 20:39
sob老师您好,在用dimerscan的时候,刚输入dimer.txt,按了回车,程序就直接自动关闭了,怎么办?上周用还 ...

文件格式不对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-25 23:04:56 | 只看该作者 Only view this author
没事甭写noraman,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

没事甭用QST2,仔细看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-26 17:37:08 | 只看该作者 Only view this author

关于高斯计算频率分析时报错求助

求助各位老师,我在计算频率分析时,gjf文件中命令行输入如图1所示,出现图2的报错信息,同时将报错的log文件上传。根据这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html,说l1014为bug,我尝试重新提交任务和增大内存,仍然出现同样的报错,请各位老师指点。

1.png (20.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

图1

图1

2.png (115.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

图2

图2

3jians1freq.log

87.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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发表于 Post on 2019-11-26 20:19:15 | 只看该作者 Only view this author
请问一个关于计算时长的疑问:
下图是一张计算时长的对比图,我分别在自己的电脑上(Windows版本Gaussian16,6核计算)和超算服务器上(Linux版本Gaussian16,12核计算)计算了相同的任务,但是发现实际计算的时间比输出文件中写的cpu time长很多,而且在服务器上12核计算速度还没有自己电脑上6核计算得快。我知道Windows版本输出的cpu time应该和计算实际花费的时长是一致的,Linux版本输出的cpu time/核数 和实际计算消耗的时间一致,但是:
1. 为什么我的windows版本输出的cpu time 与实际计算花费的时长对应不上?
2. 为什么12核的计算速度不如6核的计算速度?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 22:51:28 | 只看该作者 Only view this author
horse小马驹 发表于 2019-11-26 17:37
求助各位老师,我在计算频率分析时,gjf文件中命令行输入如图1所示,出现图2的报错信息,同时将报错的log文 ...

提示都写得非常明白了,明确告诉你需要加大%mem。问之前应先仔细看提示,不要把报错信息当成乱码看待
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 22:52:29 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2019-11-26 20:19
请问一个关于计算时长的疑问:
下图是一张计算时长的对比图,我分别在自己的电脑上(Windows版本Gaussian1 ...

也许是服务器上有别的任务在跑,导致能分配给你的任务的CPU资源非常有限所致
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