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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-4-13 11:28:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fdy哈哈哈 于 2020-4-13 11:30 编辑
sobereva 发表于 2020-4-13 10:21
纯属巧合罢了。
当前体系有高对称性,优化前别忘了先用gview做对称化,否则耗时又高又难收敛

首先非常感谢sob老师的答复。其次,我在读了sob老师的“帮助几何优化收敛的常用方法”一文中,采用了opt=recalc=5,结果正常结束,而且计算时间大大缩短,最后我想问一下老师,高对称体系如何用gview做对称化呢?

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发表于 Post on 2020-4-13 11:47:45 | 只看该作者 Only view this author

高精度算法(CBS-QB3)输出文件中找哪项是用来计算电子亲和能的问题

老师好,计算新人,想用高精度CBS-QB3方法计算电子亲合能,但实在搞不清楚输出文件中取哪一项的值来计算?是输出文件最下边的CBS-QB3 Energy 还是HF ?恳请老师指教。感谢老师

Y_~E2[0HNNP6ZJL0W1`QAGM.png (58.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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%~HG$$SQWDG0}W`ILA}`(T2.png (46.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-13 13:06:55 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-4-13 11:47
老师好,计算新人,想用高精度CBS-QB3方法计算电子亲合能,但实在搞不清楚输出文件中取哪一项的值来计算? ...

看清楚板块再发帖,求助帖不要发到公社大厅里去,下次将扣分处理

CBS-Q和CBS-QB3完全是两码事,前者精度明显不及后者,虽然Gaussian里写CBS-Q也会给你做CBS-QB3计算,但写关键词绝对不要偷这个懒,会引起严重歧义。

假设你算绝热电子亲和能,由于你要用的是U(0),所以取CBS-QB3 (0 K)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-13 13:08:19 | 只看该作者 Only view this author
fdy哈哈哈 发表于 2020-4-13 11:28
首先非常感谢sob老师的答复。其次,我在读了sob老师的“帮助几何优化收敛的常用方法”一文中,采用了opt= ...

gview里point group工具
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-4-13 15:05:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-13 13:08
gview里point group工具

嗯嗯,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-4-13 17:31:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-13 13:06
看清楚板块再发帖,求助帖不要发到公社大厅里去,下次将扣分处理

CBS-Q和CBS-QB3完全是两码事,前者精 ...

感谢老师,下次一定注意。老师,那高精度的算法,可以算垂直电子亲合能吗?高精度本身就带优化了,如果想算垂直电子亲合能的话,怎样才能做到只优化中性结构而不优化阴离子结构呢?(不知道表达的对不对,希望老师别嫌弃我)再次感谢老师

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发表于 Post on 2020-4-13 18:07:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-13 10:08
没法确切地说“总包反应能垒”,只能说决速步对应的能垒,看
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
ht ...

谢谢Sob老师的指点!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-15 00:22:07 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-4-13 17:31
感谢老师,下次一定注意。老师,那高精度的算法,可以算垂直电子亲合能吗?高精度本身就带优化了,如果想 ...

那不叫“高精度的算法”,那叫“目的是用来算高精度热力学数据的热力学组合算法”

对于G16,写比如CBS-QB3=SP就要求不做opt和freq步骤
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发表于 Post on 2020-4-15 20:47:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-15 00:22
那不叫“高精度的算法”,那叫“目的是用来算高精度热力学数据的热力学组合算法”

对于G16,写比如CBS ...

感谢老师的耐心解答

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发表于 Post on 2020-4-15 21:20:33 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问有没有具体讲RDG函数的文献可以推荐的

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发表于 Post on 2020-4-15 23:05:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好, 您说NH自由基是应该有2个非键轨道吗?(如图) 如果NH自由基有两个非键轨道,那么理论上是不是N在得到或者失去电子的初始阶段都是发生在非键轨道上,那么N-H之间键的长度和强度这时候应该不变的,我这么理解对吗?

123.tif

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发表于 Post on 2020-4-16 16:57:38 | 只看该作者 Only view this author

在PBE泛函中定义长程范德华力的问题

最近阅读了一篇NRR计算的文献( M. Riyaz, N. Goel, Single-Atom Catalysis Using Chromium Embedded in Divacant Graphene for Conversion of Dinitrogen to Ammonia, Chemphyschem, 20 (2019) 1954-1959.
)里面有提到在G09A中使用PBE泛函时定义长程范德华力的问题(已在截图中用黄色标出),但是查找了一下相关的资料,没有找到文中对应的操作。想请教一下大神们是怎么实现的。文献主要讲了单原子氮掺杂石墨烯在NRR中相应的计算。

1.PNG (67.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 18:25:45 | 只看该作者 Only view this author
晨晨的快乐小窝 发表于 2020-4-16 16:57
最近阅读了一篇NRR计算的文献( M. Riyaz, N. Goel, Single-Atom Catalysis Using Chromium Embedded in Di ...

仔细看
DFT-D色散校正的使用
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 18:26:26 | 只看该作者 Only view this author
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-15 21:20
Sob老师,请问有没有具体讲RDG函数的文献可以推荐的

此文讲得很清楚
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

Multiwfn原文JCC, 33, 580 (2012)也有讲述
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-16 18:29:22 | 只看该作者 Only view this author
329678001 发表于 2020-4-15 23:05
sob老师您好, 您说NH自由基是应该有2个非键轨道吗?(如图) 如果NH自由基有两个非键轨道,那么理论上是不 ...

你先确认NH基态到底是单重态还是三重态,然后用量化程序算完了看分子轨道图是怎么分布的
就算得失电子过程不直接牵扯N-H成键轨道,也不可能N-H键的长度和强度不变,毕竟还有轨道弛豫、电子相关效应,都会影响N-H长度
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