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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-12-14 15:47:47 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2019-12-7 14:06
Geometric structures, electronic characteristics, stabilities, catalytic activities, and descripto ...

谢谢

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发表于 Post on 2019-12-14 15:55:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 slope 于 2019-12-14 15:57 编辑
sobereva 发表于 2019-12-8 11:01
我不知道那篇文章怎么算的,如果是第一性原理程序当周期性算的,没有氢的事,直接拿石墨烯模型能量除以模 ...

谢谢sob老师。老师您好,我有一个问题想请教您:

您的博文里面说,可以直接从输出文件中读出自由能。

我看文献中也可以根据公式G=E+ZPE-T*S求自由能,然后我发现用输出文件中的单点能E、ZPE、S算得的自由能并不等于直接读出的自由能G。

后来经过推导发现G=E+ZPE++∫C•dT-T*S,请问老师文献中提到的公式G=E+ZPE-T*S中是否忽略了∫C•dT这一项?

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发表于 Post on 2019-12-14 17:13:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-13 19:36
我没试过此功能。写成IFRZ(1)=11,13,17,18,19 试试

谢谢 sob!

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发表于 Post on 2019-12-14 21:03:05 | 只看该作者 Only view this author
请问一下MPW1B95是哪类泛函?用这种泛函优化有机体系,做TDDFT也是没有问题的吧?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-15 10:41:55 | 只看该作者 Only view this author
kay 发表于 2019-12-14 21:03
请问一下MPW1B95是哪类泛函?用这种泛函优化有机体系,做TDDFT也是没有问题的吧?

是早就过时的泛函,绝对不要再用,否则极为容易被审稿人骂。
能有理有据用的泛函这里都说了
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-15 10:43:38 | 只看该作者 Only view this author
IU1015 发表于 2019-12-14 14:55
非常感谢老师。老师,我可以用我之前优化好的结构再用PM6或PM6带色散校正的版本继续优化吗,这样会减少优 ...

那么大体系色散作用普遍都不能忽略,用不带色散校正的PM6根本没法用
我不知道你之前怎么优化的,如果是分子力场那种很low的方法优化的,再用半经验优化才有意义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-15 10:47:23 | 只看该作者 Only view this author
slope 发表于 2019-12-14 15:55
谢谢sob老师。老师您好,我有一个问题想请教您:

您的博文里面说,可以直接从输出文件中读出自由能。
...

“G=E+ZPE-T*S”明显就是错的,根本都没考虑温度对焓的影响
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发表于 Post on 2019-12-15 11:39:09 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在做两个分子(都是几十个原子,富含苯环和各种氢键供受体基团)的弱相互作用计算,但是做两个分子的构型优化(用的wb97xd)的时候发现,两个分子在gaussview中的摆放位置会严重影响最终算出来的构型。比如我把A分子放在B分子的上下左右四个位置,算出来的最佳构型都截然不同,有没有什么办法能解决这个问题?

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发表于 Post on 2019-12-16 10:20:25 | 只看该作者 Only view this author

【求助】TDDFT(trilet)自旋多重度设置为3

请问在TDDFT计算中,opt   TD(trilet),电荷与自旋多重度设置为0  3 。是可以理解为以三重态为参考结构进行TDDFT优化计算的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-16 10:45:54 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2019-12-16 10:20
请问在TDDFT计算中,opt   TD(trilet),电荷与自旋多重度设置为0  3 。是可以理解为以三重态为参考结构进行T ...

注意triplet的拼写

不可以。当前计算根本没意义,仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-12-16 10:46:52 | 只看该作者 Only view this author
天道啊啊 发表于 2019-12-15 11:39
老师您好,我在做两个分子(都是几十个原子,富含苯环和各种氢键供受体基团)的弱相互作用计算,但是做两个 ...

非常正常的事,复合物的极小点结构往往有多个,需要用genmer+molclus做团簇的构型搜索,找到能量最低团簇,仔细看
molclus官网 http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
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发表于 Post on 2019-12-16 10:51:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-16 10:45
注意triplet的拼写

不可以。当前计算根本没意义,仔细看

好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-12-16 13:05:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-16 10:46
非常正常的事,复合物的极小点结构往往有多个,需要用genmer+molclus做团簇的构型搜索,找到能量最低团簇 ...

好的,谢谢!

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发表于 Post on 2019-12-16 13:25:48 | 只看该作者 Only view this author
The authors should clarify in which cases an implicit solvation scheme was used. 这话是啥意思?用了g16用了scrf关键字、orca用了cpcm,还需要指出是隐式模型?谢谢

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发表于 Post on 2019-12-16 14:43:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-13 19:25
基组只要和整体一致便可
“自旋必须完全相同”语义不确切

谢谢sob老师

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