计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11446#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-27 04:36:32 | 只看该作者 Only view this author
ljk 发表于 2020-7-27 00:03
我的电脑16GB 6核12线程
INPUT:
%mem=200MW

“Windows版本gaussian09只能设置200mw内存”这是严重的误解。要分清楚32bit和64bit,认真看此文
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11447#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-27 04:39:26 | 只看该作者 Only view this author
xiaobchine 发表于 2020-7-26 23:06
这是输入文件:
%nprocshared=16
%chk=I-anion.chk

一个原子根本没有可以被优化的变量,显然会报错,这是最基本常识

此问题你分成两步做更是完全莫名其妙

阴离子算能量必须带弥散函数,因此你当前的计算根本没有实际意义,仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11448#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-27 04:40:45 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-26 23:51
请问老师,平时做高斯计算,可以一次写很多个gjf文件,将文件名写到一个bat文件里,例如:
g16 1.gjf
g16 ...

当然得cd进入相应目录下再运行xtb

参考此文脚本里的folder_runall.sh
使用Gaussian时的几个实用脚本和命令
http://sobereva.com/258http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11449#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-27 04:42:34 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2020-7-27 01:11
老师,您好,附件是一个分子的两个构象(1与2),1与2构象互变(8-10键旋转)的过程是否有过渡态?
1,htt ...

拿个便宜的级别比如PM7或PM6D3,做个二面角旋转的柔性扫描,其中如果出现了极大点,尝试当过渡态初猜,照常搜索过渡态。半经验这种便宜级别找到过渡态之后,再用其结构当初始结构,用DFT进一步优化得到更精确的TS
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

31

eV
积分
46

Level 2 能力者

11450#
发表于 Post on 2020-7-27 09:08:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-27 04:36
“Windows版本gaussian09只能设置200mw内存”这是严重的误解。要分清楚32bit和64bit,认真看此文
Gaussi ...

我按照链接所说,设置Default.Rou文件,它本是空白的,填写资源配置后,就报错,

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

11451#
发表于 Post on 2020-7-27 10:05:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-27 04:40
当然得cd进入相应目录下再运行xtb

参考此文脚本里的folder_runall.sh

谢谢老师,平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个xtb任务,我将批量提交的脚本改成:
#!/bin/bash
shopt -s nullglob
for i in `ls -F |grep /`
do
cd $i
for inf in *.xyz
do
echo Running ${inf} ...
time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight
echo ${inf} has finished
echo
done
cd ..
done
还是不能运行,请问老师是不是哪里改错了,谢谢老师!!!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11452#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-28 05:37:13 | 只看该作者 Only view this author
ljk 发表于 2020-7-27 09:08
我按照链接所说,设置Default.Rou文件,它本是空白的,填写资源配置后,就报错,

明显是你填的内容不当
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

11453#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-28 05:38:41 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-27 10:05
谢谢老师,平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个x ...

我对远程提交的事不清楚。先确保脚本在单机上能正常运行
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

82

帖子

4

威望

2540

eV
积分
2702

Level 5 (御坂)

11454#
发表于 Post on 2020-7-28 06:15:11 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-7-27 10:05
谢谢老师,平时用nohup xtb 1.xyz --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > 1.out 2>&1 &提交单个x ...

脚本的计算命令跟平时用的命令顺序是一致的。
把这一行time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight
改成:
time xtb ${inf} --chrg 0 --uhf 0 --gfn 2 --ohess verytight > ${inf%.*}.out

另外for 循环之前可以考虑加环境变量如:
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=${OMP_NUM_THREADS}
ulimit -s unlimited
环境变量可以根据自己资源情况修改

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

11455#
发表于 Post on 2020-7-28 11:46:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-28 05:38
我对远程提交的事不清楚。先确保脚本在单机上能正常运行

谢谢老师!

559

帖子

0

威望

6210

eV
积分
6769

Level 6 (一方通行)

11456#
发表于 Post on 2020-7-28 11:48:15 | 只看该作者 Only view this author
winnerwill 发表于 2020-7-28 06:15
脚本的计算命令跟平时用的命令顺序是一致的。
把这一行time xtb < ${inf} > ${inf//xyz/out} --chrg 0 - ...

非常感谢,真的可以了!!!谢谢!!!

273

帖子

0

威望

4430

eV
积分
4703

Level 6 (一方通行)

11457#
发表于 Post on 2020-7-28 17:04:39 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,对于有机小分子来说,由于np态跃迁禁阻,那么荧光/磷光的发射态是否一定是pp态呢?如果S1是np态,S2是pp态,那么荧光一定是从pp态往下发射吗?

15

帖子

0

威望

31

eV
积分
46

Level 2 能力者

11458#
发表于 Post on 2020-7-28 17:34:23 | 只看该作者 Only view this author
如何给部分原子加弥散函数?

928

帖子

1

威望

8263

eV
积分
9211

Level 6 (一方通行)

11459#
发表于 Post on 2020-7-28 18:46:05 | 只看该作者 Only view this author
ljk 发表于 2020-7-28 17:34
如何给部分原子加弥散函数?

提问应当明确是何种软件。

如果说的是高斯,阅读 http://sobereva.com/60

14

帖子

0

威望

33

eV
积分
47

Level 2 能力者

11460#
发表于 Post on 2020-7-28 20:07:24 | 只看该作者 Only view this author
想请教个问题,我想搜索两种分子组成的二聚体(柔性分子,二聚体原子数是47个),用genmer初猜100个结构,用mopac的PM6-DH+初优化,isostat默认设置筛选后还有100个簇,由于计算条件不行,后面再用gaussian优化太吃力,我想从mopac优化的结构中选取能量最低的50个进行后续的优化。1.请问这样做合理吗?2.请问我这样的体系初猜数量是否还能再减少一些?新手,电脑还不好,请各位高人指点一下,非常感谢!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 05:41 , Processed in 0.214614 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list