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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-4-30 15:04:49 | 只看该作者 Only view this author
请问一下老师,
1. TDDFT计算激发态中特定断裂键的能量是读取输出文件的哪个部分呢?因为我按照基态的方法去统计数据发现有的能垒很低但是吸热量很大。
2 .另外,我看到文献中激发态断键直接写的是断裂各键的reaction energy,来判断断键的难易,没有过渡态的能量的计算,这是什么原因呢
谢谢老师

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发表于 Post on 2020-4-30 16:47:33 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,
   请问,我有两个分子a和b,结构非常相似,但是a更容易被氧化,属于自发反应,Chemdraw3D计算的氧化产物能量大于反应物,b在同样条件下不会发生氧化反应,我想用量化计算来说明a和b反应性的区别,不知道该用自由能、单点能?还是反应能垒去说明?还望大家可以指导一点!
   谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-4-30 17:29:52 | 只看该作者 Only view this author
请问老师一个关于多参考特征诊断的问题,对于SCF级别方法有明显对称性破缺态的情况,比如臭氧,用CCSD做T1诊断的时候HF部分的参考态应该就是RHF的态呢,还是对称性破缺的态?谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-1 03:01:10 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-30 17:29
请问老师一个关于多参考特征诊断的问题,对于SCF级别方法有明显对称性破缺态的情况,比如臭氧,用CCSD做T1 ...

用RHF参考态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-1 03:04:00 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-4-30 16:47
各位老师好,
   请问,我有两个分子a和b,结构非常相似,但是a更容易被氧化,属于自发反应,Chemdraw3D计 ...

如果已经明确知道另一个反应物是什么,最严格的做法就是计算反应势垒来说明,参考
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html

如果不好算,单纯用反应物自身特征来说事,可以算算全局/局部软度、平均局部离子化能,反应位点的原子电荷等等试图说明,这些东西在下文里都有涉及
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-1 03:05:15 | 只看该作者 Only view this author
白雪少年 发表于 2020-4-30 15:04
请问一下老师,
1. TDDFT计算激发态中特定断裂键的能量是读取输出文件的哪个部分呢?因为我按照基态的方法 ...

我不知道具体指的什么样的断键过程,有个机理的示意图最好
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发表于 Post on 2020-5-1 07:09:12 | 只看该作者 Only view this author

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-5-1 08:37:21 | 只看该作者 Only view this author
求助卢老师,请问非晶态的金属团簇如何构建?
晶态的我知道可以用MS带的晶体库或一些网站查找相关数据,非晶态就不知道乍办了,求卢老师解答~希望卢老师能够多花一两分钟说得详细一些,肯定比我这个小白花几个月摸索方法更准确更高效

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-1 08:52:49 | 只看该作者 Only view this author
喝了假咖啡 发表于 2020-5-1 08:37
求助卢老师,请问非晶态的金属团簇如何构建?
晶态的我知道可以用MS带的晶体库或一些网站查找相关数据,非 ...

这个问题和量化没什么关系,请到第一性原理板块发帖询问
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发表于 Post on 2020-5-1 08:55:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-1 03:04
如果已经明确知道另一个反应物是什么,最严格的做法就是计算反应势垒来说明,参考
谈谈如何通过势垒判断 ...

     感谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-5-5 08:55:00 | 只看该作者 Only view this author

已经算过单点能,怎么进行BSSE矫正

敝人使用较高精度基组计算含氢键小分子。已经完成了许多基组的单点能,看文献发现需要BSSE矫正。看的大部分教程都是在算单点的同时进行BSSE矫正。请问有什么办法只进行BSSE矫正吗?不然会浪费太多时间。谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 09:26:46 | 只看该作者 Only view this author
lawsai47 发表于 2020-5-5 08:55
敝人使用较高精度基组计算含氢键小分子。已经完成了许多基组的单点能,看文献发现需要BSSE矫正。看的大部分 ...

你完全没有理解什么叫BSSE以及怎么通过counterpoise方法考虑BSSE问题
仔细看此文
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

做counterpoise方式的BSSE校正本来就是需要算多个单点任务
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发表于 Post on 2020-5-5 09:41:53 | 只看该作者 Only view this author

计算不同温度下的生成焓【求助】

请教老师,用热力学组合方法。计算不同温度下的生成焓,是不是加上temperature 命令就可以了,比如# w1ro temperature =500.0

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发表于 Post on 2020-5-5 09:44:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-5 09:26
你完全没有理解什么叫BSSE以及怎么通过counterpoise方法考虑BSSE问题
仔细看此文
谈谈BSSE校正与Gaussi ...

谢谢老师回复。我又去看了几遍
所以:做BBSE必须重新计算单点,之前只算单点的是没用了。
我这样理解对不对啊

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发表于 Post on 2020-5-5 11:13:45 | 只看该作者 Only view this author
lawsai47 发表于 2020-5-5 09:44
谢谢老师回复。我又去看了几遍
所以:做BBSE必须重新计算单点,之前只算单点的是没用了。
我这样理解对 ...

要是精度要求不是特别高,gCP也行...

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