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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-11-26 23:22:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-26 22:52
也许是服务器上有别的任务在跑,导致能分配给你的任务的CPU资源非常有限所致

谢谢sob老师解答,那请问为什么Windows版本的实际计算时间和输出文件中所写的时间对不上呢?实际花的时间远远大于输出文件里面写的CPU Time。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-26 23:34:38 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2019-11-26 23:22
谢谢sob老师解答,那请问为什么Windows版本的实际计算时间和输出文件中所写的时间对不上呢?实际花的时间 ...

我不知道你具体指的是什么输出文件里的时间,必须说清楚是CPU time还是elapsed time
如果是前者,倘若计算期间能分给你的任务的CPU计算资源非常少,真正用于CPU干活的时间极少,此时实际时间必然会多于CPU time
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-11-27 09:32:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-26 23:34
我不知道你具体指的是什么输出文件里的时间,必须说清楚是CPU time还是elapsed time
如果是前者,倘若计 ...

明白了,谢谢sob老师解惑。

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发表于 Post on 2019-11-27 13:35:57 | 只看该作者 Only view this author

求助NLO-V计算超极化率


请问老师,我想用NLO-V在高斯上计算超极化率,应该怎么写相关命令行呢?

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发表于 Post on 2019-11-27 16:06:37 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,因为我要算一个很大体系的荧光光谱,所以对分子想用sTDA-XTB来算,但是不知道用XTB来算基态的时候怎么生成wfn.xtb文件,使我后面sTDA也不会用了,直接用xtb生成molden.input文件来用sTDA下面提示错误就停了。所以想问一下
1.wfn.xtb文件如何生成?
2.图中的错误该怎么解决?

1574841366(1).png (24.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

没有wfn文件

没有wfn文件

1574841366.png (33.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

用molden报错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-27 21:59:09 | 只看该作者 Only view this author
shine 发表于 2019-11-27 13:35
请问老师,我想用NLO-V在高斯上计算超极化率,应该怎么写相关命令行呢?

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-27 22:00:18 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-11-27 16:06
老师您好,因为我要算一个很大体系的荧光光谱,所以对分子想用sTDA-XTB来算,但是不知道用XTB来算基态的时 ...

早期版本xtb是有这个功能的,后来给砍了,导致无法再实现sTDA-xTB。
我没关注现在是否又恢复了,可以写信问问Grimme
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发表于 Post on 2019-11-29 09:28:38 | 只看该作者 Only view this author
老师,反应路径中,一条是过渡态能量高但是能垒低,一条是过渡态能量低,但是能垒高。如何判断哪个容易发生呢?

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发表于 Post on 2019-11-29 11:00:29 | 只看该作者 Only view this author

求助-怎样看待M06自身含色散,计算时再加上色散问题

本帖最后由 风飞 于 2019-11-29 15:42 编辑

各位老师,大家好,


我使用高斯采用M06-2x-D3/def2-TZVP计算了单态的自由基,命令如下:

[size=10.6667px]#p opt=(calcfc) freq def2TZVPP empiricaldispersion=gd3 m062x

审稿人说:关于M06-2X+色散的使用,我想指出M06-2X中包含了色散,所以实际上作者计算了两次”,

请问这个问题怎样去理解和解释呢?

谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 12:17:43 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2019-11-29 11:00
各位老师,大家好,

我使用高斯采用M06-2x-D3/def2-TZVP计算了单态的自由基,命令如下:

标题写错了,没有叫MP06的泛函

审稿人非常外行,不懂装懂,这种人没资格当审稿人。
对M06-2X拟合的D3校正参数自然而然就已经考虑到了M06-2X已经能很大程度描述色散作用的这一点,所以只是起到进一步补充作用,显然不是算两次色散作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-29 12:19:12 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-11-29 09:28
老师,反应路径中,一条是过渡态能量高但是能垒低,一条是过渡态能量低,但是能垒高。如何判断哪个容易发生 ...

显然看的是能垒而不是绝对能量
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html
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发表于 Post on 2019-11-29 12:50:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-11-27 22:00
早期版本xtb是有这个功能的,后来给砍了,导致无法再实现sTDA-xTB。
我没关注现在是否又恢复了,可以写 ...

感谢老师,我问了Grimme,他说他们正在做这个,看来是没有这个功能了,所以想再请问一下老师,我可以用xTB的哪个输出文件去生成molden.inp文件来直接使用独立的sTDA程序呢,再次感谢。

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发表于 Post on 2019-11-29 22:11:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想请教一下做限制性优化时,我使用在冗余内坐标下设置冻结的方法,因为冻结的两个原子间距太大导致优化不收敛,可以通过加什么关键词来帮助其收敛嘛?
输入文件如附件
再次感谢!

输入文件.txt

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 03:04:30 | 只看该作者 Only view this author
zbc201011 发表于 2019-11-29 22:11
老师您好,我想请教一下做限制性优化时,我使用在冗余内坐标下设置冻结的方法,因为冻结的两个原子间距太大 ...

跟间距大小没有任何关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-11-30 03:07:22 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2019-11-29 12:50
感谢老师,我问了Grimme,他说他们正在做这个,看来是没有这个功能了,所以想再请问一下老师,我可以用xT ...

Grimme都说不行了,那就自然没办法了
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