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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-21 18:19:47 | 只看该作者 Only view this author
我看Exploring Chemistry with Electronic Structure Method(Second Edition)中例3.1乙烯优化时,照着例题输,为什么出现“Severe Error  Message # 2070  The processing of  the  last link ended abnormally.  All  processing has  been  aborted”?同时在Run Progress 右边框中出现“Link died!”,这是为什么?

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发表于 Post on 2020-3-21 20:28:44 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2020-3-21 16:14
这叫溶液相,不叫溶剂相。

提问这种问题得说清“二面角出现了问题”是什么问题,描述一下你想要的情况是 ...

二面角的度数出现了问题,因为我之前算了甲醇和乙醇的溶液相来计算它的焓变和吉布斯自由能,而在进行氯仿的焓变时发现二面角的度数发生了改变
优化的是dpph2,
%mem=8gb                                    
%nproc=12
#p m062x/6-31g(d) opt freq scrf(smd,solvent=dmso)
Title Card Required
0 1
N                 -0.70159400    0.07019900   -1.22776900
N                 -1.41870600    0.19582100    0.03472800
C                 -1.07538900   -0.94116900    0.86764500
C                 -0.63865800   -0.69733600    2.16538900
C                 -1.12896700   -2.24192900    0.36290100
C                 -0.27922000   -1.76999200    2.98181300
H                 -0.57348600    0.32870500    2.51845600
C                 -0.74980400   -3.30468800    1.17647300
H                 -1.45119900   -2.40886100   -0.66223900
C                 -0.33153600   -3.07079500    2.48756000
H                  0.05675000   -1.58425000    3.99757400
H                 -0.78342000   -4.31832100    0.78798200
H                 -0.03992500   -3.90450200    3.11922700
C                 -2.82344100    0.38562000   -0.15497200
C                 -3.58153900    0.71839700    0.97465600
C                 -3.44553400    0.27672600   -1.40013600
C                 -4.94653300    0.93895800    0.85440800
H                 -3.08999900    0.81165600    1.93889700
C                 -4.81638100    0.51765400   -1.50980000
H                 -2.88325500   -0.01078300   -2.28222100
C                 -5.57229200    0.84595400   -0.39068300
H                 -5.52358900    1.19896400    1.73695400
H                 -5.29011600    0.43270800   -2.48348200
H                 -6.63824800    1.02969200   -0.48296500
C                  0.66439400    0.35447700   -0.92425700
C                  1.65547300   -0.58589700   -1.19439700
C                  1.06966500    1.47174600   -0.18425700
C                  2.97351200   -0.44571400   -0.78666500
C                  2.36577300    1.67381800    0.24570400
C                  3.29992000    0.70333700   -0.09019100
H                  3.71091000   -1.21143000   -1.00000400
H                  2.63910100    2.55292700    0.81895900
N                  1.29505100   -1.82753800   -1.88578800
O                  1.71872700   -2.86285100   -1.40370300
O                  0.61483000   -1.74919500   -2.88754200
N                  0.07170100    2.48500100    0.17907000
O                  0.10240500    2.91109600    1.31674400
O                 -0.69376500    2.85884700   -0.68892100
N                  4.68957000    0.88793300    0.34242700
O                  4.96043600    1.90425000    0.95291300
O                  5.48782100    0.01340300    0.06504500
H                 -1.04597100    0.82418100   -1.82925600


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发表于 Post on 2020-3-22 09:12:31 | 只看该作者 Only view this author

最大位移值的收敛

文件输入: #p opt freq b3lyp/genecp scrf=(solvent=toluene) 5d tem=363.15
输出文件:Maximum Displacement     0.003925     0.001800     NO ()不收敛)
尝试了,opt=loose,ultrafine,都不行,求助sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 13:56:13 | 只看该作者 Only view this author
Talkwinder 发表于 2020-3-22 09:12
文件输入: #p opt freq b3lyp/genecp scrf=(solvent=toluene) 5d tem=363.15
输出文件:Maximum Displace ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html

以后发帖不要用“最大位移值的收敛”这种标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 13:56:40 | 只看该作者 Only view this author
Zhh 发表于 2020-3-21 18:19
我看Exploring Chemistry with Electronic Structure Method(Second Edition)中例3.1乙烯优化时,照着例 ...

这种提问没法回复。仔细看
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 13:57:31 | 只看该作者 Only view this author
like 发表于 2020-3-21 13:56
在进行溶剂相优化时,算出来的结果是发现结构发生变化,对照之前已经算成功的分子结构看,发现是二面角度数 ...

