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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-14 12:06:44 | 只看该作者 Only view this author
Shine剪水 发表于 2020-3-13 21:17
[Gaussian/gview]Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项(持续更新)

这里没有找到啊

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发表于 Post on 2020-3-14 12:09:04 | 只看该作者 Only view this author
量化新人 发表于 2020-3-13 21:57
Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项(持续更新)
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

不好意思啊,这个问题找了好久没找到解决办法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-14 19:41:23 | 只看该作者 Only view this author
superXiuTai 发表于 2020-3-13 19:56
Gaussian 09:  IA32W-G09RevC.01 23-Sep-2011
                11-Mar-2020
************************* ...

把%chk删掉再试,如果发现能算,把%chk指定到其它路径,诸如D:\test.chk
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-3-15 17:05:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-14 19:41
把%chk删掉再试,如果发现能算,把%chk指定到其它路径,诸如D:\test.chk

好的,谢谢sob老师,我试试

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发表于 Post on 2020-3-15 18:07:44 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,ORCA(4.2.0)手册中8.21 Excited State Dynamics那一部分,出现很多 如  “*XYZFILE 0 1 BEN.xyz"这样的输入(如下图),请问下这个BEN.xyz 是单独的xyz结构的坐标文件,还是表示等同于ORCA的 inp输入文件中的坐标?谢谢!



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发表于 Post on 2020-3-15 23:09:17 | 只看该作者 Only view this author
请问在使用高斯选择DFT方法时,有些方法需要选择fitting set,这个是根据什么来选择呢?

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发表于 Post on 2020-3-17 11:32:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,最近想用ORCA 4.2.0版本计算电场对碳材料吸附污染气体的DFT计算,存在以下诸多疑问:Q1,部分文献只考虑了一个方向的外加电场(如垂直于石墨烯平面方向),我觉着应该从3个正交方向分别讨论,我的想法是否合理?Q2,ORCA如何书写外加电场的关键词呢,比如垂直于石墨烯平面方向,或者单纯的根据xyz轴平行方向。(这个查了最新的manual,通过field关键词ctrl+f,然而一头雾水)Q3,这个电场的大小与单位,如何与我们宏观器件所描述的电压电流强度and单位联系起来?部分文献加电压在Figure中的单位是kcal/mol Å 或者V/Å,而本人研究的是静电除尘器电压2万V,那么用ORCA计算时是2万V电压除以电极间距(比如20米)吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:13:23 | 只看该作者 Only view this author
刘小英雄steven 发表于 2020-3-17 11:32
sob老师好,最近想用ORCA 4.2.0版本计算电场对碳材料吸附污染气体的DFT计算,存在以下诸多疑问:Q1,部分文 ...

1 如果这样有化学意义就这样做
2 手册里没体现。这样写
%scf
  efield [X-field-strength-in-a.u. ], [Y-field-strength-in-a.u. ], [Z-field-strength-in-a.u.]
end

3 应该是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:14:27 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-15 23:09
请问在使用高斯选择DFT方法时,有些方法需要选择fitting set,这个是根据什么来选择呢?

不要管那个,也不要用gview的calcluation setup界面创建输入文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-17 13:14:50 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2020-3-15 18:07
sob老师好,ORCA(4.2.0)手册中8.21 Excited State Dynamics那一部分,出现很多 如  “*XYZFILE 0 1 BEN.x ...

单独的标准xyz格式文件
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发表于 Post on 2020-3-18 09:34:55 | 只看该作者 Only view this author
老师,审稿人让我提供的分裂能,“To make sure of the plausibility of the pathways proposed and ensure that they do not involve intersystem crossing, at least the splitting energy of all species involved in the pathways (reactants, products, intermediates and transition states) should be provided. Without this information is hard to be convinced about the plausibility of the pathways presented.”
这个“splitting energy”怎么算,如何通过这个分裂能来判断路径的合理性

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发表于 Post on 2020-3-18 09:57:25 | 只看该作者 Only view this author
布剪甚青 发表于 2020-3-15 23:09
请问在使用高斯选择DFT方法时,有些方法需要选择fitting set,这个是根据什么来选择呢?

Gaussian的密度拟合做的并不好,只支持纯泛函,而且加速效果有限,你要是用6-31G*还得从头构建辅助基组,往往比不用辅助基组还慢。
这个是ORCA等程序的强项。可以看看卢老师的这几篇博文对RI-J,RI-K,RI-C和COSX的相关介绍。
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html
Gaussian的密度拟合基组官方介绍看http://gaussian.com/basissets。里面的Density Fittign那一栏,可以手动指定辅助基组,也可以用Fit自动指定,如果没有就会报错,也可以用Auto先构建辅助基组,如果你非要用的话。

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发表于 Post on 2020-3-18 10:36:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2020-3-18 14:38 编辑
sobereva 发表于 2020-3-17 13:13
1 如果这样有化学意义就这样做
2 手册里没体现。这样写
%scf

谢谢老师的解答。还有疑问,Q1老师您给出的是按照x,y,z轴方向施加电场的格式。但是如果xyz坐标和我想要建立的正交坐标不一样,加电场的格式应该如何书写呢?直接手动把电场强度投影到xyz上or有其他方法呢?Q2我尝试在Z轴加了电场,但是报错“Invalid assignment in SCF block line    5  : Last token : ,”,请老师指导下。

inp.png (19.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

inp.png

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发表于 Post on 2020-3-18 11:22:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,用gassian 09 用B3LYP/6-31G*水平几何优化,在同一个文件夹下计算了几十个作业。想用一个简单的命令,将最终的电子能量提取输出,并连同文件名按照能量从低到高排序。我写了一个命令运行总是不成功 for i in *.log; do echo -e $i "\t" $(grep -w "\HF" $i | awk '{printf "%12.6f\n"}'); done | sort –n
请问老师要达到目该如何用这样简单的命令完成?感谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 21:22:02 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-3-18 11:22
请问老师,用gassian 09 用B3LYP/6-31G*水平几何优化,在同一个文件夹下计算了几十个作业。想用一个简单的 ...

我暂时没时间调试,调试不通的时候拆开来一个命令一个命令跑、由简单到复杂反复trial&error总能调试通过
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