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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 03:27:04 | 只看该作者 Only view this author
敦敦敦 发表于 2020-3-31 07:09
请教一下sob老师,最近在算一些离子对化合物,一直不太清楚构建模型的时候,相应阳离子/阴离子的位置应该怎 ...

用molclus做构型搜索,看molclus官网上的信息以及我写的相关帖子。molclus做这种事极其方便
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 03:28:11 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-3-31 13:23
请问要计算气体吸附在固体表面的反应路径,类似于反应 A+B——C,第一步该如何计算,是搜索过渡态还是进行 ...

先优化出复合物,以复合物为参考去摆过渡态初猜

自旋多重度问题看具体体系
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发表于 Post on 2020-4-1 08:53:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-1 03:28
先优化出复合物,以复合物为参考去摆过渡态初猜

自旋多重度问题看具体体系

好的,谢谢社长,我明白了,马上去计算

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发表于 Post on 2020-4-1 16:22:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2020-4-2 13:03 编辑

老师好, 我有一个反应是以下这样:


反应首先从 A 异构化成 A' , 然后跟 B 反应生成 C。A 是一个金属配合物, 为了研究 A 上面的配体如何影响生成 C 的速度, 因此我需要计算出不同配体下的能垒, 也就是图中 [A'-B] 的能量。问题是, A' 跟 B 反应时, 这一步的电子能垒很低 (如果跟分开的 A' + B 比较, 是负数; 跟 A-B complex 比较, 也都 < 2 kcal),因此过渡态找到的时候虚频也很小 (<50 cm-1), 有时候更是找不到。

由于这个过渡态在电子能量的能垒太低, 所以有些配体的 A 能找到这个过渡态, 有些配体则找不到, 不知道是不是 EE 的 PES 太平坦。在这种情况下, 请问有什么建议? 虽然这一步的电子能垒很低, 但因为这一步是双分子加在一起, 自由能垒不低, 因此如果忽略这一步只考虑 A', 会大大低估了自由能的能垒。我是不是想错了什么?





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发表于 Post on 2020-4-1 17:00:27 | 只看该作者 Only view this author
请问在vasp里面做电催化计算怎么才能加入电势,比如-1.0V vs SHE这种

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发表于 Post on 2020-4-2 00:19:40 | 只看该作者 Only view this author
各位老师你们好,我弄了个多步计算的任务,先几何优化,再算ECD,但是没到第二部ECD计算的时候总提示这样的错误,
Wanted an integer as input.
Found a string as input.
eps=16.7                                                                        

请问怎么解决呢?我用的是自定义溶剂。
  1. %chk=C:\NewPdcomplex\5-2.chk
  2. # opt b3lyp/6-31G(d) scrf=read geom=connectivity

  3. Title Card Required

  4. 0 1
  5. C                 -0.76140900   -0.66749300    0.28851400
  6. H                 -0.78505800   -1.70703500   -0.01664200
  7. H                 -0.65442200   -0.64796100    1.36995400
  8. C                  0.48701500   -0.02889100   -0.34323000
  9. H                  0.36225100   -0.02360300   -1.41988800
  10. N                  1.64636500   -0.90711200   -0.04855600
  11. H                  1.82052700   -0.96339400    0.94360500
  12. H                  2.48299000   -0.59552700   -0.51626300
  13. C                  0.71349400    1.41536600    0.14369400
  14. H                  0.81269100    1.42850100    1.22502700
  15. H                 -0.10470700    2.06754400   -0.13613200
  16. H                  1.62551500    1.81527900   -0.28746400
  17. C                 -2.08016500    0.01818800   -0.11656800
  18. H                 -2.18087400    0.04083000   -1.19693300
  19. H                 -2.12917100    1.03564200    0.25171800
  20. H                 -2.92791300   -0.52351400    0.28844800

  21. 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 13 1.0
  22. 2
  23. 3
  24. 4 5 1.0 6 1.0 9 1.0
  25. 5
  26. 6 7 1.0 8 1.0
  27. 7
  28. 8
  29. 9 10 1.0 11 1.0 12 1.0
  30. 10
  31. 11
  32. 12
  33. 13 14 1.0 15 1.0 16 1.0
  34. 14
  35. 15
  36. 16

