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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-8 11:05:14 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师,您在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》http://sobereva.com/441一文中3.4节 拟合水环境下天冬氨酸残基的原子电荷 的输入文件中,对B3LYP为什么用的是0阻尼的D3色散校正而不是BJ阻尼的呢,这个体系有什么特殊的地方么,谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-8 11:08:51 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2019-12-8 11:05
请问卢老师,您在《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》http://sobereva.com/441一文中3.4节 ...

对于优化来说,二者几乎没差别。建议用G09 E.01及之后版本的都用D3BJ,只会轻微更好不会更差。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2019-12-8 11:12:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-8 11:08
对于优化来说,二者几乎没差别。建议用G09 E.01及之后版本的都用D3BJ,只会轻微更好不会更差。

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-12-10 00:29:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!我是做高分子材料方向的,对计算领域完全是小白,但是课题有这方面的问题需求。想请问一下,如果我想模拟和分析树脂的阻燃过程的话,可以使用什么方法呢?比如说树脂材料和液氧接触,这个时候如果受到冲击的话,可能就会燃烧或是爆炸,请问想模拟这个过程中的一些变化应该从哪个方面开始入手呢?如果可以,我也很希望能够参加科音的培训,进行相关知识的学习,谢谢!

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发表于 Post on 2019-12-10 16:36:18 | 只看该作者 Only view this author
请问如何使用 gamess 中 $MOFRZ 中的 IFRZ 关键词?
我查看了手册:“an array of MOs in the input $VEC set which are to be frozen. There is no default for this.”
我已经加上了 $VEC 部分,然后需要冻住的轨道写在 IFRZ 后面,比如我想冻住 $VEC 中的 前三个轨道,我写成 IFRZ= 1 2 3
但是出现以下报错
THE PROBLEM IS WITH THIS INPUT LINE, NEAR THE X MARKER
$MOFRZ FRZ=.T. IFRZ=11 13 17 18 19 $END
                           X
THE ONLY KEYWORDS ACCEPTED IN THIS GROUP ARE:
  FRZ       IFRZ

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发表于 Post on 2019-12-10 20:55:34 | 只看该作者 Only view this author
社长请问此博文(http://sobereva.com/443)内的脚本可以在linux版的Multiwfn中调用吗?如果可以该如何操作?期待您的耐心回复,谢谢

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发表于 Post on 2019-12-11 09:00:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,多齿配体形成的配位键(例如η3,4.。。。。)有明显的成键特征吗?但是他是一个金属原子核多个碳原子(或者其他原子)之间产生的,如何使用说明其存在?

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发表于 Post on 2019-12-11 13:15:03 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问用qst2方法找过渡态正常结束了,想保存最末结构并进行频率计算以及IRC验证一下准确性,但是在保存结构的时候应该怎么操作呢?像平常一样右键→File→save显示的是CConnectionGaussian::WriteGCOM() Invalid molecule group for QST2.

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发表于 Post on 2019-12-11 15:45:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,我在用multiwfn计算激子耦合时,从优化好的二聚体中得到了单体坐标,在计算激发时出错是我的输入文件错了吗,手册上提到chg文件合并,如何合并呢,刚学计算,诸多不懂,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-12-12 10:13:56 | 只看该作者 Only view this author
社长好,在计算一个三重态自由基转移氢原子形成丙烯(自由基如图)的时候,在设置了三重态以后,这样的计算级别:UM062X/def2tzvp 计算反应物、过渡态是否正确(在初级班培训的时候发现社长在计算H从CH4中抽氢的时候使用了b3lyp,没有加U)。
此外,在计算自由基和自由基反应成键时,是否需要设置成单重态,采用非限制性方法计算;自由基和分子反应生成新的自由基时,计算自旋多重度以后,也采用非限制性方法计算?

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发表于 Post on 2019-12-12 19:22:39 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我用高斯优化了约有300-500左右原子(只含有C,H,N,O)的大分子,因为有几种不同的构型,所以想要对比一下哪一个结构比较稳定以及研究弱相互作用能(选用了M06-2X/6-31g),这样优化后的结构与能量会不会得到认可?(目前已经得到了几组优化的结果)

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发表于 Post on 2019-12-12 19:41:08 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,请问我用B3LYP/def2svp方法优化一个含Au原子的体系,那么对于Au原子使用的是def2svp的默认赝势吗,如果是的话想请问下是什么赝势呢,麻烦老师了。

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发表于 Post on 2019-12-12 20:19:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,您关于分子内氢键计算的博文(http://sobereva.com/522)中提到的第一种基于AIM理论的方法对于使用隐式溶剂模型(如SMD)计算的结果是否还能适用呢?期待您的回复,谢谢!

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发表于 Post on 2019-12-13 09:56:11 | 只看该作者 Only view this author
请问一下计算结合能时,两个分子优化时的基组和自旋必须完全相同吗?

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发表于 Post on 2019-12-13 18:07:14 | 只看该作者 Only view this author

对氯化铵的优化

小白想问下,在Gview里画NH4Cl的结构时,是将氯原子直接连接到氮原子上,还是分别画出铵根和氯原子来呢。。。

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