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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-4-22 11:42:30 | 只看该作者 Only view this author
老师,我看到有一些文献里写到用的计算方法为MP2(full),请问它和MP2有什么区别吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 06:51:45 | 只看该作者 Only view this author
小李子赛 发表于 2020-4-22 11:42
老师,我看到有一些文献里写到用的计算方法为MP2(full),请问它和MP2有什么区别吗?

Gaussian里做MP2默认冻核。full代表不冻核,精度更高,但耗时也更高。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-23 06:52:38 | 只看该作者 Only view this author
jslo 发表于 2020-4-22 08:44
各位老师好,下面是cc-pvdz基组对H使用的基函数,请问H S对应的有3列,这3列分别是什么含义?我找了好久没 ...

把这里的东西看了自然就明白了
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309http://bbs.keinsci.com/thread-2081-1-1.html
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发表于 Post on 2020-4-23 10:14:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-23 06:51
Gaussian里做MP2默认冻核。full代表不冻核,精度更高,但耗时也更高。

明白了,谢谢老师。

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发表于 Post on 2020-4-23 14:29:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-23 06:52
把这里的东西看了自然就明白了
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

好嘞,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-4-24 12:42:46 | 只看该作者 Only view this author

sob前辈您好,我想用gv查看优化时的能量曲线来着,但是一打开out文件就是这个样子,没有看到read immediate geommetries这个选项,不知道是不是我搞错了,还请sob前辈指点。

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发表于 Post on 2020-4-24 13:23:16 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-24 12:42
sob前辈您好,我想用gv查看优化时的能量曲线来着,但是一打开out文件就是这个样子,没有看到read immedia ...

不要双击打开。用File -- Open,然后左下角勾选read immediate geommetries

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发表于 Post on 2020-4-24 14:29:09 | 只看该作者 Only view this author
hebrewsnabla 发表于 2020-4-24 13:23
不要双击打开。用File -- Open,然后左下角勾选read immediate geommetries

好的我已经弄好了,非常感谢前辈指点!

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发表于 Post on 2020-4-25 16:46:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2020-4-25 16:47 编辑

求助一下基组选择的问题,我有一个蛋白质体系,其中三个残基(100个原子)之间的相互作用是我所感兴趣的,所以一开始就挖了那三个残基出来用了PWPB95-D4/def2-QZVPP//B3LYP-D4/def2-TZVP来算,结果和我希望的差不多。
但现在老板希望我再加上更多的残基和水(一共300个原子),我准备用一样的级别PWPB95-D4/def2-QZVPP//B3LYP-D4/def2-TZVP来描述那三个残基(100个原子),然后用PWPB95-D4/def2-SVP//B3LYP-D4/def2-SV(P)来描述剩下的那200个原子,想问一下这个方案可行么?哪怕加上了那200个原子,我关注的还是最开始那三个残基之间的相互作用。def2-SVP和def2-SV(P)会不会太低了。
是不是把单点计算的理论方法降到wB97M然后那三个残基用def2-QZVPP,剩下的用def2-TZVP更好?谢谢。

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发表于 Post on 2020-4-26 15:44:29 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好!我想使用Molcas计算一个分子在CASPT2级别下的振子强度,但似乎Molcas只能在CASSCF级别下计算,如果我想基于CASSCF的波函数算的TDM,然后利用CASPT2的能量差得到近似的CASPT2振子强度,以下操作是否可行呢:根据此贴(http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html)的振子强度公式,将CASSCF下得到的f除以CASSCF下的能量差再乘以CASPT2下的能量差得到新的f。请问Sob老师这样子有没有问题啊?

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发表于 Post on 2020-4-26 22:51:33 | 只看该作者 Only view this author
大家好,关于“虚频”基本概念的简单问题

所谓的“虚频”到底是什么?频率是负数又说明了什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-27 01:41:16 | 只看该作者 Only view this author
GOmathchem 发表于 2020-4-26 22:51
大家好,关于“虚频”基本概念的简单问题

所谓的“虚频”到底是什么?频率是负数又说明了什么?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-27 01:46:36 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-4-26 15:44
Sob老师您好!我想使用Molcas计算一个分子在CASPT2级别下的振子强度,但似乎Molcas只能在CASSCF级别下计算 ...

molcas这部分我没怎么关注,不过这篇文章作者就是用molcas做的CASPT2算的振子强度:THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 174318 (2010)(但也可能作者用了自己的额外的代码。我不确定)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-27 01:50:48 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2020-4-25 16:46
求助一下基组选择的问题,我有一个蛋白质体系,其中三个残基(100个原子)之间的相互作用是我所感兴趣的, ...

精度上完全可行。没法再往上升了。当前都未必算得动。
没法只把那三个残基用wB97M-V(除非用CIM之类特殊处理方法)

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发表于 Post on 2020-4-27 10:30:46 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想问一下guess=read这个关键词怎么用呢,高斯版本为09C01,之前在帖子里看到过cp ts.chk ts-irc.chk,然后%chk=ts-irc.chk ,发现不行。

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