完全看不懂你的问题、到底想问什么
没看出有什么异常
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 13:59:22 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2020-3-21 18:10
sob老师好,请教下,把图中MO51-M052指认为n-pi*跃迁对不,谢谢!MO51的特征指认起来有点难,既有羟基基团 ...

最好说成n-pi*与pi-pi*的混合激发,只说哪种都有误导性
(如果用Multiwfn计算轨道pi成份,还可以定量化到底MO51有多少算n有多少算pi,见《在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征》http://sobereva.com/432
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 14:26:55 | 只看该作者 Only view this author
like 发表于 2020-3-21 20:28
二面角的度数出现了问题,因为我之前算了甲醇和乙醇的溶液相来计算它的焓变和吉布斯自由能,而在进行氯仿 ...

柔性大体系势能面很复杂,拿一个明显偏离平衡结构的结构当初猜结构,在不同溶剂环境下优化出的构象不同非常正常。

并且头脑里要有构象搜索的概念,仔细看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532


如果以后发现你再有同一个问题在两个帖子里提问的情况,将予以扣分处理。

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发表于 Post on 2020-3-22 16:20:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-22 13:59
最好说成n-pi*与pi-pi*的混合激发,只说哪种都有误导性
(如果用Multiwfn计算轨道pi成份,还可以定量化 ...

谢谢sob老师的指导!

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发表于 Post on 2020-3-22 19:46:59 | 只看该作者 Only view this author
最近在学习算一些芳基锡烷衍生物的振动光谱,用了HF,PM6,LSDA,HCTH,B3LYP,B3PW91,MPW1PW91几种方法,想对比实验评价计算方法,但是振动频率需要标度校正,查了半天不太明白如何选取标度因子,本科新手刚接触计算,希望老师前辈们指指路…

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-22 20:00:14 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-22 19:46
最近在学习算一些芳基锡烷衍生物的振动光谱,用了HF,PM6,LSDA,HCTH,B3LYP,B3PW91,MPW1PW91几种方法,想对比 ...

测试这些根本没必要
HCTH、LSDA、MPW1PW91都是如今基本没人用的泛函。用B3LYP-D3(BJ)就完了,测试其它的非常多余,纯粹浪费时间,就算真有个别比B3LYP-D3(BJ)对这个体系表现更好的,也强不了多少。

校正因子问题仔细看
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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发表于 Post on 2020-3-22 20:48:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-22 20:00
测试这些根本没必要
HCTH、LSDA、MPW1PW91都是如今基本没人用的泛函。用B3LYP-D3(BJ)就完了,测试其它的 ...

非常感谢老师!因为之前上课老师只给了高斯09,没法用B3LYP-D3(BJ),请问老师只用B3LYP可以吗

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发表于 Post on 2020-3-22 21:15:00 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-22 20:48
非常感谢老师!因为之前上课老师只给了高斯09,没法用B3LYP-D3(BJ),请问老师只用B3LYP可以吗

如果有一些弱相互作用,这个D3(BJ)色散校正改进是不能忽视的。
既然跑得动DFT,半经验的PM6算频率就没有意义了。HF法几乎任何时候都不应该使用。LSDA这种LDA泛函算分子体系已经严重过时,误差非常大。泛函和其他方法的选择不要乱试,每种泛函有适用的范围,超出这个范围就算碰巧跟实验对上也是纯粹瞎蒙,肯定被怼。看卢老师的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413
G09没法用B3LYP-D3(BJ)的说法是错的,G09 D.01和以后的版本都可以用。写EmpiricalDispersion=GD3BJ代表用BJ阻尼的DFT-D3

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发表于 Post on 2020-3-22 22:06:42 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-22 21:15
如果有一些弱相互作用,这个D3(BJ)色散校正改进是不能忽视的。
既然跑得动DFT,半经验的PM6算频率就没 ...

非常感谢您,我的是gaussian09w,之前加EmpiricalDispersion=GD3BJ这个关键词就died了,我先去研究一下老师发的内容,再去想想办法,谢谢~

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发表于 Post on 2020-3-22 22:08:49 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-22 22:06
非常感谢您,我的是gaussian09w,之前加EmpiricalDispersion=GD3BJ这个关键词就died了,我先去研究一下老 ...

G09有差不多10个子版本,每个版本带的功能都不一样,尤其早期版本还会有一些bug。看一下你的后面那个字母和0开头的两位数是什么。

本版积分规则 Credits rule

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