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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-4-2 09:04:54 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-2 00:36
先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

您好,我按照您说的方法,问题还是没有得到解决,应该不是这个geom的问题

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发表于 Post on 2020-4-2 10:52:52 | 只看该作者 Only view this author
我在优化CF3SO3H(三氟乙酸)这个结构时建立了如下输入文件:
# opt=calcall freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane)
geom=connectivity

TfOH-1

0 1
C                  1.01749800   -0.00940100   -0.00125300
F                  1.54345700    1.07867900    0.55076400
F                  1.39417500   -1.08631100    0.68327000
F                  1.42188000   -0.11533600   -1.26083700
S                 -0.75572844    0.13634524    0.05190742
O                 -1.15046244    0.10107424    1.44517442
O                 -1.11990044    1.20879424   -0.84269158
O                 -1.16548944   -1.23798476   -0.68606158
H                 -1.29472644   -1.96065276   -0.04707258

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 2.0 7 2.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0
9

开始使用的opt关键词是calcfc,发现有虚频,考虑体系不大,随后使用了opt=calcall,虚频问题得到了解决,但是不管如何优化,C-S键在优化完在高斯View中显示总是处于断裂的状态,键长大概是1.89左右,而这个键长应该是超过了S原子和C原子的原子半径之和。我也用multiwfn分析了CF3和SO3H这两个片段间的键级,0.810321,总感觉相差有点大。我这个三氟乙酸的优化问题出在了哪里?是模型建立的不对?还是其他什么问题导致的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
hm5730 发表于 2020-4-2 10:52
我在优化CF3SO3H(三氟乙酸)这个结构时建立了如下输入文件:
# opt=calcall freq b3lyp/6-311+g(d,p) scr ...

S的CSD共价半径1.05,sp3碳的是0.76,当前没有多异常,明显是gview判断标准不合适

另外,如果你算的是Mayer键级,基组不能加弥散函数。当前体系本来也毫无必要加弥散函数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:18:55 | 只看该作者 Only view this author
calamity 发表于 2020-4-1 17:00
请问在vasp里面做电催化计算怎么才能加入电势,比如-1.0V vs SHE这种

第一性原理问题应当在第一性原理板块问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:19:43 | 只看该作者 Only view this author
慕子渊 发表于 2020-4-2 09:04
您好,我按照您说的方法,问题还是没有得到解决,应该不是这个geom的问题

明显是你没删对,诸如只删了关键词没删连接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:24:26 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-4-1 16:22
老师好, 我有一个反应是以下这样:

反应首先从 A 异构化成 A' , 然后跟 B 反应生成 C。A 是一个金属配合 ...

尝试不同泛函,有的泛函会高估能垒(视体系类型而定),导致容易出现TS,用那些泛函优化出TS、算自由能热校正量,然后再改用精度更好的泛函算电子能量,相加当准确的自由能
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发表于 Post on 2020-4-3 14:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-3 13:19
明显是你没删对,诸如只删了关键词没删连接关系

感谢sob老师,经您一提醒,我确实是忘了删除连接关系,现在问题得到解决,十分感谢。

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发表于 Post on 2020-4-3 14:54:33 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-2 00:36
先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

感谢您的解答,之前是我忘了删连接关系,所以一开始没解决问题,现在已经解决了。谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-3 17:35:49 | 只看该作者 Only view this author

求助关于IRC跑完的图形,左右两边都是一样的

各位老师前辈好,我在跑IRC时,正常结束发现左右两边的图形是一样的,看到之前的帖子,我把关键词guess=read 加上了图形依然左右两边一样,请问这是什么原因?%chk=TS2-IRC.chk%mem=1200MB
#p B3LYP/def2TZVP irc(calcfc,maxpoint=30,stepsize=10,LQA) int=ultrafine guess=read

这是输入文件的关键词,输出文件我已上传。谢谢老师。




~RM4T(S8[Q19TE8U(58$M@1.png (11.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

IRC图形

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-4 04:34:32 | 只看该作者 Only view this author
小李子赛 发表于 2020-4-3 17:35
各位老师前辈好,我在跑IRC时,正常结束发现左右两边的图形是一样的,看到之前的帖子,我把关键词guess=rea ...

仔细阅读
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
没有可补充的。

常见问题先搜公社论坛首页google框
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发表于 Post on 2020-4-4 22:23:55 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,双变量扫描,协同断键,怎么得到二维势能面扫描图。我用普通的扫描,设置了两个扫描量,没能得到二维的图。谢谢老师!

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10752#
发表于 Post on 2020-4-5 16:45:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,想请教您一个问题,就是我用PM7方法优化了结构之后再用DFT方法做NBO分析这样得到的结果有意义吗?谢谢老师!

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10753#
发表于 Post on 2020-4-6 18:24:12 | 只看该作者 Only view this author

用高斯计算硅酞菁激发态时出的2070问题

本人是一名大四的学生,第一次接触高斯软件,带我们的学长让用它对酞菁的结构进行优化。用学长按文献给的算法进行优化,优化基态的时候没有问题,优化其激发态的时候算法没有改变,但是出现2070的问题。请教各位这要怎么解决。

3.png (17.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

输出文件

输出文件

2.png (36.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

输出文件

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1.png (16.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

输出文件

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SITJ00TDDFT.gjf

18.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2020-4-6 18:40:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-4-6 18:45 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-16893-1-1.html
高斯的#那一串叫计算路径,再通俗一点可以叫关键词,不要叫“算法”。
搞懂每个关键词(至少是大致的)含义再写,不懂的别写。不要机械的复制“祖传”关键词,更不要找一篇文献来就用它的级别,很容易掉坑。

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发表于 Post on 2020-4-6 19:02:41 | 只看该作者 Only view this author
很多人坚持认为, 那些就是算法,因为是计算方法啊, 你看,我的计算方法有泛函, 基组,溶剂模型等,怎么不是算法呢?
哈哈
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