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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 03:21:40 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-7-28 17:04
Sob老师,对于有机小分子来说,由于np态跃迁禁阻,那么荧光/磷光的发射态是否一定是pp态呢?如果S1是np态, ...

这和量化没直接关系,单独发个帖子吧
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-29 03:22:55 | 只看该作者 Only view this author
junjiqiangzhe 发表于 2020-7-28 20:07
想请教个问题,我想搜索两种分子组成的二聚体(柔性分子,二聚体原子数是47个),用genmer初猜100个结构, ...

1 可以,这非常正当
2 也许可以,看看相对于最低那个构型的能量差,很高的可以忽略
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发表于 Post on 2020-7-29 07:00:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-29 03:22
1 可以,这非常正当
2 也许可以,看看相对于最低那个构型的能量差,很高的可以忽略

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-7-29 08:44:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-26 01:31
很长的输入文件别直接贴,应当上传附件方式提供。
mem前头加上%,否则不生效
绝对不要用HF,毫无实际意 ...

好的老师。不过我现在优化是PDB数据库中的蛋白,只优化氢原子,重原子不优化。这样的话,HF有没有些意义?

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发表于 Post on 2020-7-29 10:47:30 | 只看该作者 Only view this author
如图所示,此图为一次计算化学课的有关量子化学计算方法计算成本标度的总结。有以下问题请教大家。(1)传统DFT的时间标度为o(N^3),CCSD(T)的标度为o(N^7)。但是第一个也是DFT,时间标度却为线性标度,原文中只是标注用于大体系材料,并没有细讲为什么会是线性标度?为什么同样是DFT,有的是N标度有的是N^3标度?

(2)接上问,从时间成本标度表看出DFT应该是一种性价比很高的方法,即用不算太贵的时间成本可以取得大概MP2级别的计算精度,所以从这个角度说这是DFT用于材料设计,计算化学领域非常受欢迎的主要原因么?
希望得到大佬解答,谢谢。

计算成本标度.png (51.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

计算成本标度.png

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发表于 Post on 2020-7-30 00:17:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2020-7-30 00:19 编辑

老师,您好
做搜索构象变化的过渡态,通过二面角柔性扫描,有能量陡降,这个怎么解释?
并且用能量最高点作为过渡态结构初猜,没有搜到过渡态,是不是图中C-C键旋转不存在过渡态,还是过渡态搜索的方法不对?

TIM图片20200730000958.png (43.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-30 03:12:49 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-7-30 00:17
老师,您好
做搜索构象变化的过渡态,通过二面角柔性扫描,有能量陡降,这个怎么解释?
并且用能量最高点 ...

太抽象。上传压缩后的输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-30 03:16:24 | 只看该作者 Only view this author
successjiang 发表于 2020-7-29 10:47
如图所示,此图为一次计算化学课的有关量子化学计算方法计算成本标度的总结。有以下问题请教大家。(1)传 ...

1 这种说法不实。N^3只是对于纯泛函而言。杂化泛函如果不用RIJCOSX,标度是N^4
DFT标度写成N纯粹是瞎写,除非作者用特殊的线性标度方法,比如分块计算的那种,但此类方法有非常多局限性,所以用的人很少,绝大多数主流程序也不直接支持

2 不是“大概MP2级别的计算精度”,而是在泛函选取得当的情况下,精度吊打MP2,仔细看此文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-30 03:17:22 | 只看该作者 Only view this author
lym563557413 发表于 2020-7-29 08:44
好的老师。不过我现在优化是PDB数据库中的蛋白,只优化氢原子,重原子不优化。这样的话,HF有没有些意义 ...

完全没有任何理由用HF
图便宜还不如用ORCA开RI做纯泛函计算,比HF还便宜得多得多,而精度显著高于HF
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发表于 Post on 2020-7-30 09:33:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-30 03:12
太抽象。上传压缩后的输出文件

老师,您好附件包含柔性扫描的输出文件
此外,又尝试PM6用QST2方法搜索过渡态,也未搜索到构象变化的过渡态,

files.rar

1.06 MB, 下载次数 Times of downloads: 1

终日寻春不见春
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发表于 Post on 2020-7-30 15:12:43 | 只看该作者 Only view this author
3、        将导出的文件内容修改为以下格式,稳定性检测
%chk=C.chk     #输出的chk文件,等号后可加绝对路径。
%nprocshared=28   #计算所用核数
%mem=80GB   #计算所用内存
#p b3lyp/6-311g** stable=opt  EmpiricalDispersion=GD3BJ #关键词
楼主好,我想问一下这一步怎么操作,你之前说用文字编辑器,能不能具体说一下,我刚接触这个软件,老师也不给教程啥的,我真的是小白,谢谢楼主了

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发表于 Post on 2020-7-30 20:34:50 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好。
您的《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》-<4 计算自旋极化单重态的方法>和《CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算》-<2 CI波函数下的双自由基特征>里计算双自由基的分子轨道都是用uhf/6-31g(d)和ub3lyp/6-31g(d),而高斯的《Exploring chemistry ...》(第二版p230、234)对casscf前的波函数计算也是如此。我想问:1. 用这样低的理论水平有没有特别的意义?可不可以用更高的理论水平?2. 是否一定要在关键词里强调“非限制”(uhf和ub3lyp的u)?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-31 01:30:38 | 只看该作者 Only view this author
Magicte 发表于 2020-7-30 15:12
3、        将导出的文件内容修改为以下格式,稳定性检测
%chk=C.chk     #输出的chk文件,等号后可加绝对路径。
...

google什么叫文本编辑器
或者随便问一个稍微有计算机基本常识的同学
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-31 01:31:59 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2020-7-30 20:34
sob老师您好。
您的《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》-和《CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计 ...

1 显然可以用更高级基组。对于博文里的情形,6-31G*就已经足够给出定性正确的结果了

2 《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》里说了,DFT算单重态双自由基体系必须用UKS形式
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欢乐多 发表于 2020-7-30 09:33
老师,您好附件包含柔性扫描的输出文件
此外,又尝试PM6用QST2方法搜索过渡态,也未搜索到构象变化的过 ...

为什么突跃在此文里解释得非常清楚
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html

旁边乱七八糟基团导致势能面太复杂。要找扭转过渡态可以先把旁边的基团砍了,构造模型体系去找,找到后再把原先基团复原,并进一步优化过渡态
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