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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:27:07 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 20:43
谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用 ...

用Multiwfn做基于力场的能量分解可以把体系特定两个pi区域之间的作用能给算出来,看
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html

另外,Multiwfn还可以对RDG或IGM等值面计算体积,对RDG等值面内的区域做电子密度的积分等,这也算是定量考察,见Multiwfn手册4.200.14.1节
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-4-9 08:10:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:27
用Multiwfn做基于力场的能量分解可以把体系特定两个pi区域之间的作用能给算出来,看
使用Multiwfn做基于 ...

好的!非常感谢Sob老师!

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发表于 Post on 2020-4-9 09:21:25 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-8 21:03
关于pi-pi堆积和pi-氢键等,强烈推荐看一看Grimme的这篇文献。
10.1002/anie.200705157

好的谢谢您!

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发表于 Post on 2020-4-9 21:32:01 | 只看该作者 Only view this author
VTST计算需要IRC路径上在过渡态附近的几个点的freq任务的输出,但是我算出来过渡态附近的9个点freq的都有三个虚频(freq输出中的四个标准都是NO,9个点的Value也差不多),输入到KiSThelP后说TS应该只有一个虚频所以就报错了。9个点的freq输入文件都读了过渡态优化后的.chk文件,IRC路径上在过渡态附近的几个点的几何结构是固定了就不能变,无法通过优化结构解决虚频,想请教如何解决,谢谢!

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发表于 Post on 2020-4-9 22:02:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-9 07:23
扩散是一种表观的因为粒子运动才具有现象,而平动是一种确切的运动形式。语义上没有必然关联性

明白了,非常感谢您。

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发表于 Post on 2020-4-10 00:25:13 | 只看该作者 Only view this author
新手求助:请问如何两个分子之间(通过氢键相互作用)或配位体(金属离子与有机配体)作用能(bonding energy, interaction energy )如何计算?
对于配位体而言,我看一些文献中采用的方法是 计算配位体的能量,在分别计算金属离子与有机配体的能量 并求和, 最后计算配位体与金属离子与配体之和的差值?
这里主要的问题是 这里的能量就是指高斯(OPT+FRE) 中得到的Zero-point vibrational energy 吗?那么高斯中 energy得到的那个数据nuclear repulsion energy  又指的的什么意思?还请给位指教一下,感激不尽。

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发表于 Post on 2020-4-10 11:33:44 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,想请教您一个简单的问题。就是我在完成本科毕业论文的过程中使用了gaussian16,multiwfn,vmd,以及引用了您的一篇博文中的一小段定义,请问这些东西在文末的参考文献中应该如何体现呢?还请老师指点,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-4-10 15:28:11 | 只看该作者 Only view this author
新手入门 我这里有老师给的mc-mp2程序 通过已知分子molden文档来计算。 我想知道如果我想算其他分子molden文档数据怎么来?比如分子轨道数据。文档里的数据代表什么意思?在网上查询好久,没有找到相关的说明。。

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发表于 Post on 2020-4-10 16:32:41 | 只看该作者 Only view this author
新手提问 请问下 自旋多重度的设置对于 稀土团簇的构型优化 影响大吗? 在实际的工作中, 稀土元素往往被发现拥有相同的构型,而与他们的单电子数目无关。是不是意味,所有关于镧系元素的几何构型优化,都可以用Y元素来代替?

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发表于 Post on 2020-4-11 14:08:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-4 04:34
仔细阅读
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400(http://bbs.keinsci.com/thr ...

谢谢老师,我根据文章所说,增加过渡态的精确度再跑IRC问题就解决了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 22:57:50 | 只看该作者 Only view this author
miloslighting 发表于 2020-4-10 16:32
新手提问 请问下 自旋多重度的设置对于 稀土团簇的构型优化 影响大吗? 在实际的工作中, 稀土元素往往被发 ...

显然不可以,肯定会被审稿人批
自旋多重度必须设成实际情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 22:58:58 | 只看该作者 Only view this author
ASPS 发表于 2020-4-10 15:28
新手入门 我这里有老师给的mc-mp2程序 通过已知分子molden文档来计算。 我想知道如果我想算其他分子molden ...

用Multiwfn载入诸如Gaussian产生的.fch,用主功能100的子功能2就能产生molden输入文件,仔细看此文
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

此帖介绍的文章里包含了对molden格式的简要说明
http://bbs.keinsci.com/thread-16363-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 23:01:31 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-10 11:33
Sob老师您好,想请教您一个简单的问题。就是我在完成本科毕业论文的过程中使用了gaussian16,multiwfn,vmd, ...


写计算化学文章时引用理论方法、基组、程序时应注意的问题
http://sobereva.com/370http://bbs.keinsci.com/thread-5593-1-1.html

博文这样引用:Tian Lu, 帖子名, 网址 (accessed 年-月-日)
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Stefinetaipei 发表于 2020-4-10 00:25
新手求助:请问如何两个分子之间(通过氢键相互作用)或配位体(金属离子与有机配体)作用能(bonding ener ...

不同文章对这种量有不同的定义,没有统一的规则,计算的时候必须说清楚当前是怎么定义的

用电子能量算最简单,按照此文读取恰当的数据
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

更费事但也更有实际意义的是算自由能的变化,看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

光拿电子能量加上Zero-point vibrational energy毫无实际意义,谁平时也不会专门研究0 K时候的热力学量
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-11 23:05:48 | 只看该作者 Only view this author
Zhangpc 发表于 2020-4-9 21:32
VTST计算需要IRC路径上在过渡态附近的几个点的freq任务的输出,但是我算出来过渡态附近的9个点freq的都有三 ...

“读了过渡态优化后的.chk文件”语义不明,必须说清楚到底读了什么内容

联系kisthelp作者解决
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