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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-11 23:58:42 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 关于簇模型研究蛋白内催化我想请教一下

1. 我在几何优化的时候 由于原子数比较多 有部分原子进行了固定 可能造成SMD溶剂模型下很难达到收敛标准 优化后的结构有虚频 请问这种情况可以用IEFPCM去做几何优化吗?

2. 之前我扣的簇模型都恰巧是中性 但这次的簇模型在根据氨基酸的pka进行质子化状态的确定后 发现体系是带负电
请问卢社长 这种情况基组在 几何优化 找过渡态 算单点的时候 基组都要带弥散函数吗?

谢谢社长

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发表于 Post on 2020-3-12 20:24:48 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问有怎么计算CPL光谱的不对称因子,原始定义是g=Ir-Il/0.5(Ir+Il),但是光强度是实验值。谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 04:55:21 | 只看该作者 Only view this author
lianghuashou 发表于 2020-3-12 20:24
Sob老师,请问有怎么计算CPL光谱的不对称因子,原始定义是g=Ir-Il/0.5(Ir+Il),但是光强度是实验值。谢谢老 ...

没算过,不清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 04:57:24 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-11 23:58
社长您好 关于簇模型研究蛋白内催化我想请教一下

1. 我在几何优化的时候 由于原子数比较多 有部分原子进 ...

本来我也不推荐用SMD做优化,对某些体系容易难收敛、出现小虚频
需要
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发表于 Post on 2020-3-13 10:06:10 | 只看该作者 Only view this author

irc结果震荡

各位老师,我想请问一下我做的irc结果总是呈现这样的震荡结果是怎么回事?看过渡态的虚频振动结果挺像的,一到irc就这样了.
修改过stepsize,发现没有用,只会让震荡更加密集.




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 10:10:39 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2020-3-13 10:06
各位老师,我想请问一下我做的irc结果总是呈现这样的震荡结果是怎么回事?看过渡态的虚频振动结果挺像的,一到 ...

别用gview6看g09的IRC
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发表于 Post on 2020-3-13 10:16:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-13 10:10
别用gview6看g09的IRC

这个问题吗?我去试试view5版本
谢谢老师解答

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发表于 Post on 2020-3-13 17:50:08 | 只看该作者 Only view this author

求助:gaussian 09 计算报错 Error termination via /l502


附件是输出文件,求指点,谢谢!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 17:57:39 | 只看该作者 Only view this author
化学小白 发表于 2020-3-13 17:50
附件是输出文件,求指点,谢谢!

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

常见问题在发帖之前应当先用公社论坛首页google框搜索报错提示,几乎所有不是超级罕见的问题在本论坛都早已有帖子讨论过。
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发表于 Post on 2020-3-13 18:05:02 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,谢谢!万分感谢!

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发表于 Post on 2020-3-13 19:56:06 | 只看该作者 Only view this author

求助,最近用gaussian09w总是出错

Gaussian 09:  IA32W-G09RevC.01 23-Sep-2011
                11-Mar-2020
******************************************
%chk=C:\Users\superXiuTai\Desktop\structure8.chk
%mem=1200MB
-------------------------------------------
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
报错为: Error termination in NtrErr:
NtrErr called from FIOCnC.
这个查了好多感觉都解决不了啊,求大佬帮忙

批注 2020-03-13 195504.png (39.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

批注 2020-03-13 195504.png

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秦都王城守卫教头

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发表于 Post on 2020-3-13 21:09:47 | 只看该作者 Only view this author
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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埋進雨裡聽海的呼吸

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发表于 Post on 2020-3-13 21:17:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Shine剪水 于 2020-3-13 21:20 编辑

[Gaussian/gview]Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项(持续更新)




奔跑吧 驕傲的少年

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发表于 Post on 2020-3-13 21:57:33 | 只看该作者 Only view this author
Gaussian FAQ;新手求助报错时的注意事项(持续更新)
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=16530
(出处: 计算化学公社)
看看这个帖子,看行不行

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 22:50:10 | 只看该作者 Only view this author
过于简单的问题不要单独发帖
帖子标题注意清楚体现帖子内容,仔细看置顶的新社员必读贴
传的所有图片都说清楚具体含义,不要传莫名其妙的图
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