简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

GOmathchem

请教predict IR/Raman问题
为什么预测红外时，如果结构不优化好，出现了虚频，程序就会报错，无法预测红外呢？

hebrewsnabla

小李子赛 发表于 2020-4-27 10:30
老师，我想问一下guess=read这个关键词怎么用呢，高斯版本为09C01，之前在帖子里看到过cp ts.chk ts-irc.ch ...

你得具体说明怎么个“不行”

小李子赛

hebrewsnabla 发表于 2020-4-27 18:44
你得具体说明怎么个“不行”

您好，我在算IRC的时候加入guess=read关键词，哪里写得不对吗？请您帮忙看看哪里的问题，试过 cp chk=TS3-BMK-TZVPP.chk  chk=TS3-BMK-TZVPP-IRC.chk  %chk=TS3-BMK-TZVPP-IRC.chk 也是如下的报错原因。
%nprocshared=16
%chk=TS3-BMK-TZVPP.chk
%mem=12000MB
#p BMK/def2TZVPP irc=(rcfc,LQA) geom=check guess=read int=ultrafine

Title Card Required

0 2




5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
7/10=1,25=1/1,2,3,16;
1/6=400,14=-1,18=10,22=1,42=400,44=3,45=2/23(-8);
2/29=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
7/9=1,25=1,44=-1/16;
99/5=20,9=1/99;
Leave Link    1 at Mon Apr 27 20:20:48 2020, MaxMem= 1572864000 cpu:       0.8
(Enter /public/software/gaussian/G09-C01/g09/l101.exe)
-------------------
Title Card Required
-------------------
Structure from the checkpoint file:  TS3-BMK-TZVPP.chk
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140737268441712


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    14 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =      596480 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        598        989        991        992        993
Base        180224      43520      72192      76800      44544      65536      65024      43008
End         596480      44520      76297      76802      64544      72098      65033      43208
End1        596480      44544      76800      77312      65024      72192      65536      43520
Wr Pntr     180224      43520      72296      76800      44544      65536      65024      43008
Rd Pntr     180224      43520      72192      76800      44544      72098      65033      43208
Length      416256       1000       4105          2      20000       6562          9        200

Number         994        995        996        997        998        999
Base         40448      42496      41472      41984      40960      77312
End          40478      42516      41672      42058      41160     179816
End1         40960      43008      41984      42496      41472     180224
Wr Pntr      40448      42496      41472      41984      40960      77312
Rd Pntr      40478      42516      41672      42055      41160      79816
Length          30         20        200         74        200     102504


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number           0
Base         40448
End          65536
End1         65536
Wr Pntr      40448
Rd Pntr      40448
Length       25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

hebrewsnabla

小李子赛 发表于 2020-4-27 19:06
您好，我在算IRC的时候加入guess=read关键词，哪里写得不对吗？请您帮忙看看哪里的问题，试过 cp chk=TS3 ...

报错的字面意思：当前目录下不存在TS3-BMK-TZVPP.chk

你自己检查一下。不行的话，改成绝对路径。

另外，如这个帖子（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 29&fromuid=5840）中说的，也可能是其他诡异原因导致的报错，比如自旋多重度不对。

Stefinetaipei

大家好，我最近在计算一个配合物的相互作用能时，首先计算了整个配合物的能量（直接通过OPT后读取的电子的能量），这一步成功了。（这一步中配体的构象是我根据与金属离子作用猜想出来的，且优化之后构象基本不变）
不过当我单独计算那个配体的能量时（以第一步中优化出来的结构为初猜，通过OPT后读取电子能量），优化之后的构象较之在配合物中的构象发生了明显变化，能量也不一样了（这个新的结构变化太大）；
所以想请教一下大家，出现这种情况，是不是意味着这种 这种计算方法已经不合理了？（因为 优化后 纯配体的构象 和 配合物中 配体的构象完全不同？）

sobereva

GOmathchem 发表于 2020-4-27 15:09
请教predict IR/Raman问题
为什么预测红外时，如果结构不优化好，出现了虚频，程序就会报错，无法预测红外 ...

问题问得莫名其妙，起码说清楚是什么程序、具体怎么操作的

从原理上说，有虚频说明体系不在极小点，至多只能算是瞬间存在，原理上就不可能测到红外谱

sobereva

Stefinetaipei 发表于 2020-4-27 22:48
大家好，我最近在计算一个配合物的相互作用能时，首先计算了整个配合物的能量（直接通过OPT后读取的电子的 ...

没有什么新鲜的。配体在配合物中电子结构和孤立状态下不同，而且还与其它配体原子有相互作用，构象变化大（尤其是对于柔性配体来说）没有什么异常。如果还心存疑虑，把截图发出来。

Stefinetaipei

sobereva 发表于 2020-4-28 07:51
没有什么新鲜的。配体在配合物中电子结构和孤立状态下不同，而且还与其它配体原子有相互作用，构象变化大 ...

谢谢sob老师，我明白了，目前这个问题还不算太大，还有一些基组选择的问题，结合您的一些贴子和一些对应文献尝试计算。

生煎包子

1.化合物是主要包括C H O N S 五种元素，例如丙烯酰胺/肉桂醛等，先结构优化再得出它的homo和lumo值
2.尝试了两种程序：#RB3LYP/6-311G(d)//B3LYP/6-31G(d) Test
                            #p opt freq b3lyp/6-31g(d)
问题：1.是否需要加弥散函数？
          2.第一个程序选择了两种基组，但是用gaussview打开calculation setup的method时为何只有一个基组？
          3. 结构优化与计算homo lumo 是否需要分开计算？

是非常新非常新的新手，希望有大神能稍微指点一下下，跪谢！

liyuanhe211

这不叫“两种程序”，高斯里叫计算路径。
test关键词无用，不知道什么意思的关键词一概不要写

1. 通常不需要。把这里http://sobereva.com/355提到要看的博文都看了。
2. (1)弄懂双斜线是什么意思 RB3LYP/6-311G(d)//B3LYP/6-31G(d) <=> opt (freq) B3LYP/6-31G(d); then B3LYP/6-311G(d) (SP)
(2) 脱离GaussView产生关键词，否则脱离不了“非常非常新的新手”阶段，GaussView只用于建模
3. 通常不需要。把这里http://sobereva.com/355提到要看的博文都看了。

qcn1211

请问分子做构效搜索和优化后，如何判定哪些构象存在分子内或分子间氢键？

sobereva

qcn1211 发表于 2020-4-29 23:40
请问分子做构效搜索和优化后，如何判定哪些构象存在分子内或分子间氢键？

用Multiwfn做个RDG或IGM分析一目了然，仔细看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

下文都使用了这种方法做了分析
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

sobereva

生煎包子 发表于 2020-4-29 16:35
1.化合物是主要包括C H O N S 五种元素，例如丙烯酰胺/肉桂醛等，先结构优化再得出它的homo和lumo值
2.尝 ...

看10895L的回复

过于初级的问题直接在简单问题答疑专贴里通过回复方式提问

qcn1211

sobereva 发表于 2020-4-30 07:01
用Multiwfn做个RDG或IGM分析一目了然，仔细看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobe ...

谢谢社长的解答

生煎包子

liyuanhe211 发表于 2020-4-29 22:03
这不叫“两种程序”，高斯里叫计算路径。
test关键词无用，不知道什么意思的关键词一概不要写

非常感谢！！！