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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 07:10:10 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-4-7 13:19
因为刚开始学,所以用笔记本先尝试了低基组的模拟。初猜结构是先用柔性扫描做的,然后保存了能量最高点的 ...

找过渡态关键词该怎么写仔细看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

你这体系不像是对称破缺单重态的样子,完全没必要写guess=(mix,always)(倘若真计算对称破缺单重态,显然还得同时写U,看http://sobereva.com/82
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 07:11:20 | 只看该作者 Only view this author
Somnus荣小荣 发表于 2020-4-7 12:02
老师,请问一下,液相反应过程中是否应该考虑去除平动能以及转动能?还有就是分子的平动能和分子的扩散怎么 ...

以后发帖标题不要随便带问号
并且帖子标题的命名必须非常准确和清楚,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html

不需要去除

平动能和扩散没有可比性。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-8 07:12:39 | 只看该作者 Only view this author
Jameslzy 发表于 2020-4-7 10:05
Sob老师好,想请教下Sob老师,一个金属-碳键,如何来衡量这个键是更倾向于是共价键还是配位键呢?如果有几 ...

配位键主要本质就是共价作用,所以根本没有共价键和配位键的区分

另外“稳定性”是非常含糊的词,看此文关于“稳定性”的内容
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
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发表于 Post on 2020-4-8 08:44:20 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师,我是看了您的帖子之后觉得不用加,但是我问我隔壁实验室的一个老师,他说对于这种电荷转移激发是远程激发需要加弥散才能描述描述,而且我看了一些关于TICT的文献 发现它们部分会加弥散部分不会加弥散 请问Sob老师 怎么样才算是远程激发?

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发表于 Post on 2020-4-8 09:02:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-8 07:12
配位键主要本质就是共价作用,所以根本没有共价键和配位键的区分

另外“稳定性”是非常含糊的词,看此 ...

好的,谢谢sob老师回复

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发表于 Post on 2020-4-8 10:10:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-8 07:11
以后发帖标题不要随便带问号
并且帖子标题的命名必须非常准确和清楚,仔细看http://bbs.keinsci.com/thr ...

抱歉,老师,下次一定注意,多谢您。基本知识不理解,平动是指分子整体的移动,而扩散也可以是分子的移动,这两者有什么区别呢

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发表于 Post on 2020-4-8 16:37:57 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问有没有什么可以定量研究pai-pai相互作用的方法啊?

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发表于 Post on 2020-4-8 16:53:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-4-8 20:17 编辑
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 16:37
Sob老师,请问有没有什么可以定量研究pai-pai相互作用的方法啊?

1.是pi不是pai。详见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
2.如果你指的是pi-pi stacking, 弱相互作用能一般的计算方式就是A-B的复合物能量减去两个单体的能量,但是注意一定要考虑BSSE问题。
看卢老师的这两篇。
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46
在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子
http://sobereva.com/542
3.但是上面的方法只给出一个相互作用能,有价值信息太少,可能还有很多能挖掘的信息,比如相互作用的作用类型分析。常用的有做能量分解,比如做SAPT能量分解。详见
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

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发表于 Post on 2020-4-8 20:43:02 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-8 16:53
1.是pi不是pai。详见
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用用直接用能量进行加减会不会不太容易?

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发表于 Post on 2020-4-8 21:03:16 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-8 20:43
谢谢您的纠正!只是我这儿的复合物里除了pi-pi堆叠之外还有氢键作用,想单独定量研究里面的pi-pi堆叠作用 ...

关于pi-pi堆积和pi-氢键等,强烈推荐看一看Grimme的这篇文献。
10.1002/anie.200705157

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发表于 Post on 2020-4-8 22:55:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 函数与激情 于 2020-4-8 22:56 编辑

Sob老师好!我想用amber自带的paramfit工具拟合一个含硒的分子的amber力场,但是在执行paramfit时需要分子的prmtop文件,请问老师这种非有机分子体系可以有办法获得其prmtop文件吗?

Snipaste_2020-04-08_22-52-26.png (29.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2020-4-8 23:15:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-6 19:31
里面有例子
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474(http://bbs.keinsci.com/thread-1 ...

谢谢sob老师!我按照老师的帖子学习,问题已经解决了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:22:16 | 只看该作者 Only view this author
一起挖煤 发表于 2020-4-8 08:44
谢谢sob老师,我是看了您的帖子之后觉得不用加,但是我问我隔壁实验室的一个老师,他说对于这种电荷转移激 ...

完全不需要加弥散,这又不是里德堡激发
只要是价层激发就根本不需要弥散函数,不管是局域激发也好还是电荷转移激发也好。不要听那个老师的,也不要效仿某些某些文献

那是指转移距离较远的电荷转移激发,通过Multiwfn计算D_CT等指数都能衡量。仔细看以下文章
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-9 07:22:38 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-4-8 22:55
Sob老师好!我想用amber自带的paramfit工具拟合一个含硒的分子的amber力场,但是在执行paramfit时需要分子 ...

这不属于量化问题,请发在分子模拟版
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Somnus荣小荣 发表于 2020-4-8 10:10
抱歉,老师,下次一定注意,多谢您。基本知识不理解,平动是指分子整体的移动,而扩散也可以是分子的移动 ...

扩散是一种表观的因为粒子运动才具有现象,而平动是一种确切的运动形式。语义上没有必然关联性
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