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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2020-5-8 12:26:03 | 只看该作者 Only view this author

能垒计算

有甲醛计算能垒的文献数据吗,写论文想要跟自己的计算数据进行比对,但是一直找不到相关文献

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发表于 Post on 2020-5-8 13:33:58 | 只看该作者 Only view this author
请先阅读: 在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=19288

首先要把问题说清楚。“甲醛计算能垒”是什么反应的能垒?

其次要善于使用谷歌和谷歌学术,恰当搜索不可能找不到,找不到说明你的反应没有人算过。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-8 13:59:59 | 只看该作者 Only view this author
baiju 发表于 2020-5-8 12:26
有甲醛计算能垒的文献数据吗,写论文想要跟自己的计算数据进行比对,但是一直找不到相关文献

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。你用的原标题“能垒计算”严重违规,以后务必注意,下次将扣分处理

仔细看10932L的回复。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-8 14:08:06 | 只看该作者 Only view this author
minami 发表于 2020-5-8 11:56
恩恩我算的是一个分解反应在不同溶剂下的自由能垒,然后发现他的分解能垒是负数了即反应物自由能大于过渡 ...

这种情况属于没有过渡态
但如果计算方式不对、计算级别或者计算模型不合理的话,本来有势垒的情况可能也会被误算出无势垒
如果现实中这个物质能稳定存在,不可能没有自由能垒
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发表于 Post on 2020-5-8 15:36:38 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,在高斯里面如果直接用0 3计算三重态的话,那怎么看三重态的跃迁呢 从哪个轨道到哪个轨道呀

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-9 10:02:55 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-5-8 15:36
Sob老师,在高斯里面如果直接用0 3计算三重态的话,那怎么看三重态的跃迁呢 从哪个轨道到哪个轨道呀

这属于delta-SCF方式算激发态,没法看轨道跃迁(而且原理上也不能),这是相对于TD=triplet的一个劣势。但你可以通过用Multiwfn绘制密度差图来估计电子是怎么跃迁的。
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发表于 Post on 2020-5-9 14:40:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-9 10:02
这属于delta-SCF方式算激发态,没法看轨道跃迁(而且原理上也不能),这是相对于TD=triplet的一个劣势。 ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2020-5-10 22:48:24 | 只看该作者 Only view this author
请教一下Gaussian的Freq任务,加了IOp(7/33=1)来输出更多freq信息的时候,输出文件里有Hessian after L701和Hessian after L703这两个字段,后面的Hessian区别是什么呢?谢谢各位老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-11 14:26:31 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-5-10 22:48
请教一下Gaussian的Freq任务,加了IOp(7/33=1)来输出更多freq信息的时候,输出文件里有Hessian after L701 ...

按照link模块的功能,我推测前者是只考虑了单电子积分贡献时候的Hessian,没什么意义;后者是也考虑了双电子积分时候的Hessian,这是有实际意义的
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发表于 Post on 2020-5-11 14:59:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-11 14:26
按照link模块的功能,我推测前者是只考虑了单电子积分贡献时候的Hessian,没什么意义;后者是也考虑了双 ...

了解了,谢谢老师!!

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发表于 Post on 2020-5-11 19:58:25 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我做一个有U原子体系的轨道分析,但是我做出来的结果感觉不太对呢,U和附近的原子都是非键轨道,按说不应该啊。我体系中U采用的是SDD基组,我想问请教一下,是不是我的基组使用有问题,还有没有更大的基组呢

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发表于 Post on 2020-5-12 10:52:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2020-5-12 20:06 编辑

老师,高斯求Gibbs free energy=E+ZPE-TS+delta H (从0K至T的焓变)。我在阅读文献时发现,不同paper的Method部分计算delta H的表述有很多种,比如delta H=H(T)-H(0); or delta H=PV(是不是忽略了delta U呀; or delta H= ∫CpdT; or  delta H= ∫CvdT (这不是delta U吗)请问CP和CV是指的定压热容和定容热容吗?二者是不一样的吧。请老师指点指点

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发表于 Post on 2020-5-12 13:11:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘小英雄steven 于 2020-5-12 13:26 编辑

老师好,关于静电势ESP和电子定域化函数ELF的问题需要请教您。我发现二维碳材料的缺陷位置ESP值较小,这样似乎说明该区域静电势由电子主导,更加容易吸引亲电气体CO2(电荷分析发现CO2吸附后呈负电荷)。但是随后的ELF分析发现,缺陷区域ELF值很小,这是否说明缺陷位置电子密度较小,这与ESP分析结论是否矛盾而且这样似乎不利于向CO2传递电子。我想,可否在文章这么解释:缺陷区域电子束缚力小,虽然电子密度小,但是向气体输出电子的能力高(相比无缺陷位置


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发表于 Post on 2020-5-12 23:09:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanz 于 2020-5-12 23:13 编辑

      老师好!我在计算反应势垒,按照论坛内的方法利用Gaussian中b3lyp/6-31g*进行几何优化以及过渡态搜索IRC等,用ORCA “RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-TZVPP” 来计算单点能,确实速度很快!但是由于辅助机组,和Gaussian计算的单点能肯定有差异。
       我了解到一般简单的算法是用单点能加上Thermal correction to Gibbs Free Energy,但是ORCA和Gaussian是两个软件,ORCA算出来的 FINAL SINGLE POINT ENERGY 是直接用来计算反应势垒吗?还是加上Gaussian中freq算出来的correction?我单独用单点能结果算出来的势垒是负值,加上correction是正的了......还望老师可以指点迷津!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-13 06:17:13 | 只看该作者 Only view this author
Hanz 发表于 2020-5-12 23:09
老师好!我在计算反应势垒,按照论坛内的方法利用Gaussian中b3lyp/6-31g*进行几何优化以及过渡态搜索 ...

显然得加上Gaussian算的自由能热校正量,讨论势垒用自由能讨论才严格
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