  37. eps=16.7
  38. epsinf=1.6







  39. --Link1--
  40. %chk=C:\NewPdcomplex\5-2.chk
  41. #p td=(nstates=3) b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(read) geom=connectivity geom=check guess=read

  42. or of 12S-PDT-c2 in CHCl3 (search again))at 589nm

  43. 0 1

  44. eps=16.7
  45. epsinf=1.6









复制代码

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发表于 Post on 2020-4-2 00:36:26 | 只看该作者 Only view this author
慕子渊 发表于 2020-4-2 00:19
各位老师你们好,我弄了个多步计算的任务,先几何优化,再算ECD,但是没到第二部ECD计算的时候总提示这样的 ...

先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

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发表于 Post on 2020-4-2 09:04:54 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-2 00:36
先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

您好,我按照您说的方法,问题还是没有得到解决,应该不是这个geom的问题

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发表于 Post on 2020-4-2 10:52:52 | 只看该作者 Only view this author
我在优化CF3SO3H(三氟乙酸)这个结构时建立了如下输入文件:
# opt=calcall freq b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(solvent=dichloromethane)
geom=connectivity

TfOH-1

0 1
C                  1.01749800   -0.00940100   -0.00125300
F                  1.54345700    1.07867900    0.55076400
F                  1.39417500   -1.08631100    0.68327000
F                  1.42188000   -0.11533600   -1.26083700
S                 -0.75572844    0.13634524    0.05190742
O                 -1.15046244    0.10107424    1.44517442
O                 -1.11990044    1.20879424   -0.84269158
O                 -1.16548944   -1.23798476   -0.68606158
H                 -1.29472644   -1.96065276   -0.04707258

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5 6 2.0 7 2.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0
9

开始使用的opt关键词是calcfc,发现有虚频,考虑体系不大,随后使用了opt=calcall,虚频问题得到了解决,但是不管如何优化,C-S键在优化完在高斯View中显示总是处于断裂的状态,键长大概是1.89左右,而这个键长应该是超过了S原子和C原子的原子半径之和。我也用multiwfn分析了CF3和SO3H这两个片段间的键级,0.810321,总感觉相差有点大。我这个三氟乙酸的优化问题出在了哪里?是模型建立的不对?还是其他什么问题导致的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:17:56 | 只看该作者 Only view this author
hm5730 发表于 2020-4-2 10:52
我在优化CF3SO3H(三氟乙酸)这个结构时建立了如下输入文件:
# opt=calcall freq b3lyp/6-311+g(d,p) scr ...

S的CSD共价半径1.05,sp3碳的是0.76,当前没有多异常,明显是gview判断标准不合适

另外,如果你算的是Mayer键级,基组不能加弥散函数。当前体系本来也毫无必要加弥散函数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:18:55 | 只看该作者 Only view this author
calamity 发表于 2020-4-1 17:00
请问在vasp里面做电催化计算怎么才能加入电势,比如-1.0V vs SHE这种

第一性原理问题应当在第一性原理板块问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:19:43 | 只看该作者 Only view this author
慕子渊 发表于 2020-4-2 09:04
您好,我按照您说的方法,问题还是没有得到解决,应该不是这个geom的问题

明显是你没删对,诸如只删了关键词没删连接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 13:24:26 | 只看该作者 Only view this author
elvisng 发表于 2020-4-1 16:22
老师好, 我有一个反应是以下这样:

反应首先从 A 异构化成 A' , 然后跟 B 反应生成 C。A 是一个金属配合 ...

尝试不同泛函,有的泛函会高估能垒(视体系类型而定),导致容易出现TS,用那些泛函优化出TS、算自由能热校正量,然后再改用精度更好的泛函算电子能量,相加当准确的自由能
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发表于 Post on 2020-4-3 14:53:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-3 13:19
明显是你没删对,诸如只删了关键词没删连接关系

感谢sob老师,经您一提醒,我确实是忘了删除连接关系,现在问题得到解决,十分感谢。

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发表于 Post on 2020-4-3 14:54:33 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-2 00:36
先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

感谢您的解答,之前是我忘了删连接关系,所以一开始没解决问题,现在已经解决了。谢谢!

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