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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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10606#
发表于 Post on 2020-3-9 22:57:47 | 只看该作者 Only view this author
想劳烦请较各位一下,新手刚接触Gaussian,正在做金属原子/离子渗透过有缺陷的石墨烯簇模型的相关计算。除了寻找吸附位点、计算吸附的结合能、金属原子/离子渗透石墨烯平面的能垒,还可以做哪些分析呢(问题1)?刚阅读了博文:使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题(http://sobereva.com/540),不知是否有必要做一些有关弱相互作用分析(问题2)?最后,关于描述金属原子/离子的渗透速率(可能要涉及动力学),大体的计算思路是什么呢(问题3)?万分感谢您的解答!

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10607#
发表于 Post on 2020-3-10 00:03:55 | 只看该作者 Only view this author
社长 请问一下

1.我对一个簇模型中的氨基酸在进行热力学循环之后 算出来的pka是-3.27 这个负值有物理意义吗? 还是就是算错了pka不可能出现负值

2.我在进行簇模型几何优化的时候没有加溶剂模型 之后的Ggas(AH)和Gsolv(AH)都是在这个构象的基础上去算的 我是不是该在SMD溶剂模型下对簇模型进行几何优化之后 再计算后面一系列热力学的量?

谢谢社长

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10608#
发表于 Post on 2020-3-10 11:27:51 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我的IRC出现这种情况是什么原因导致的?希望老师指导一下。

_R(A0_4KFKQ}MU4OK{@52FG.png (61.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

_R(A0_4KFKQ}MU4OK{@52FG.png

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10609#
发表于 Post on 2020-3-10 11:35:51 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-3-10 11:27
sob老师,我的IRC出现这种情况是什么原因导致的?希望老师指导一下。

Gaussian16的输出用GaussView6看,Gaussian09的输出用GaussView5看,否则可能有不兼容的问题。

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10610#
发表于 Post on 2020-3-10 12:54:42 | 只看该作者 Only view this author
卢老师您好,看了您的文章“使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题”,有几个问题想请教您
(1)我研究的是水溶液中对苯二酚在金上的吸附能,金的状态类似于金电极的金,构建的金团簇模型是否能比您Ag团簇还简洁,比如再减少一层原子?
(2)关于优化的泛函和基组选择,能否像“谈谈量子化学中基组的选择”具体到基于ORCA计算吸附问题,给出不同等级的选择(如垂死挣扎级别、水深火热级别、最低可接受级别、不错级别等),以供不同计算条件的老师及学生选择?因为确实有些课题组根本没有计算资源,老板却非要搞点计算作为实验数据,学生也不得不死扛
(3)构造团簇前,是否需要用XRD测所研究的金属是什么取向,然后再切表面?
(4)OCAR中SMD溶剂化模型中的水,作为我研究工作中溶剂是否可靠?

问题有点多,辛苦卢老师了

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10611#
发表于 Post on 2020-3-10 15:24:19 | 只看该作者 Only view this author
老师好,最近读 Vibrational Analysis in Gaussian 这篇文章,文章中介绍到了将Hessian矩阵中分子的平动和转动从Hessian矩阵中分离出来的方法,总结一下,即构造一个转换矩阵,投影掉上述的两种运动,让。大致有以下步骤1.构造平动向量,如图1所示。2.计算分子的惯性张量,如图2。3.利用惯性张量的特征向量组成的矩阵构造整体转动向量,如图3。4.利用构造的6个向量进行施密特正交,得到一个3N*3N的矩阵。对于这个步骤,原文叙述如图4,疑问如下:a.这个步骤是怎么进行的,我们都知道施密特正交变换是将n个任意向量变成正交的n个向量,只构造了6个向量,其他的3N-6个向量是怎么来的?b.对于构造好的6个向量,没有进行正交处理,是不是就是说,我们构造的6个向量原则上可以不用正交?

图4.png (59.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

图4

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图3.png (30.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

图3

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图2.png (40.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

图2

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图1.png (15.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

图1

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10612#
发表于 Post on 2020-3-10 22:42:30 | 只看该作者 Only view this author
我有一个 IRC 其中一边跑不完整。没有报错, 输出写的是「PES minimumdetected within a second-order step., 但明显力是没有收敛的。请问如果我想要跑完整的 IRC 应该要怎样做?






