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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-4 03:21:07 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-8-3 22:16
sob老师,您好,我IRC计算的reverse方向感觉还没跑完整就结束了(只计算了几步),您在“在Gaussian中计算I ...

提升过渡态优化精度
加大步长上限
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-8-4 07:51:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-3 02:11
研究相互作用和HOMO毫无关系
应当检查的是相互作用能随n的收敛情况

老师,不好意思再问您一下,这里的相互作用能是指  1.聚合物和其他分子按一定相对位置优化后的能量吗?那这样的话,聚合物和其他分子的初始相对位置会影响相互作用能呀?
2. 还是说是聚合物不同n优化后的 SCF Done:  E(RB3LYP) =  -6174.20176667     A.U. after   17 cycles呢?
没理解好,又麻烦老师了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-4 08:39:40 | 只看该作者 Only view this author
乐嘻嘻嘻 发表于 2020-8-4 07:51
老师,不好意思再问您一下,这里的相互作用能是指  1.聚合物和其他分子按一定相对位置优化后的能量吗?那 ...

相互作用能显然是复合物与聚合物、分子的能量之差,而不是复合物自己的能量
相对位置显然会影响相互作用能的计算结果
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发表于 Post on 2020-8-4 15:38:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-4 03:21
提升过渡态优化精度
加大步长上限

老师您好,提高过渡态的精度我已经用了calcall关键词,而且增大步长上限stepsize=50都试过了,IRC的reverse方向还是走两步就正常结束怎么办?

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发表于 Post on 2020-8-8 11:36:00 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!
在计算分子的发光光谱时,我们可以通过调节FWHM参数来使得计算的光谱与实验值更为接近,比如,在计算B-N类型的多重共振分子时,我们需要把FWHM参数调到很小,在计算咔唑的发射光谱时,要把FWHM参数调到很大。我的疑问是,
1.我们在需要模拟计算一个全新的分子时,应该如何去设置FWHM参数?
2.对于计算光谱中的FWHM参数的设置有没有什么规律可循?
(如果没有的话,那岂不是计算的光谱可以根据我们的意愿调整成任意形状)

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发表于 Post on 2020-8-8 19:25:11 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!
请问如果事先把体系当成开壳层计算波函数,再用casscf算激发态,那么轨道序号该怎么写?比如alpha和beta电子各有两个占据轨道和两个空轨道,就是1ao、2ao、3au、4au、1bo、2bo、3bu、4bu,我想把二者的2、3轨道,共计两个电子纳入活性空间,cas括号里的轨道序号该怎么写呢?(软件是g09)

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发表于 Post on 2020-8-8 21:39:21 | 只看该作者 Only view this author
想请问下老师激发态中可不可能同时混合np*态和pp*态?因为之前在文献中看到过某个态同时有pp*和np*态性质,但是以前好像听导师说过np*和pp*由于对称性原因,不可能同时存在一个态中,有点懵圈,麻烦老师指教下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 04:10:51 | 只看该作者 Only view this author
函数与激情 发表于 2020-8-8 21:39
想请问下老师激发态中可不可能同时混合np*态和pp*态?因为之前在文献中看到过某个态同时有pp*和np*态性质, ...

可能同时存在,实际体系中通常没有那么严格的空间禁阻
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 04:12:13 | 只看该作者 Only view this author
Abner 发表于 2020-8-4 15:38
老师您好,提高过渡态的精度我已经用了calcall关键词,而且增大步长上限stepsize=50都试过了,IRC的rever ...

我对博文内容没有可补充的
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 04:35:04 | 只看该作者 Only view this author
狄拉克自带buff 发表于 2020-8-8 11:36
老师,您好!
在计算分子的发光光谱时,我们可以通过调节FWHM参数来使得计算的光谱与实验值更为接近,比如 ...

1 如果没有特征类似的分子的实验谱可以参照,就用默认值就完了
2 没。在适当范围内,形状是可以自行调
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 04:41:08 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2020-8-8 19:25
老师您好!
请问如果事先把体系当成开壳层计算波函数,再用casscf算激发态,那么轨道序号该怎么写?比如al ...

CASSCF计算是基于一套初猜轨道的,不可能把alpha和beta一起都当做初猜轨道。要么把alpha当初猜轨道,要么用UNO轨道当初猜轨道。UNO轨道在此文说了
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264http://bbs.keinsci.com/thread-322-1-1.html
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发表于 Post on 2020-8-9 10:08:56 | 只看该作者 Only view this author
想请教老师们,
我用dmol3模块对一个分子筛团簇结构进行优化,优化收敛,但是频率分析有非常多的虚频,这些虚频中有很多对应的都是外围的已经固定坐标的原子的震动,这该怎么消除虚频呢?
谢谢各位老师

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发表于 Post on 2020-8-9 15:52:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 终_焉 于 2020-8-9 15:59 编辑

sob老师,在稀盐酸中,不同质子源(H+、H3O+,HCl)得到的质子化过程ΔG差异非常大(-150、-130、-10 kcal/mol),这种时候怎么考察反应的能变比较合理?有没有折中的办法能够将几种不同的质子源都考虑进来?

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11504#
发表于 Post on 2020-8-9 16:12:37 | 只看该作者 Only view this author

我做F原子震动分析用明尼苏达泛函一直报错,求帮看关键词

本帖最后由 唯心 于 2020-8-9 16:20 编辑


上传了输入文件,麻烦大佬

OPT FREQ F.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-9 18:24:17 | 只看该作者 Only view this author
唯心 发表于 2020-8-9 16:12
上传了输入文件,麻烦大佬

M06-2X没法用BJ阻尼,仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

贴图方式严重错误,别人看不到,仔细看置顶的新社员必读贴里关于怎么正确发图
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