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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-4 16:26:02 | 只看该作者 Only view this author
《基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法》(http://sobereva.com/402)中绘制晕苯(coronene)的福井函数f-在电子密度等值面上的填色图时,先是优化中性的晕苯,然后再计算(+1,自旋为2)的晕苯单点获得两个fchk文件后通过Multiwfn使函数值相减。
想问一下,在计算本身带一个正电的粒子时,是应该算中性单点能还是+2时的单点能,谁减谁?

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发表于 Post on 2019-12-4 16:45:45 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 我用genmer生成了100个二聚体结构 再用molcus对二聚体构象结合xtb进行初筛 在使用isostat去去除重复结构的时候  isostat里的能量阈值和几何阈值都是默认的 最后输出了97个构象 然后输入温度303K根据玻尔兹曼分布算了一下构象的出现概率 有一半都是0.1%以下

我想问一下
1. 如果下一步想结合DFT的方法进行计算 但是目前97个构象太多 我应该优先去调整能量阈值还是几何阈值?
2. 对于普通有机二聚体来说 我在用xtb进行初筛的时候 最后该调整到多少个结构进行下一步的DFT计算比较合适?
3. 在第一步和第二部分别用 xtb 和DFT结果计算的出现概率是不是没什么参考价值?需要用热力学组合等精度更高的方法?
4. 我的体系比较大(二聚体56个原子),如果用不起热力学组合的方法 是不是把最后输出的几个构象 用DFT优化好的结构再算一下高精度的单点加热力学校正就可以得到比较准确的自由能?
谢谢社长

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发表于 Post on 2019-12-4 20:27:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-4 05:14
本质就是求能量的导数
相关知识看Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017)里 ...

好的 感谢老师

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10219#
发表于 Post on 2019-12-5 00:37:56 | 只看该作者 Only view this author
请问老师需要用qst2找过渡态时,如果有赝势该如何写输入文件?
例如关键词为#p b3lyp/genecp opt=(calcfc,qst2,noeigen) freq
qst2会有两个结构的坐标,那么请问老师写在坐标后的赝势与赝势基组,是只写在最后结构的坐标后面,还是两个结构坐标后都写一遍赝势基组呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 12:37:16 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2019-12-4 09:16
sob老师,您好。想请教下文献中经常出现的三线态自旋密度分布SDD图怎么绘制?是先需要三线态激发(0,3)计 ...

是。然后用Multiwfn可以绘制
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 12:44:43 | 只看该作者 Only view this author
zkc0422 发表于 2019-12-4 16:26
《基于Multiwfn产生的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法》(http://sobereva.com/402)中 ...

不要管体系本身有多少电子,记住f-是N减去N-1态,N是原先状态的电子数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 13:07:03 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2019-12-4 16:45
社长您好 我用genmer生成了100个二聚体结构 再用molcus对二聚体构象结合xtb进行初筛 在使用isostat去去除重 ...

1 建议你把能量阈值和几何阈值都放宽到默认的两倍,应该数目能少很多。之后再去根据实际情况选择能量较低的优化
2 看体系大小、机子,有条件就多算点,条件差就少算点
3 如果能达到比如M062-X/TZVP这种水准,出现概率已经能说明一定问题了,但有条件尽量还是用更好点的
4 这个体系不算大,但这种大小的体系肯定也不适合热力学组合方法。建议用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**优化并计算热力学量,然后用ORCA跑双杂化/def2-QZVPP单点,二者相加。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 13:12:54 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-12-5 00:37
请问老师需要用qst2找过渡态时,如果有赝势该如何写输入文件?
例如关键词为#p b3lyp/genecp opt=(calcfc, ...

在整个gjf最末尾写一次
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发表于 Post on 2019-12-5 14:11:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-5 12:37
是。然后用Multiwfn可以绘制
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.co ...

sob老师好,根据您推荐的这个帖子,没有绘制出来类似附件的这种SDD图,可能是我太笨了。想绘制三线态自旋密度分布图SDD:
运算指令如下:#p b3lyp/6-31g* td(50-50,nstates=3) (这儿要写density吗)
                        名称                       
                        0 3
是指令错了,还是multiwfn使用操作错误?谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-12-5 14:34:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-5 13:12
在整个gjf最末尾写一次

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-12-5 15:04:02 | 只看该作者 Only view this author

求助:如何读取log文件中的单点能

各位老师好,本人想通过高斯计算得到的log文件,看一下单点能,请问怎么看呢?

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发表于 Post on 2019-12-5 15:07:28 | 只看该作者 Only view this author
见:谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 16:55:30 | 只看该作者 Only view this author
gray 发表于 2019-12-5 15:04
各位老师好,本人想通过高斯计算得到的log文件,看一下单点能,请问怎么看呢?

谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html


过于简单初级的问题请在本帖跟帖咨询
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-5 16:55:51 | 只看该作者 Only view this author
Realzlzl 发表于 2019-12-5 14:11
sob老师好,根据您推荐的这个帖子,没有绘制出来类似附件的这种SDD图,可能是我太笨了。想绘制三线态自旋 ...

写TD干嘛,0 3直接就代表算最低三重态
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发表于 Post on 2019-12-5 21:20:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师:
最近我在计算Raman谱图时发现,某一特征峰位随着分子数目的增加而产生定向偏移.
目前模型内分子数目最大为4,因单分子类型不同,原子数从5到22不等。
采用计算水平为B3LYP/6-311G*

主要有以下几个问题想请教:
①在进行优化时,大分子经常发生分解成小分子,而小分子偶尔联合成大分子;如何设置可避免发生这种情况?目前仅靠人工核查优化后的结构再调整。
②拟将分子数增加到10,总原子数达200以上,尝试采用6-31G*基组进行优化以及振动分析,但较为费力,若只考察特征峰变化趋势,能否采用def2-SV(P)基组?若有其他更好的方法,还请sob老师及各位社友多多指导。

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