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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 12:26:19 | 只看该作者 Only view this author
lawsai47 发表于 2020-5-5 09:44
谢谢老师回复。我又去看了几遍
所以:做BBSE必须重新计算单点,之前只算单点的是没用了。
我这样理解对 ...

是BSSE不是BBSE
“做BSSE”语义不明。一定要搞清楚,BSSE是一种效应/问题,而不是一种任务类型。解决BSSE问题有不同的做法,诸如counterpoise、gCP。再反复阅读、认真理解我的博文,明显没有充分领会

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-5 12:27:00 | 只看该作者 Only view this author
landovie 发表于 2020-5-5 09:41
请教老师,用热力学组合方法。计算不同温度下的生成焓,是不是加上temperature 命令就可以了,比如# w1ro t ...

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发表于 Post on 2020-5-5 22:54:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-1 03:04
如果已经明确知道另一个反应物是什么,最严格的做法就是计算反应势垒来说明,参考
谈谈如何通过势垒判断 ...

老师好!
      不好意思,作为一个菜鸟,对Gaussian的基础特别不好,有幸知道了这个论坛!有些简单问题想请教!
      我在计算反应势垒,论坛相关的帖子我看了很多,但是一知半解。
      我的反应物明确知道是什么,想利用opt=TS搜索过渡态,然后求反应势垒,但是由于我的反应物具有一个脂肪链的柔性结构,具有多个构象。
1. 在计算反应物的自由能时,对分子进行优化,是不是都得考虑布尔兹曼分布?对自由能进行权重加和?
2. 不知道过渡态是否也要考虑具有多个构象的问题?不知道怎么处理
      谢谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 08:47:35 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-5-5 22:54
老师好!
      不好意思,作为一个菜鸟,对Gaussian的基础特别不好,有幸知道了这个论坛!有些简单问题 ...

烃链的构象变化对能量影响很小,而且你的反应也不直接涉及到烃链,这不是什么关键问题。当然,如果烃链不很长,构象搜索没压力的话,可以把先对反应物做个构象搜索,基于最稳定的构象去找过渡态。
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发表于 Post on 2020-5-6 09:42:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-6 08:47
烃链的构象变化对能量影响很小,而且你的反应也不直接涉及到烃链,这不是什么关键问题。当然,如果烃链不 ...


      谢谢sob老师!对反应物我之前做了构象搜索,但是有前4个构象的布尔兹曼分布都很接近20%,烃链的弯曲度有明显的区别,是不是这个对过渡态的影响就不大了?我直接拿前几个构象某一个去搜索过渡态就行?

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发表于 Post on 2020-5-6 10:51:17 | 只看该作者 Only view this author

考虑溶剂时的焓值读取

考虑溶剂时的焓值,是不是用opt freq任务输出的thermal correction to enthalpy的值加上考虑溶剂时最后一个SCF done(HF)的值?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 11:05:49 | 只看该作者 Only view this author
刘照贺 发表于 2020-5-6 10:51
考虑溶剂时的焓值,是不是用opt freq任务输出的thermal correction to enthalpy的值加上考虑溶剂时最后一个 ...

这么算没明显问题
不要用“SCF done(HF)”这种形容,看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html

通常电子能量都在比opt freq更高级别下计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 11:18:16 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-5-6 09:42
谢谢sob老师!对反应物我之前做了构象搜索,但是有前4个构象的布尔兹曼分布都很接近20%,烃链的 ...

如果有差异的这部分结构与你的反应位点离得较远,就不用管
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发表于 Post on 2020-5-6 11:49:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-6 11:18
如果有差异的这部分结构与你的反应位点离得较远,就不用管

    谢谢sob老师!

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发表于 Post on 2020-5-6 13:49:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-6 11:05
这么算没明显问题
不要用“SCF done(HF)”这种形容,看
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子 ...

明白了,老师。谢谢您。

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发表于 Post on 2020-5-6 16:03:23 | 只看该作者 Only view this author

【求助】高斯计算时压力设定

求教老师,我看到标准摩尔生成焓的压力是100kPa,高斯默认计算是1atm,想问下老师这个对焓值有影响吗,看您的《谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响》里说,“影响的仅仅是热力学数据中的热力学校正量部分中的平动熵部分”,是不是指压力改变对U、H没有影响,对S有影响从而对G有影响

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-6 17:00:16 | 只看该作者 Only view this author
landovie 发表于 2020-5-6 16:03
求教老师,我看到标准摩尔生成焓的压力是100kPa,高斯默认计算是1atm,想问下老师这个对焓值有影响吗,看您 ...

以后发帖时不要用自己添加诸如【求助】的标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html这里明确说了,仔细再阅读一遍。

这点差异可忽略不计

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发表于 Post on 2020-5-7 18:47:02 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我跑完IRC后的曲线比较奇怪,有平缓段,之前已经做过TS,都没有问题。输入文件是rb3lyp/6-311g(d,p) IRC=calcall

这是因为我的步数不够嘛?应该怎么修改呢?

WechatIMG261.jpeg (974.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 21:18:06 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-5-7 18:47
老师好,我跑完IRC后的曲线比较奇怪,有平缓段,之前已经做过TS,都没有问题。输入文件是rb3lyp/6-311g(d,p ...

没什么奇怪的,只不过逆向势垒极低罢了
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发表于 Post on 2020-5-8 11:56:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-7 21:18
没什么奇怪的,只不过逆向势垒极低罢了

恩恩我算的是一个分解反应在不同溶剂下的自由能垒,然后发现他的分解能垒是负数了即反应物自由能大于过渡态自由能,是存在势井?这样的话我怎么判断不同溶剂下的反应发生的难易性呢?是负值绝对值越大,反应越容易发生?刚接触计算化学,感谢老师解答小白问题😂

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