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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-3-30 09:17:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-30 08:49
上传压缩后的输出文件

已经上传,希望能得到Sob老师的帮助,谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2020-3-30 16:43:08 | 只看该作者 Only view this author
想请教Sob老师一个简单的问题。GaussView 6.0中怎么标记两个原子之间的距离啊?如果不行的话有没有别的可视化软件有这种功能呢?因为我想标记出来之后截图放到论文里。谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-31 02:45:40 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-30 16:43
想请教Sob老师一个简单的问题。GaussView 6.0中怎么标记两个原子之间的距离啊?如果不行的话有没有别的可视 ...

没法标记,只能自己在ppt或者作图软件里标上
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-31 02:47:30 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-3-30 09:17
已经上传,希望能得到Sob老师的帮助,谢谢Sob老师

做了振动分析(加freq)关键词才行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-3-31 07:09:22 | 只看该作者 Only view this author
请教一下sob老师,最近在算一些离子对化合物,一直不太清楚构建模型的时候,相应阳离子/阴离子的位置应该怎么处理 才能确保得到合理的最低能量结构.

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发表于 Post on 2020-3-31 09:42:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-31 02:45
没法标记,只能自己在ppt或者作图软件里标上

好的谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-3-31 10:12:21 | 只看该作者 Only view this author
sirical 发表于 2020-3-30 09:17
已经上传,希望能得到Sob老师的帮助,谢谢Sob老师

1.IOp(1/8)=N有Opt=MaxStep=N这个关键词,没必要用IOp。另外这个只是改变一开始的步长,后面会自动调整导致设置无效。一般这个关键词都要配合Opt=NoTrustUpdate,不自动更新置信半径,来用的。
2.GFInput做什么...想看基组和赝势定义开个Guess=Only的单点文件不就好了,输出文件多了一堆东西。
3.虽然这种DFT还是小任务无所谓,但是一般来说,14核只给8G内存实在太抠门了。
至于算频率不加freq关键词这种事...

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发表于 Post on 2020-3-31 13:23:52 | 只看该作者 Only view this author
请问要计算气体吸附在固体表面的反应路径,类似于反应 A+B——C,第一步该如何计算,是搜索过渡态还是进行结构优化?以及,反应物有两个,自旋多重度该如何设置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 03:27:04 | 只看该作者 Only view this author
敦敦敦 发表于 2020-3-31 07:09
请教一下sob老师,最近在算一些离子对化合物,一直不太清楚构建模型的时候,相应阳离子/阴离子的位置应该怎 ...

用molclus做构型搜索,看molclus官网上的信息以及我写的相关帖子。molclus做这种事极其方便
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-1 03:28:11 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-3-31 13:23
请问要计算气体吸附在固体表面的反应路径,类似于反应 A+B——C,第一步该如何计算,是搜索过渡态还是进行 ...

先优化出复合物,以复合物为参考去摆过渡态初猜

自旋多重度问题看具体体系
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发表于 Post on 2020-4-1 08:53:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-1 03:28
先优化出复合物,以复合物为参考去摆过渡态初猜

自旋多重度问题看具体体系

好的,谢谢社长,我明白了,马上去计算

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发表于 Post on 2020-4-1 16:22:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 elvisng 于 2020-4-2 13:03 编辑

老师好, 我有一个反应是以下这样:


反应首先从 A 异构化成 A' , 然后跟 B 反应生成 C。A 是一个金属配合物, 为了研究 A 上面的配体如何影响生成 C 的速度, 因此我需要计算出不同配体下的能垒, 也就是图中 [A'-B] 的能量。问题是, A' 跟 B 反应时, 这一步的电子能垒很低 (如果跟分开的 A' + B 比较, 是负数; 跟 A-B complex 比较, 也都 < 2 kcal),因此过渡态找到的时候虚频也很小 (<50 cm-1), 有时候更是找不到。

由于这个过渡态在电子能量的能垒太低, 所以有些配体的 A 能找到这个过渡态, 有些配体则找不到, 不知道是不是 EE 的 PES 太平坦。在这种情况下, 请问有什么建议? 虽然这一步的电子能垒很低, 但因为这一步是双分子加在一起, 自由能垒不低, 因此如果忽略这一步只考虑 A', 会大大低估了自由能的能垒。我是不是想错了什么?





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发表于 Post on 2020-4-1 17:00:27 | 只看该作者 Only view this author
请问在vasp里面做电催化计算怎么才能加入电势,比如-1.0V vs SHE这种

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发表于 Post on 2020-4-2 00:19:40 | 只看该作者 Only view this author
各位老师你们好,我弄了个多步计算的任务,先几何优化,再算ECD,但是没到第二部ECD计算的时候总提示这样的错误,
Wanted an integer as input.
Found a string as input.
eps=16.7                                                                        

请问怎么解决呢?我用的是自定义溶剂。
  1. %chk=C:\NewPdcomplex\5-2.chk
  2. # opt b3lyp/6-31G(d) scrf=read geom=connectivity

  3. Title Card Required

  4. 0 1
  5. C                 -0.76140900   -0.66749300    0.28851400
  6. H                 -0.78505800   -1.70703500   -0.01664200
  7. H                 -0.65442200   -0.64796100    1.36995400
  8. C                  0.48701500   -0.02889100   -0.34323000
  9. H                  0.36225100   -0.02360300   -1.41988800
  10. N                  1.64636500   -0.90711200   -0.04855600
  11. H                  1.82052700   -0.96339400    0.94360500
  12. H                  2.48299000   -0.59552700   -0.51626300
  13. C                  0.71349400    1.41536600    0.14369400
  14. H                  0.81269100    1.42850100    1.22502700
  15. H                 -0.10470700    2.06754400   -0.13613200
  16. H                  1.62551500    1.81527900   -0.28746400
  17. C                 -2.08016500    0.01818800   -0.11656800
  18. H                 -2.18087400    0.04083000   -1.19693300
  19. H                 -2.12917100    1.03564200    0.25171800
  20. H                 -2.92791300   -0.52351400    0.28844800

  21. 1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 13 1.0
  22. 2
  23. 3
  24. 4 5 1.0 6 1.0 9 1.0
  25. 5
  26. 6 7 1.0 8 1.0
  27. 7
  28. 8
  29. 9 10 1.0 11 1.0 12 1.0
  30. 10
  31. 11
  32. 12
  33. 13 14 1.0 15 1.0 16 1.0
  34. 14
  35. 15
  36. 16

  37. eps=16.7
  38. epsinf=1.6







  39. --Link1--
  40. %chk=C:\NewPdcomplex\5-2.chk
  41. #p td=(nstates=3) b3lyp/6-311g(d,p) scrf=(read) geom=connectivity geom=check guess=read

  42. or of 12S-PDT-c2 in CHCl3 (search again))at 589nm

  43. 0 1

  44. eps=16.7
  45. epsinf=1.6









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发表于 Post on 2020-4-2 00:36:26 | 只看该作者 Only view this author
慕子渊 发表于 2020-4-2 00:19
各位老师你们好,我弄了个多步计算的任务,先几何优化,再算ECD,但是没到第二部ECD计算的时候总提示这样的 ...

先删了你的geom=connectivity和对应的连接关系试试再说。

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