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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-22 22:17:14 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-22 22:08
G09有差不多10个子版本,每个版本带的功能都不一样,尤其早期版本还会有一些bug。看一下你的后面那个字母 ...

嗷我懂您的意思了,我去看了安装包,是高斯09-c01

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发表于 Post on 2020-3-23 10:18:35 | 只看该作者 Only view this author
多谢sob老师。我不懂的地方太多,把您发的东西好好看一下。

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发表于 Post on 2020-3-23 15:23:36 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,最近用gaussian 09计算了加赝势基组的体系,算了很多体系后才发现输入文件坐标后的混合基组格式写错了,我是这样写的:
Rh  0
SDD
****
N O H       0
6-31G(d,p)
****

Rh     0
SDD
就是元素符号同行后面的零0与前面元素符号之间的空格,有的空两格,有的空三歌,有的空五格,是不是应该空一格?我这样会不会导致计算基组信息读错,是不是都要重算了?

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发表于 Post on 2020-3-24 11:45:44 | 只看该作者 Only view this author
参考sob老师的如下博文学习计算RESP电荷:
《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http://sobereva.com/441
《计算RESP原子电荷的超级懒人脚本》(http://sobereva.com/476


现在报道的不少有机固体发光材料研究论文,基于单晶结构采用oniom方法研究激发态性质,oniom分为QM 和MM两层,对MM层加RESP拟合静电势电荷,但是这些文献都没有明确说明获得RESP的具体算法。
在实际使用oniom情况中,第一、计算结构来源于单晶,氢原子是近似加上,位置明显不准,要对氢原子进行优化;其次计算体系非常大,有几千原子(比如5千)。
哪怕先采用PM6D3只优化氢原子,然后采用B3LYP-D3(BJ)/6-311g**算单点获得RESP电荷也比较困难的。

在此请教老师下,对使用oniom方法,如何降低几千原子体系获得RESP电荷代价?

谢谢!

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发表于 Post on 2020-3-24 12:14:35 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师,您上一次量化基础班讲义126页第四面标号为89的那页PPT有个单位换算J=-2.11 kJ/mol = -4467.3 cm^-1是怎么来的,我算的是 -176.38 cm^-1,这里是和别的地方不一样么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 15:49:11 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-24 12:14
请问卢老师,您上一次量化基础班讲义126页第四面标号为89的那页PPT有个单位换算J=-2.11 kJ/mol = -4467.3 c ...

之前写错了,是应该-176.5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 15:55:54 | 只看该作者 Only view this author
yygong 发表于 2020-3-24 11:45
参考sob老师的如下博文学习计算RESP电荷:
《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》(http:// ...

这种情况是对单个分子计算RESP电荷,而不是直接对所有MM区域原子计算RESP电荷。看了此文就清楚了:
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 15:56:19 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-3-23 15:23
请问老师,最近用gaussian 09计算了加赝势基组的体系,算了很多体系后才发现输入文件坐标后的混合基组格式 ...

根本就没必要写0
空格多少无所谓
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发表于 Post on 2020-3-25 15:58:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 15:49
之前写错了,是应该-176.5

谢谢老师~

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发表于 Post on 2020-3-25 20:46:11 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,我想研究一个胺基甲酸盐在不同溶剂体系下的热稳定性,我应该直接计算胺基甲酸盐的溶剂化能还是其分解反应的前后自由能差值呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 21:19:44 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-3-25 20:46
Sob老师,我想研究一个胺基甲酸盐在不同溶剂体系下的热稳定性,我应该直接计算胺基甲酸盐的溶剂化能还是其 ...

后者
这跟溶剂化能没直接关系。
另外,最好也计算分解势垒
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发表于 Post on 2020-3-25 21:30:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-25 21:19
后者
这跟溶剂化能没直接关系。
另外,最好也计算分解势垒

不好意思我又来问白痴问题了。分解势垒和自由能垒的区别是什么呀?另外我看到您写的帖子里对自由能垒的定义是过渡态减反应物,但是我的分子的分解反应没有过渡态,直接是生成两个分子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-25 23:03:36 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-3-25 21:30
不好意思我又来问白痴问题了。分解势垒和自由能垒的区别是什么呀?另外我看到您写的帖子里对自由能垒的定 ...

我是指分解反应的自由能垒
不可能没有过渡态,要不然自发就瞬间分解了
如果你说的“分解”是指在溶剂下解离为阴阳离子,这和阴或阳离子结构分解是两码事
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发表于 Post on 2020-3-25 23:25:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 naonao5205 于 2020-3-25 23:26 编辑
sobereva 发表于 2020-3-11 12:01
1 三层实在算不动的话可以考虑两层
2 簇模型计算没有那么大选择余地,受制于很多方面因素。我那篇博文里 ...

卢老师您好,1. 请问您说的带smd模型优化容易出现虚频是普遍的问题吗?
在g16里面使用smd确实经常遇到,老师建议用g09并且认为g16的smd模型有问题 而我自己在纯有机阳离子中多次遇到溶剂堆积缺失的问题 请问您认为这是否与g16溶剂部分有关呢?
2. 若是需要比较取代基对lewis酸性的影响仅仅比较自由能变不比较自由能垒合理吗? 不存在位阻影响

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发表于 Post on 2020-3-25 23:27:51 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-3-19 21:59
谢谢老师,期待老师开发一个linux下批量处理gaussian输入输出文件的程序,尤其是关键数据的批量提取与处 ...

https://github.com/chauncey-garrett/gaussian-tools
感觉挺鸡肋的

本版积分规则 Credits rule

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