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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-1 19:12:45 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-8-31 22:16
卢老师您好

1. 请问如果要衡量一个分子在不同溶剂状态下形成胶束的尺寸 可不可以在对应的不同溶剂条件 ...

1 这样不太适合。最好还是跑动力学,最有信服力
3  是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-1 19:15:27 | 只看该作者 Only view this author
ldatea 发表于 2020-9-1 01:32
请教老师,
1.片段收缩和广义收缩是分别是怎么定义的?
2.使用广义收缩主要为后HF节省计算量吗?

1 看Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017)的基组部分
2 看你是指相对于什么节约时间。可以说是相对于不做任何收缩(直接拿GTF当基函数用)更节约时间
3 Dunning基组是部分广义收缩,你看到的就是这种基组对于内核部分用了广义收缩,就是为相对于不收缩更节约时间

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发表于 Post on 2020-9-1 21:50:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-1 19:12
1 这样不太适合。最好还是跑动力学,最有信服力
3  是

谢谢卢老师 我之前用GAFF力场配合resp2电荷进行了在水溶液中的胶束的模拟 其他模拟参数都参考您培训中关于水-正辛醇互溶的那一步份的mdp设置的 但是我无论如何扩大分子个数(最大到5000多分子 并用了很大的水盒子,整个盒子加上水已经快50W原子,基本上已经接近了我能计算的极限) 在模拟中随着时间的变化这些分子都会聚集成为一个胶束 所以才想办法去用分析在不同溶剂状态下二聚体的结合能力去尝试分析这个问题

请问卢老师 是否还有其他解决方式? 您说如果用二聚体行不通了话 我就想去再尝试加大体系看看 直到形成两个以上的胶束

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发表于 Post on 2020-9-2 12:54:18 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-9-1 21:50
谢谢卢老师 我之前用GAFF力场配合resp2电荷进行了在水溶液中的胶束的模拟 其他模拟参数都参考您培训中关 ...

如果你预先把分子按照两个胶束去摆,然后跑动力学,两个胶束会合成一个吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-9-2 20:07:51 | 只看该作者 Only view this author
用ORCA4.2.0对含118个原子的有机体系(1分子的有机盐+2分子的有机酸)进行opt+freqj计算,试了几个初始结构后,总是出现虚频,咋搞啊?有没有什么好的方法?
关键词为:! B97-3c opt freq tightSCF noautostart miniprint nopop
输入文件请见附件!

TBABDEC2.inp

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发表于 Post on 2020-9-2 21:55:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好!
在从S0到S1态的吸收以及S1态到S0态的发射过程中都存在驰豫的问题,我请教一下老师,对于S1态到S0态发射过程中的驰豫能而言,是否与其基态以及激发态的结构有关系。或者说,S0态与S1态之间的驰豫能是否与S0态以及S1态的几何结构偏差RMSD相关?
(我目前的理解是:S0与S1态之间的几何结构偏差较大,其驰豫能也会比较大。不知道这样的理解是否正确?)

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发表于 Post on 2020-9-3 01:16:54 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-9-2 20:07
用ORCA4.2.0对含118个原子的有机体系(1分子的有机盐+2分子的有机酸)进行opt+freqj计算,试了几个初始结构 ...

可以尝试gdiis-opt之类的其他优化方法,包括用笛卡尔坐标,手册里那一节有。
再就是、B97-3c确实很容易有虚频,尤其是有溶剂模型下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-3 01:55:33 | 只看该作者 Only view this author
CayJ 发表于 2020-9-2 20:07
用ORCA4.2.0对含118个原子的有机体系(1分子的有机盐+2分子的有机酸)进行opt+freqj计算,试了几个初始结构 ...

尝试提升积分格点精度、设严收敛限等方法(同Gaussian的情况),也可以尝试其它方法优化,或者尝试用数值频率(numfreq,但是对大体系极为昂贵)
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土拔鼠 发表于 2020-9-1 21:50
谢谢卢老师 我之前用GAFF力场配合resp2电荷进行了在水溶液中的胶束的模拟 其他模拟参数都参考您培训中关 ...

你做MD实际算算不同溶剂下的情况,不可能完全相同。哪怕在几种溶剂下最终都形成了一个胶束,过程也应该有快有慢,可以做个统计分析
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狄拉克自带buff 发表于 2020-9-2 21:55
老师,您好!
在从S0到S1态的吸收以及S1态到S0态的发射过程中都存在驰豫的问题,我请教一下老师,对于S1态 ...

一方面看几何结构偏差,一方面看末态势能面的平缓程度。假设末态的势能面极小点处力常数是k,那么结构弛豫造成的能量变化就大约是(1/2)*k*d^2,d是两个态极小点结构偏差

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狄拉克自带buff + 1 谢谢老师

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发表于 Post on 2020-9-3 11:39:09 | 只看该作者 Only view this author
卢老师 我在进行完过渡态计算后 发现虚频和设想的质子转移方向完全符合 在进行IRC计算的时候 我使用的关键词是irc(calcfc,maxpoints=100,LQA,recalc=10) 其余的计算级别和ts部分完全一致 但是跑出来的曲线如图 请问卢老师这个IRC是不是有问题啊

QQ截图20200903113632.png (33.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-4 03:17:07 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2020-9-3 11:39
卢老师 我在进行完过渡态计算后 发现虚频和设想的质子转移方向完全符合 在进行IRC计算的时候 我使用的关键 ...

没什么必然问题。当前体现出逆向势垒极低
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发表于 Post on 2020-9-4 16:07:29 | 只看该作者 Only view this author
老师您好 我想请问:
选用aug-cc-pVTZ基组,SCF计算中的Be原子由[21s6p3d2f]收缩到[5s4p3d2f],Cl原子由[42s17p3d2f]收缩到[6s5p3d2f]。
这句话中收缩前和收缩后的基函数是怎么算的呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-5 02:53:26 | 只看该作者 Only view this author
iiiDonghae 发表于 2020-9-4 16:07
老师您好 我想请问:
选用aug-cc-pVTZ基组,SCF计算中的Be原子由[21s6p3d2f]收缩到[5s4p3d2f],Cl原子由[42 ...

根据基组定义便知。诸如Gaussian用gfinput关键词打印出来基组定义,有点基本知识的人都看得懂是怎么收缩的
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发表于 Post on 2020-9-6 15:02:06 来自手机 | 只看该作者 Only view this author

在进行分子基态优化时,出错

如图,我在进行高斯模拟计算分子进行基态模拟时,采用的是gaussian 03  DFT B3LYP 6-31(d),总是算到11002.exe时这一步就停止了,请问这是什么问题

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