(用的关键词是 #irc=(calcall,maxpoints=500,lqa,stepsize=40) b3lyp/genecp em=gd3bjstepsize 再小的话, 能量会变化不明显, 跑一个点就会停, 15开始试, 最小要40才足够大, 因為虛頻只有 28 cm-1。)

IRC.rar (446.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 11:46:14 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-3-9 19:19
sob老师请问下在QM/MM计算中的cutoff值指的是QM区和MM区多少埃范围内作为静电作用范围考虑吗?

看具体程序
我估计是指距离QM区多远以内的MM原子计算与QM的静电相互作用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 11:48:23 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-3-10 22:42
我有一个 IRC 其中一边跑不完整。没有报错, 输出写的是「PES minimumdetected within a second-order step. ...

尝试改用GS2算法。还不行的话加上ultrafine再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 11:49:34 | 只看该作者 Only view this author
YanLiu 发表于 2020-3-10 15:24
老师好,最近读 Vibrational Analysis in Gaussian 这篇文章,文章中介绍到了将Hessian矩阵中分子的平动和 ...

这种比较大型的问题还是单独发帖吧
这部分我没研究过,可能有别人清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 11:51:22 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-3-10 00:03
社长 请问一下

1.我对一个簇模型中的氨基酸在进行热力学循环之后 算出来的pka是-3.27 这个负值有物理意 ...

理应不会有负值

优化不是非得带溶剂模型,但建议最好带上,毕竟蛋白质里净是带电残基
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 11:56:37 | 只看该作者 Only view this author
Zhangpc 发表于 2020-3-9 22:57
想劳烦请较各位一下,新手刚接触Gaussian,正在做金属原子/离子渗透过有缺陷的石墨烯簇模型的相关计算。除 ...

1 可以算算IRC、算算速率常数等。参考
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506
其它的需要进一步结合具体体系才能说,多参考其它文章了解分析套路。
另外也可以做做动力学,用xtb跑动力学的话速度挺快,参考此文里相关内容
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

2 做弱相互作用分析明显能使得文章更充实、增光添彩
还可以做密度差图、原子电荷变化之类的分析,用Multiwfn做都非常简单
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

3 我没研究过你这种问题,多在Google学术上搜已有的相关文章,思路自然就清楚了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 12:01:16 | 只看该作者 Only view this author
喝了假咖啡 发表于 2020-3-10 12:54
卢老师您好,看了您的文章“使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题”,有几个问题想请教您
(1 ...

1 三层实在算不动的话可以考虑两层
2 簇模型计算没有那么大选择余地,受制于很多方面因素。我那篇博文里用的优化级别很难再降低了,单点级别顶多是降到def2-TZVP。如果还算不动,考虑更外围区域用更小的基组(混合基组方式)
3 这方面我不清楚。反正如果能有实验加以佐证,尽量用有实验依据的,省得到时候审稿人问为什么用这个晶面而不用其它的。
4 如果优化的话,建议别用SMD(用CPCM可以),否则容易有虚频、难收敛之类乱七八糟的事。对于金上面吸附有机分子,优化时是否考虑溶剂模型我认为不会有多大影响,算能量的时候建议带上SMD。
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发表于 Post on 2020-3-11 13:16:40 | 只看该作者 Only view this author

添加弥散函数对自由能热校正量的影响

各位老师,我想请问一下再在同样的阴离子体系下几何优化方法为b3lyp/6-31+G**和b3lyp/6-31G**下得到的两个自由能热校正量差距很小,那是说明弥散函数对于这个校正量影响很小吗?
b3lyp/6-31+G** :
b3lyp/6-31G** :  

谢谢各位老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-11 13:32:24 | 只看该作者 Only view this author
wwp 发表于 2020-3-11 13:16
各位老师,我想请问一下再在同样的阴离子体系下几何优化方法为b3lyp/6-31+G**和b3lyp/6-31G**下得到的两个自 ...

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