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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 21:24:17 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-3-18 10:36
谢谢老师的解答。还有疑问,Q1老师您给出的是按照x,y,z轴方向施加电场的格式。但是如果xyz坐标和我想要建 ...

不一样就调整初始坐标呗
利用VMD的几何变换很容易,诸如想顺着某个键,参考
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

数值不要用[ ]扩住。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 21:26:30 | 只看该作者 Only view this author
登登 发表于 2020-3-18 09:34
老师,审稿人让我提供的分裂能,“To make sure of the plausibility of the pathways proposed and ensure ...

没有上下文没法具体说
大抵是让你把势能面上各种驻点的不同自旋多重度的能量都给出来,能量差小的话就有可能反应过程中出现系间窜越而导致自旋多重度改变。
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发表于 Post on 2020-3-19 21:36:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-19 21:24
不一样就调整初始坐标呗
利用VMD的几何变换很容易,诸如想顺着某个键,参考
让指定化学键平行于笛卡尔 ...

谢谢大博士!

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发表于 Post on 2020-3-19 21:59:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-19 21:22
我暂时没时间调试,调试不通的时候拆开来一个命令一个命令跑、由简单到复杂反复trial&error总能调试通过

谢谢老师,期待老师开发一个linux下批量处理gaussian输入输出文件的程序,尤其是关键数据的批量提取与处理。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 22:37:10 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-3-19 21:59
谢谢老师,期待老师开发一个linux下批量处理gaussian输入输出文件的程序,尤其是关键数据的批量提取与处 ...

github上就有人分享各种零七八碎的处理Gaussian输出文件的小脚本,可以搜搜
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发表于 Post on 2020-3-20 12:24:56 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-18 09:57
Gaussian的密度拟合做的并不好,只支持纯泛函,而且加速效果有限,你要是用6-31G*还得从头构建辅助基组, ...

非常感谢您!我去认真研究一下

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发表于 Post on 2020-3-20 13:09:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-17 13:14
不要管那个,也不要用gview的calcluation setup界面创建输入文件

老师请问为什么不要用calculation setup呢。。。是为了避开选择fitting set吗?我画好分子直接在高斯里写输入文件计算这样吗?

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发表于 Post on 2020-3-21 11:09:48 | 只看该作者 Only view this author

溶剂相优化(二面角)

在进行溶剂相优化时,最终算出来的结果是normol,但结构不对(二面角的度数不对),有什么方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-21 13:13:44 | 只看该作者 Only view this author
like 发表于 2020-3-21 11:09
在进行溶剂相优化时,最终算出来的结果是normol,但结构不对(二面角的度数不对),有什么方法

注意以后发帖时必须满足此帖对标题的要求:http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

问题表达太粗糙,什么具体信息也没有,既没有输出文件也没有截图,“二面角的度数不对”也不知道你根据什么判断的,完全没法回答。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-21 13:14:15 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-20 13:09
老师请问为什么不要用calculation setup呢。。。是为了避开选择fitting set吗?我画好分子直接在 ...

那是个给本科生或者完全外行用的非常粗糙垃圾的界面,连常用的M06-2X/def2-TZVP组合你都选不了,要它何用,比自己写关键词麻烦得多,很多选项对于初学者还有误导性、迷惑性。论坛里我已经不知多少次说这个问题了
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发表于 Post on 2020-3-21 13:56:43 | 只看该作者 Only view this author
在进行溶剂相优化时,算出来的结果是发现结构发生变化,对照之前已经算成功的分子结构看,发现是二面角度数不同,请问有什么方法

QQ截图20200321135435.png (136.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

主要是看H-N-O-O的二面角

主要是看H-N-O-O的二面角

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发表于 Post on 2020-3-21 15:39:49 | 只看该作者 Only view this author

【求助】溶剂相优化

进行溶剂相优化时,是结构发生了错误,对照之前已经算对过得分子结构发现,是二面角出现了问题,请问有什么方法

QQ截图20200321153905.png (160.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

QQ截图20200321153905.png

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发表于 Post on 2020-3-21 16:14:57 | 只看该作者 Only view this author
这叫溶液相,不叫溶剂相。

提问这种问题得说清“二面角出现了问题”是什么问题,描述一下你想要的情况是什么,你认为应该是你想要的情况的依据是什么(如果有“根据什么实验的什么可测量量它应该是这样”和“你猜应该是这样”回答的人的思路可能是不一样的)。

然后还有你优化的什么分子(现在高亮的原子是什么元素都不能确定),什么电荷,什么电子态。最后还得说明是如何操作的,用了什么关键词等等。(后面这些直接上传一个输出文件就解决了)

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发表于 Post on 2020-3-21 16:43:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-21 13:14
那是个给本科生或者完全外行用的非常粗糙垃圾的界面,连常用的M06-2X/def2-TZVP组合你都选不了,要它何用 ...

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-3-21 18:10:49 | 只看该作者 Only view this author

sob老师好,请教下,把图中MO51-M052指认为n-pi*跃迁对不,谢谢!

MO51的特征指认起来有点难,既有羟基基团氧的孤对电子特征,也有C-C成键特征,等值面数值增加到0.14,MO51只剩下羟基氧原子的孤对电子


orb.png (164.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

orb.png

本版积分规则 Credits rule

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